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2019 Fiscal Year Annual Research Report

再構成可能システムとGPUによる複合型高性能計算プラットフォーム

Research Project

Project/Area Number 18H03246
Research InstitutionUniversity of Tsukuba

Principal Investigator

朴 泰祐  筑波大学, 計算科学研究センター, 教授 (90209346)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 佐野 健太郎  国立研究開発法人理化学研究所, 計算科学研究センター, チームリーダー (00323048)
塙 敏博  東京大学, 情報基盤センター, 准教授 (30308283)
山口 佳樹  筑波大学, システム情報系, 准教授 (30373377)
天野 英晴  慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 教授 (60175932)
Project Period (FY) 2018-04-01 – 2021-03-31
KeywordsFPGA / GPU / 高性能計算 / 高位合成 / 高速シリアル通信 / 多重複合演算加速
Outline of Annual Research Achievements

◎FPGAとGPUを連携させた多重複合型演算加速ノード上で、OpenCLを用いたユーザレベルでのFPGA間通信機構を実装し、ノード内では多重複合演算加速のコンセプトの実現のため、GPUとFPGAをPCIeバス上でDMA通信させる機構をCPUの援助なしにFPGAから能動的に実行するシステムを開発した。これらにより、ノード内でGPUとFPGAの協調計算で宇宙輻射輸送シミュレーションを実行することに成功した。
◎FPGAをスイッチと演算の両者に用い、総合的な並列演算加速ベンチマーキングを行うために、PCIeにXilinx社KCU1500ボードを接続し、そこに統合設計環境SDAccelを実装した。このボード上で演算加速を行うと共に、シリアルリンクを用いてマルチFPGAシステムFiCと接続する環境を構築した。
◎高バンド幅メモリを持つFPGAの活用に向けて、Stratix10 MX FPGAでOpenCLを使ったアプリケーション開発について検討した。併せて、FPGA上でOpenCLを用いて可変精度での演算を実現する方法について検討した。
◎提案するFPGA基盤構想に基づく基板設計および基板製造が終了し、製造した同基板をSC’19にて展示した。また、同基板を想定した隣接ノードとの高速通信における設計効率化とそこで生ずるメモリアクセス問題などについて代替基板によって研究発表を行った。
◎複数FPGAによる高性能計算の実現に向けて、FPGA間通信のフロー制御を実現するフローコントローラモジュールを開発した。リング状に接続した複数のStratix10 FPGAで津波シミュレーションや多体問題のストリーム計算性能を向上でき、その評価を行った。また、直接網と間接網を組み合わせたハイブリッド通信の評価を行った。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

◎FPGAとGPUを連携させた多重複合型演算加速ノード上で、OpenCLを用いたユーザレベルでのFPGA間通信機構CIRCUSを最大64台のFPGA間で動作させ理論ピーク性能の90%の通信性能達成、一方ノード内でGPUとFPGAの協調計算で宇宙輻射輸送シミュレーションを、GPUのみの場合の最大17倍まで加速することに成功した。
◎開発システムは稼働し、高速シリアル転送とSDAccelによる加速の両方を実現できたが、FPGAの能力の限界によりアクセラレーション自体はさほど性能向上を得られなかった。
◎HBM2を搭載したFPGAにおいて、OpenCLを用いて高バンド幅を実現する記述方法について評価を行った。さらに、行列積を用いて、倍精度、単精度、半精度における性能と資源量を評価した。
◎100Gbps x 12本の高速光シリアル通信、PCIe Gen3、およびストレージ(SATA x 128個)を備えたFPGA基板を製造し、電気試験を開始した。この試験が完了した入出力より、同基板上のFPGA上の回路設計を進めている。また、代替基板上で入出力制御やそれを利用した演算実装に関する試験も実施した。
◎リングトポロジの直接網で接続したFPGAクラスタ試作機が動作するようになり、データフロー計算を評価できた。問題に適合した数値フォーマットによる計算に関しては、引き続きデータフローコンパイラを拡張中である。

