2019 Fiscal Year Annual Research Report
Speciation process by a "magic trait" and a new speciation theory
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18H02509
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| Research Institution | Musashino Art University |
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Principal Investigator |
細 将貴 武蔵野美術大学, 造形学部, 准教授 (80557695)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
土松 隆志 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 准教授 (60740107)
山道 真人 長崎大学, 熱帯医学研究所, 客員准教授 (70734804)
山崎 曜 国立遺伝学研究所, ゲノム・進化研究系, 特別研究員(PD) (40816021)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | 種分化 / ゲノム |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究は、適応と生殖隔離の両方に作用する「魔法形質」としてすぐれて単純な機構であるカタツムリの巻型の進化を、分子生態学的アプローチと数理生物学的アプローチによって深く追究することを目的とする。これまでに、台湾南東部において実施した広域の細密サンプリングによって収集した約1500サンプルに対し、ゲノムワイドなSNPジェノタイピング手法であるMIG-seq法によって膨大なシーケンスデータを取得している。また、共同研究によって進めてきたde novoアセンブリーが完了したことを受け、そのドラフトゲノムに対してマッピングをおこない、多数のSNPデータを得ることができた。前年度までに判明したサンプルの取り違え等の問題を解決した後、各集団から一個体ずつを用いた全体の系統解析をおこなった。iqtree2を用いた最尤法による解析の結果、区別されるべきサブ系統樹の位置と範囲が決定され、系統関係と分布の重複から興味のもたれる局所集団の特定が進んだ。今後、地理的に共存する右巻き・左巻き集団間における遺伝子流動の有無と規模をADMIXTURE解析によって解明していく予定である。また、代表的な集団からそれぞれ一個体ずつ選択した31個体（右巻き15個体、左巻き16個体）に対して実施したリシーケンスのデータ解析を試みた。具体的には、前述のde novoゲノムにリシーケンスデータをマップすることで得られたSNPに対してPLINKを用いたGWASを実施したが、莫大なデータ量に比して手元のワークステーションが非力であったため、解析を正常に完了することができなかった。今後、別の計算機を使用するか、低クオリティのSNPを除くことにより、解析を進めていく予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
サンプルの取り違えの疑われる例があったため、確認のために長い時間を要した。また、データ量が非常に大きいため解析プログラムの実行にしばしば支障が生じている。
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| Strategy for Future Research Activity |
ワークステーションが非力であったため、一部の解析を正常に完了することができなかった。今後、別の計算機を使用するか、低クオリティのSNPを除くことにより、解析を進めていく予定である。
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