2019 Fiscal Year Research-status Report
Elucidation of the mechanism for neurodevelopmental disorder derived from chromosomal microstructural abnormalities
| Project/Area Number |
18K07803
|
|---|
| Research Institution | Tokyo Women's Medical University |
|---|
Principal Investigator |
山本 俊至 東京女子医科大学, 医学部, 教授 (20252851)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
|
| Keywords | マイクロアレイ染色体検査 / 次世代シーケンス / デジタルPCR / long sequence |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
ヒトゲノムの一次構造情報を応用したマイクロアレイや次世代シーケンス技術が広まってきたことによって、微細なゲノム構造異常を同定することが可能となった。特に、神経発達障害患者においては、このようなゲノム構造異常がしばしば発症に関わっていることが明らかになってきた。中には、リピート配列やレトロトランスポゾン挿入等、一次構造の特徴から生じたものもあるが、今のところメカニズムが明らかでない複雑なゲノム構造異常も存在する。本研究では、これまでの理解では解釈できないメカニズムによると考えられるユニークな構造異常の切断点解析を行い、新たなメカニズムを明らかにしたいと考えている。前年度よりNanopore sequenceを用いたlong sequenceによる全ゲノム解析に取り組んでいる。これにより、これまでに解析できた例のうち1例は、複数の切断点を同定することができ、引き続き行ったサンガー解析により、全ての融合点がnon-homologous end-joiningを示していることを明らかにできた。その結果、総合的に勘案してこの複雑な構造異常はchromothripsisによって生じたものと考えられた。現在同様の解析を積み増しているところであり、解析中途のものにおいては、まだ未確定ではあるが、chromoanasynthesisと考えられるメカニズムを示した例もあった。また、2段階プロセスによって生じたと考えられるものもあり、現在解析中である。これらの解析を通じて、普遍的なゲノム構造異常のメカニズムと疾患との関連を明らかにしたい。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
計画通りデータを収集できており、さらに新たなデータも収集中である。まとまったデータが得られたものについては論文化作業中であり、計画通り研究を進めることができている。
|
| Strategy for Future Research Activity |
計画通り、データ収集を進め、全て論文として公表できる見込みである。
|
| Causes of Carryover |
計画していた予算より少ない予算で研究計画を進めることができたものであり、研究の進捗には特に問題はなかった。次年度においては繰越予算を使って解析数をさらに増やして研究を進め、より良い結果が得られるものと考えている。
|
Research Products
(23 results)
-
-
-
[Journal Article] Deletion in the cobalamin synthetase W domain-containing protein 1 gene is associated with congenital anomalies of the kidney and urinary tract.2020
Author(s)
Kanda S, Ohmuraya M, Akagawa H, Horita S, Yoshida Y, Kaneko N, Sugawara N, Ishizuka K, Miura K, Harita Y, Yamamoto T, Oka A, Araki K, Furukawa T, Hattori M.
-
Journal Title
J Am Soc Nephrol
Volume: 31
Pages: 139-147
DOI
Peer Reviewed
-
-
-
-
[Journal Article] Genomic backgrounds of Japanese patients with undiagnosed neurodevelopmental disorders.2019
Author(s)
Yamamoto T, Imaizumi T, Yamamoto-Shimojima K, Lu Y, Yanagishita T, Shimada S, Chong PF, Kira R, Ueda R, Ishiyama A, Takeshita E, Momosaki K, Ozasa S, Akiyama T, Kobayashi K, Oomatsu H, Kitahara H, Yamaguchi T, Imai K, Kurahashi H, Okumura A, Oguni H, Seto T, Okamoto N.
-
Journal Title
Brain Dev.
Volume: 41
Pages: 776-782
DOI
Peer Reviewed
-
[Journal Article] Preimplantation genetic testing for aneuploidy: a comparison of live birth rates in patients with recurrent pregnancy loss due to embryonic aneuploidy or recurrent implantation failure.2019
Author(s)
Sato T, Sugiura-Ogasawara M, Ozawa F, Yamamoto T, Kato T, Kurahashi H, Kuroda T, Aoyama N, Kato K, Kobayashi R, Fukuda A, Utsunomiya T, Kuwahara A, Saito H, Takeshita T, Irahara M.
-
Journal Title
Hum Reprod.
Volume: 34
Pages: 2340-2348
DOI
Peer Reviewed
-
[Journal Article] PRRT2 mutations in Japanese patients with benign infantile epilepsy and paroxysmal kinesigenic dyskinesia.2019
Author(s)
Okumura A, Shimojima K, Kurahashi H, Numoto S, Shimada S, Ishii A, Ohmori I, Takahashi S, Awaya T, Kubota T, Sakakibara T, Ishihara N, Hattori A, Torisu H, Tohyama J, Inoue T, Haibara A, Nishida T, Yuhara Y, Miya K, Tanaka R, Hirose S, Yamamoto T.
-
Journal Title
Seizure
Volume: 71
Pages: 1-5
DOI
Peer Reviewed
-
-
-
-
-
-
-
[Journal Article] A case of de novo splice site variant in SLC35A2 showing developmental delays, spastic paraplegia, and delayed myelination.2019
Author(s)
Miyamoto S, Nakashima M, Ohashi T, Hiraide T, Kurosawa K, Yamamoto T, Takanashi J, Osaka H, Inoue K, Miyazaki T, Wada Y, Okamoto N, Saitsu H.
-
Journal Title
Mol Genet Genomic Med.
Volume: 7
Pages: e814
DOI
Peer Reviewed / Open Access
-
-
-
-
-
-
-