Strategy for Future Research Activity

◎FPGA間通信機構CIRCUSと宇宙輻射輸送アプリケーションを筑波大学計算科学研究センターで稼働中のGPU+FPGAを搭載したCygnusスーパーコンピュータ上で稼働させ性能評価することで、多重複合演算加速システムの性能を実証していく。
◎本年度の結果を踏まえ、強力なシリアルリンクと、ホストとの密接続を合わせ持つ新しいボードM-KUBOSを用いて、他のアクセラレータとの交信とFPGA内での演算の両立を図る。
◎宇宙物理のN体計算を中心に、OpenCLによる可変精度を考慮に入れた演算オフローディングの検討を進める。
◎25Gbpsの高速シリアルI/Oを大量に含み、かつクロックドメインの異なる回路設計は難しい。COVID-19の影響で提案システムの一部機材の納入が2020年夏など遅れは見られるが、これまでの設計資産と組み合わせ性能評価およびベンチマーク試験などを実施する。
◎直接網ではなく間接網による通信性能、および並列計算性能の評価を行う。また、引き続きデータフローコンパイラの拡張を行う。

  • Research Products

    (48 results)

All 2020 2019 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (17 results) (of which Peer Reviewed: 15 results,  Open Access: 1 results) Presentation (29 results) (of which Int'l Joint Research: 23 results,  Invited: 14 results)

  • [Int'l Joint Research] Oak Ridge National Laboratory(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Oak Ridge National Laboratory
  • [Int'l Joint Research] Argonne National Laboratory(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Argonne National Laboratory
  • [Journal Article] Comparison of direct and indirect networks for high-performance FPGA clusters2020

    • Author(s)
      Antoniette Mondigo, Tomohiro Ueno, Kentaro Sano, and Hiroyuki Takizawa
    • Journal Title

      LNCS Reconfigurable Computing: Architectures, Tools, and Applications

      Volume: - Pages: -

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Performance Evaluation and Power Analysis of Teraflop-scale Fluid Simulation with Stratix 10 FPGA2020

    • Author(s)
      Atsushi Koshiba, Kouki Watanabe, Takaaki Miyajima, and Kentaro Sano
    • Journal Title

      Proceedings of 28th ACM/SIGDA International Symposium on Field-Programmable Gate Arrays (FPGA2020)

      Volume: - Pages: -

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] FPGA-Based Computational Fluid Dynamics Simulation Architecture via High-Level Synthesis Design Method2020

    • Author(s)
      Changdao Du, Iman Firmansyah and Yoshiki Yamaguchi
    • Journal Title

      Proc. of International Symposium on Applied Reconfigurable Computting (ARC2020)

      Volume: - Pages: -

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] High-Performance Computation of LGCA Fluid Dynamics on an FPGA-based Platform2020

    • Author(s)
      Changdao Du, Iman Firmansyah, and Yoshiki Yamaguchi
    • Journal Title

      Proc. of International Conference on Computer and Communication Systems (ICCCS2020)

      Volume: - Pages: -

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 宇宙輻射輸送コードにおけるOpenCLによるFPGA演算加速最適化2019

    • Author(s)
      藤田 典久, 小林 諒平, 山口 佳樹, 朴 泰祐, 吉川 耕司, 安部 牧人, 梅村 雅之
    • Journal Title

      理学会論文誌コンピューティングシステム(ACS)

      Volume: Vol. 12, No.3 Pages: 64-75

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] OpenCL-Enabled GPU&FPGA Accelerated Computing with Inter-FPGA Communication2019

    • Author(s)
      Ryohei Kobayashi, Norihisa Fujita, Yoshiki Yamaguchi, Ayumi Nakamichi, Taisuke Boku
    • Journal Title

