2019 Fiscal Year Annual Research Report
マダニと共生微生物による過酸化水素消去酵素産生機構の解明とワクチンへの応用
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18J01703
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| Research Institution | Hokkaido University |
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Principal Investigator |
草木迫 浩大 北海道大学, 獣医学研究院, 特別研究員(PD)
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| Project Period (FY) |
2018-04-25 – 2021-03-31
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| Keywords | マダニ / 次世代シークエンサー / RNA-seq / 共生微生物 / 抗酸化 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度は、当初、マダニ由来 Cat 遺伝子並びに蛋白質の吸血期におけるマダニ体内での発現動態並びに局在解析を予定していた。しかし、今後必要となるマダニの人工吸血系を学べる機会を得られたため、ドイツで開催されたマダニとダニ媒介性感染症の国際学会である 13th International Symposium on Ticks and Tick-borne Diseases (ISTTBD-XIII) に参加した後、海外産マダニで人工吸血実験を行っているドイツ・ベルリン自由大学の Ard Nijhof 博士を訪問し、海外産マダニを用いた人工吸血技術の教示を受けた。そこで、海外産マダニ式の人工吸血装置を用いて日本産マダニを使用した人工吸血系を試行した。
一方、前年度より進めていたフタトゲチマダニのトランスクリプトーム解析を東京大学医科学研究所ヒトゲノムセンターのスーパーコンピューターである “SHIROKANE” を使用して進めた。方法としては、両性生殖系フタトゲチマダニである大分株を吸血前ならびに吸血後 2 日目に回収後に解剖し、臓器 (中腸、卵巣、唾液腺、マルピーギ管) をそれぞれ採取した。試料から全 RNA を抽出し、Illumina HiSeq を用いた RAN-seq 解析を行った。まず、得られたリードをトリミング後、Trinity を用いて全ての試料より得られたリードをアセンブルした。次に、TransDecoder を用いて、機能遺伝子の ORF の予測を行った後、Interproscan を使用してアノテーションを行った。最終的に 229,404 の遺伝子を推定し、その内 859 個の細菌由来の推定遺伝子が得られた。現在、これらの遺伝子配列において、細菌由来 Cat 遺伝子の検索を行っているところである。
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| Research Progress Status |
翌年度、交付申請を辞退するため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
翌年度、交付申請を辞退するため、記入しない。
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