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2020 Fiscal Year Annual Research Report

好冷細菌由来低温適応酵素グルコキナーゼにおける低温適応機構の分子メカニズム解明

Research Project

Project/Area Number 18H02412
Research InstitutionSaga University

Principal Investigator

堀谷 正樹  佐賀大学, 農学部, 助教 (80532134)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 渡邉 啓一  佐賀大学, 農学部, 教授 (40191754) [Withdrawn]
Project Period (FY) 2018-04-01 – 2021-03-31
Keywords低温適応酵素 / 電子スピン共鳴法 / スピンラベル / 熱安定酵素
Outline of Annual Research Achievements

南極にて生育する好冷細菌由来低温適応酵素の低温適応機構を原子レベルで解明するため、部位特異的スピンラベル電子スピン共鳴法(SDSL-ESR)およびX線結晶構造解析法による研究を行う。低温適応酵素として、生体が糖代謝の第一段階の酵素反応として利用しているグルコキナーゼを対象とした。
部位特異的スピンラベル法はシステイン残基に特異的に結合するため、ラベル剤を付加したい箇所に変異体を導入する必要がある。ところが天然に存在するグルコキナーゼの6つのシステイン残基にもラベル剤が付着する可能性があるため、まずは何か所、そしてどの部位にスピンラベル剤と反応しうるシステイン残基が存在するか検証を行った。その結果、好冷細菌由来グルコキナーゼにはひとつのシステイン残基のみしか反応しないにも関わらず、中温菌由来グルコキナーゼには3つのシステイン残基に反応することが明らかになった。さらに種々の部位特異変異体導入により、両酵素でどのシステイン残基がスピンラベル剤と反応するか確認することに成功した。
次に、好冷細菌由来グルコキナーゼは1カ所、中温菌由来グルコキナーゼについては3カ所のシステイン残基をセリンに置換した変異体をベースにラベル化したい箇所にシステイン変異を加えた変異体を18種作成した。これら全サンプルについてSDSL-ESR測定を5~50℃の範囲で5℃刻みで行った。その結果、好冷細菌由来グルコキナーゼは構造の大部分を占めるドメインが温度による影響をあまり受けないことで高熱安定性に寄与していることが明らかになった。また触媒ドメインは低温でも柔軟性を減少させないことで低温適応化していることも明らかになった。これらの機能発揮に重要だと考えられるアミノ酸残基を中温菌由来酵素へ変異導入したところ、中温菌酵素の高熱安定化に成功した。本研究結果は酵素の熱安定性、低温適応化を行う基盤的知見を提供する。

Research Progress Status

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (10 results)

All 2021 2020 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 2 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results) Book (1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Biochemical properties of CumA multicopper oxidase from plant pathogen, <i>Pseudomonas syringae</i>2021

    • Author(s)
      Ishida Konan、Tsukamoto Yuya、Horitani Masaki、Ogawa Tomohisa、Tanaka Yoshikazu
    • Journal Title

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      Volume: 85 Pages: 1995~2002

    • DOI

      10.1093/bbb/zbab123

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The molecular mechanism of phytosphingosine binding to FFAR4/GPR120 differs from that of other fatty acids2021

    • Author(s)
      Nagasawa Tomotaka、Horitani Masaki、Kawaguchi Shin‐ichi、Higashiyama Shigeki、Hama Yoichiro、Mitsutake Susumu
    • Journal Title

      FEBS Open Bio

      Volume: 11 Pages: 3081~3089

    • DOI

      10.1002/2211-5463.13301

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Timing of NO Binding and Protonation in the Catalytic Reaction of Bacterial Nitric Oxide Reductase as Established by Time-Resolved Spectroscopy2020

    • Author(s)
      Takeda Hanae、Kimura Tetsunari、Nomura Takashi、Horitani Masaki、Yokota Azusa、Matsubayashi Akiko、Ishii Shoko、Shiro Yoshitsugu、Kubo Minoru、Tosha Takehiko
    • Journal Title

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      Volume: 93 Pages: 825~833

    • DOI

      10.1246/bcsj.20200038

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 急速凍結XAFS法による低温適応無機ピロフォスファターゼの温度特性機構の解明2021

    • Author(s)
      丸岡 早紀, 馬込 栄輔, 瀬戸山 寛之, 河本 正秀, 堀谷 正樹, 渡邉 啓一
    • Organizer
      第24回XAFS討論会
  • [Presentation] X-ray Crystallography and Site-Directed Spin-Labeling ESR Reveal Cold Adaptation and High Thermal Stability Mechanisms of Cold-Adapted Glucokinase2021

    • Author(s)
      Akane Yato, Rio Asaka, Hiroshi Sugimoto, Keiichi Watanabe, Masaki Horitani
    • Organizer
      22nd International Society of Magnetic Resonance
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Analysis on Cold Adaptation Mechanism of Metalloenzyme by X-ray Crystallography and EPR Spectroscopy Combined with Rapid Freeze-Quench2021

    • Author(s)
      Masaki Horitani, Yuri Kasu, Hiroshi Sugimoto, Keiichi Watanabe
    • Organizer
      22nd International Society of Magnetic Resonance
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 急速凍結EPR法およびX線結晶構造解析法による好冷細菌由来無機ピロフォスファターゼの低温適応機構の解明2021

    • Author(s)
      堀谷 正樹, 杉本 宏, 渡邉 啓一
    • Organizer
      第47回生体分子討論会
  • [Presentation] 動的・静的構造解析による南極産好冷細菌由来グルコキナーゼの低温適応・高熱安定性機構の解明2021

    • Author(s)
      矢垰 紅音, 浅香 里緒, 杉本 宏, 渡邉 啓一, 堀谷 正樹
    • Organizer
      第47回生体分子討論会
  • [Book] 生命金属ダイナミクス ~生体内における金属の挙動と制御~2021

    • Author(s)
      城 宜嗣、津本 浩平
    • Total Pages
      564
    • Publisher
      (株)エヌ・ティー・エス
    • ISBN
      978-4-86043-706-0
  • [Remarks] 佐賀大学農学部生命機能科学科分子生命科学分野堀谷研究室

    • URL

      http://horitani.ag.saga-u.ac.jp/horitanilab/index.html

URL: 

Published: 2022-12-28  

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