      Proc. of IXPUG Workshop HPC Asia 2020

      Volume: - Pages: -

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Parallel Processing on FPGA Combining Computation and Communication in OpenCL Programming2019

    • Author(s)
      Norihisa Fujita, Ryohei Kobayashi, Yoshiki Yamaguchi and Taisuke Boku
    • Journal Title

      Proc. of AsHES2019 (Int. Workshop on Acceleraors and Hybrid Exascale Systems)

      Volume: - Pages: -

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] GPU-FPGA Heterogeneous Computing with OpenCL-enabled Direct Memory Access2019

    • Author(s)
      Ryohei Kobayashi, Norihisa Fujita, Yoshiki Yamaguchi, Ayumi Nakamichi and Taisuke Boku
    • Journal Title

      AsHES2019 (Int. Workshop on Acceleraors and Hybrid Exascale Systems)

      Volume: - Pages: -

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] GPU・FPGA複合演算加速による輻射流体シミュレーションコードARGOTの実装2019

    • Author(s)
      中道安祐未, 藤田典久, 小林諒平, 朴泰祐, 吉川耕司, 梅村雅之
    • Journal Title

      情報処理学会研究報告ハイパフォーマンスコンピューティング(HPC)

      Volume: 2019-HPC-170(22) Pages: -

  • [Journal Article] OpenCL対応FPGA間通信機能によるGPU・FPGA複合型演算加速2019

    • Author(s)
      小林諒平, 藤田典久, 山口佳樹, 中道安祐未, 朴 泰祐
    • Journal Title

      情報処理学会研究報告ハイパフォーマンスコンピューティング(HPC)

      Volume: 2019-HPC-170(5) Pages: 1-9

  • [Journal Article] Hybrid Network Utilization for Efficient Communication in a Tightly Coupled FPGA Cluster2019

    • Author(s)
      Tomohiro Ueno, Takaaki Miyajima, Antoniette Mondigo, Kentaro Sano
    • Journal Title

      Proceedings of 2019 International Conference on Field-Programmable Technology (FPT)

      Volume: - Pages: 363-366

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Scaling performance for N-Body Stream Computation with a ring of FPGAs2019

    • Author(s)
      Jens Huthmann, Shin Abiko, Artur Podobas, Kentaro Sano and Hiroyuki Takizawa
    • Journal Title

      Proceedings of the International Symposium on Highly-Efficient Accelerators and Reconfigurable Technologies (HEART)

      Volume: - Pages: -

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Scalability Analysis of Deeply Pipelined Tsunami Simulation with Multiple FPGAs2019

    • Author(s)
      Antoniette Mondigo, Tomohiro Ueno, Kentaro Sano, and Hiroyuki Takizawa
    • Journal Title

      IEICE Transactions on Information and Systems(Special Section on Reconfigurable Systems)

      Volume: E102-D(5) Pages: 1029-1036

    • DOI

      https://doi.org/10.1587/transinf.2018RCP0007

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] RDMAを用いた密結合FPGAクラスタのメモリ間通信性能2019

    • Author(s)
      上野 知洋, 佐野 健太郎, 土方 康平, 滝沢 寛之
    • Journal Title

      電子情報通信学会リコンフィギャラブルシステム研究会 信学技法

      Volume: 119(18) Pages: 7-10

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A High-Level Synthesis Design for a Scalable Hydrodynamic Simulation on OpenCL FPGA Platform2019

    • Author(s)
      Changdao Du and Yoshiki Yamaguchi
    • Journal Title

      Proc. of International Symposium on Highly-Efficient Accelerators and Reconfigurable Technologies (HEART2019)

      Volume: - Pages: -

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] FPGA-based SPARQL query acceleration2019

    • Author(s)
      Mirai Niki, Yoshiki Yamaguchi, and Toshiyuki Amagasa
    • Journal Title

      Proc. of Asia Pacific Conference on Robot IoT System Development and Platform (APRIS2019)

