2019 Fiscal Year Research-status Report
悪性中皮腫のゲノム統合解析と合成致死性を利用した分子標的探索の基礎的検討
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18K07212
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| Research Institution | Hyogo Medical University |
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Principal Investigator |
吉川 良恵 兵庫医科大学, 医学部, 講師 (10566673)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
大村谷 昌樹 兵庫医科大学, 医学部, 教授 (60398229)
江見 充 兵庫医科大学, 医学部, 特別招聘教授 (90221118)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | 悪性中皮腫 / ゲノムコピー数変化 / ゲノム再構成 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
悪性中皮腫 (Malignant Mesothelioma: MM) はアスベスト曝露が主要因で、極めて予後不良の腫瘍である。アスベスト曝露による腫瘍の発生・進展過程で生じる変異の全体像を捉え、治療標的分子の探索、予後予測のための基礎的検討を行うことが目的である。
新規開発手法であるdigitalMLPA（MLPA：Multiplex Ligationdependent Probe Amplificationと次世代シーケンサー解析を組合せた網羅的手法）によるゲノムコピー数解析、次世代シーケンサーによる塩基配列解析、RNA-seqによる融合遺伝子解析を組合せたゲノム統合解析を実施した。比較的予後の良い患者腫瘍は、MMの特徴であるchromothripsis様の激しいゲノムコピー数変動は少ない傾向が見られた。digitalMLPA によるコピー数解析で患者の予後予測ができる可能性が示された点が今年度の成果である。また11q13, 17p11や19p13にゲノム増幅している検体が高頻度で見つかり、本領域からは融合遺伝子が検出されたが、その融合対象遺伝子や融合箇所の共通性は見つからなかった。そのため治療標的候補遺伝子の絞り込みには至っていない。
一方、MMで4-5%の頻度でゲノムコピー数変動が見られるUBE2O遺伝子は、HeLa細胞等でBAP1遺伝子の細胞内局在を調節することが報告されている。UBE2Oの阻害剤もすでに知られることから治療標的分子候補の一つである。そこでUBE2O遺伝子が増幅した悪性中皮腫細胞株（BAP1変異無し）を用い、BAP1の細胞局在を調べたが、UBE2Oタンパク発現が高い未処理の状態でも、ノックダウンにより発現低下された後もBAP1は通常通り核に局在し変わらなかった。中皮細胞ではUBE2Oの機能が異なる可能性があり、さらに機能解析を進める予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
上記記載のように、激しいゲノム再構成は検出されるが、患者間で異なり共通性に欠けるため、なかなか治療標的分子の絞り込みができない状況である。また標的分子候補の機能が、中皮細胞では論文報告と異なる可能性があり、さらなる検討が必要である。
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| Strategy for Future Research Activity |
コストパフォーマンスが高く手法も簡便なdigitalMLPA によるコピー数解析は、悪性中皮腫の早期診断と予後予測のため有用である。今後標的遺伝子を増やし、より少数細胞で検出可能な手法を確立すること、また患者検体数を増やし予後との関連性を見極め、予後予測に役立てる。
治療標的分子の探索は難航しそうであるが、UBE2Oの中皮細胞での機能解析を進める予定である。
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| Causes of Carryover |
試薬等の値引きによりわずかだが残額が生じた。次年度に有効活用する予定である。
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