      Volume: - Pages: -

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] FPGA/Python co-design for lane line detection on a PYNQ-Z1 board2019

    • Author(s)
      Koki Honda, Kaijie Wei, Hideharu Amano
    • Journal Title

      2019 IEEE 13th International Symposium on Embedded Multicore/Many-core Systems-on-Chip

      Volume: - Pages: 53-60

    • DOI

      DIO 10.1109/MCSoC.2019.0015

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] OpenCL-Enabled GPU&FPGA Accelerated Computing with Inter-FPGA Communication2020

    • Author(s)
      Ryohei Kobayashi, Norihisa Fujita, Yoshiki Yamaguchi, Ayumi Nakamichi, Taisuke Boku
    • Organizer
      IXPUG Workshop HPC Asia 2020
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Data-flow Compiler for Stream Computing Hardware on FPGA2020

    • Author(s)
      ?サソKentaro Sano
    • Organizer
      Workshop on Large-scale Parallel Numerical Computing Technology (LSPANC)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] FPGA-Based Computational Fluid Dynamics Simulation Architecture via High-Level Synthesis Design Method2020

    • Author(s)
      Changdao Du, Iman Firmansyah and Yoshiki Yamaguchi
    • Organizer
      International Symposium on Applied Recon?ャ“urable Computting (ARC2020)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] High-Performance Computation of LGCA Fluid Dynamics on an FPGA-based Platform2020

    • Author(s)
      Changdao Du, Iman Firmansyah, and Yoshiki Yamaguchi
    • Organizer
      International Conference on Computer and Communication Systems (ICCCS2020)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Japanese Supercomputer Development and Hybrid Accelerated Supercomputing2019

    • Author(s)
      Taisuke Boku
    • Organizer
      HPCI-AI Advisory Council Meeting, Perth 2019
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Next Generation Accelerated Supercomputing: Cygnus System at University of Tsukuba2019

    • Author(s)
      Taisuke Boku
    • Organizer
      AHeDD2019/IPAB2019, Kawasaki
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Parallel Processing on FPGA Combining Computation and Communication in OpenCL Programming2019

    • Author(s)
      Norihisa Fujita, Ryohei Kobayashi, Yoshiki Yamaguchi and Taisuke Boku
    • Organizer
      AsHES2019 (Int. Workshop on Acceleraors and Hybrid Exascale Systems)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] GPU-FPGA Heterogeneous Computing with OpenCL-enabled Direct Memory Access2019

    • Author(s)
      Ryohei Kobayashi, Norihisa Fujita, Yoshiki Yamaguchi, Ayumi Nakamichi and Taisuke Boku
    • Organizer
      AsHES2019 (Int. Workshop on Acceleraors and Hybrid Exascale Systems)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] GPU・FPGA複合演算加速による輻射流体シミュレーションコードARGOTの実装2019

    • Author(s)
      中道安祐未, 藤田典久, 小林諒平, 朴泰祐, 吉川耕司, 梅村雅之
    • Organizer
      情報処理学会研究報告ハイパフォーマンスコンピューティング(HPC)
  • [Presentation] OpenCL対応FPGA間通信機能によるGPU・FPGA複合型演算加速2019

    • Author(s)
      小林諒平, 藤田典久, 山口佳樹, 中道安祐未, 朴 泰祐
    • Organizer
      情報処理学会研究報告ハイパフォーマンスコンピューティング(HPC)
  • [Presentation] Networks of FPGA Cluster with High Flexibility of Resource Allocation2019

    • Author(s)
      Kentaro Sano
    • Organizer
      SC19 Booth talk of University of Tsukuba
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] May Pipelining Be with You2019

    • Author(s)
      Kentaro Sano
    • Organizer
      SC19 Panel:Reconfigurable Computing in HPC: Success Stories Today and Future?
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] FPGA Cluster as Off-loading Engine for Existing Machines2019

    • Author(s)
      Kentaro Sano
    • Organizer
      SC19 BOF:Reconfigurable/FPGA Clusters for High Performance Computing
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 柔軟な資源割当てを可能とするFPGAクラスタシステムとそのネットワーク2019

    • Author(s)
      佐野 健太郎
    • Organizer
      第12回FPGAエクストリームコンピューティング (FPGAX12)
    • Invited
  • [Presentation] High-Performance Custom Computing with FPGA Cluster as Off-loading Engine for Supercomputers2019

    • Author(s)
      Kentaro Sano
    • Organizer
      11th International Symposium on Discovery, Fusion, Creation of New Knowledge by Multidisciplinary Computational Sciences
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] FPGAを用いたカスタムコンピューティングと高性能計算の将来2019

    • Author(s)
      佐野 健太郎
    • Organizer
      第12回総合科学を考えるセミナー(東北大学)
    • Invited
  • [Presentation] FPGA Cluster as Off-loading Engine for Supercomputers2019

    • Author(s)
      Kentaro Sano
    • Organizer
      1st International Workshop on Reconfigurable High-Performance Computing (ReHPC), in conjunction with FPL
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] FPGA Cluster as Custom Computing Engine for Supercomputers2019

    • Author(s)
      Kentaro Sano
    • Organizer
      5th workshop on Programming Abstractions for Data Locality (PADAL)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] FPGA-based High-Performance Custom Computing based Dataflow Approach2019

    • Author(s)
      Kentaro Sano
    • Organizer
      Workshop on Post Moore's Law HPC Computing in conjunction with ISC'19
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Stratix10 FPGA Cluster as Off-loaded Custom Computing Engine for Supercomputers2019

    • Author(s)
      Kentaro Sano
    • Organizer
      Workshop of Intel eXtreme Performance Users Group (IXPUG) in conjunction with ISC'19
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Scaling performance for N-Body Stream Computation with a ring of FPGAs2019

    • Author(s)
      Jens Huthmann
    • Organizer
      International Symposium on Highly-Efficient Accelerators and Reconfigurable Technologies (HEART)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] A High-Level Synthesis Design for a Scalable Hydrodynamic Simulation on OpenCL FPGA Platform2019

    • Author(s)
      Changdao Du and Yoshiki Yamaguchi
    • Organizer
      International Symposium on Highly-Efficient Accelerators and Reconfigurable Technologies (HEART2019)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] FPGA-based SPARQL query acceleration2019

    • Author(s)
      Mirai Niki, Yoshiki Yamaguchi, and Toshiyuki Amagasa
    • Organizer
      Asia Pacific Conference on Robot IoT System Development and Platform (APRIS2019)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] An ARM-based heterogeneous FPGA accelerator for hall thruster simulation2019

    • Author(s)
      Hiroyuki Noda
    • Organizer
      International Symposium on Highly-Efficient Accelerators and Reconfigurable Technologies
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Implementation of ART algorithm with Xilinx SDAccel2019

    • Author(s)
      Yasuaki Okamoto
    • Organizer
      CoolChips22
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] FPGA SoC implementation of a subroutine for Hall Thruster Simulation in OpenCL2019

    • Author(s)
      Manfred Orsztynowicz
    • Organizer
      CoolChips 22
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Xilinx SDAccelによるART法の高速化2019

    • Author(s)
      岡本泰明
    • Organizer
      電子情報通信学会コンピュータシステム研究会
  • [Presentation] 宇宙物理アプリケーションのための FPGA 演算オフロー ディングの検討2019

    • Author(s)
      塙 敏博、三木 洋平
    • Organizer
      情報処理学会第172回HPC研究会
  • [Presentation] Reconfigurable/FPGA Cluster for HPC2019

    • Author(s)
      Taisuke Boku
    • Organizer
      SC19 BOF:Reconfigurable/FPGA Clusters for High Performance Computing
    • Int'l Joint Research / Invited

URL: 

Published: 2021-01-27  

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