2018 Fiscal Year Research-status Report

ウェブサイト「(Rで)塩基配列解析」の情報更新・拡充

Research Project

Project/Area Number	18K11521
Research Institution	The University of Tokyo
Principal Investigator	門田幸二東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (60392221)
Project Period (FY)	2018-04-01 – 2021-03-31
Keywords	バイオインフォマティクス / R
Outline of Annual Research Achievements	ウェブサイト「(Rで)塩基配列解析」は、主に塩基配列データや遺伝子発現データ解析をフリーソフトウェアRで効率的に行うための包括的な情報サイトである。本研究は、ウェブサイト (Rで)塩基配列解析の安定的な提供を目指し、①情報更新および②情報拡充を行うことを目的としている。本サイトは、膨大な情報量を1つのページで表示させているため表示に時間がかかること、R以外のコマンドも含むためRコードの動作確認の自動化が難しいという枠組み上の問題が存在した。今年度は、Rと比較的関係性の低い一部の項目を本サイトから分離し、「(Rで)塩基配列解析のサブ」に移行した。これにより、本サイトの表示にかかる時間を減らすと同時に、本サイト内のRコードの割合を大幅に上昇させ自動化の枠組みに近づけた。また、文言の表記ゆれやリンク切れの修正、新規項目や最新プログラムおよび原著論文の追加を行った。これまで本サイト上では、Rコンソール画面というコマンド入力ベースの手段でデータ解析を行う枠組みを提供していた。しかしながら現実には、コマンド入力の障壁を乗り越えられないユーザが少なからず存在する。そこでRNA-seqデータ解析をグラフィカルユーザインターフェース(GUI)を通じて行うことのできるウェブツールTCC-GUI（https://github.com/swsoyee/TCC-GUI）の開発を行い、論文公開まで行うことができた（Su et al., BMC Res. Notes, 2019）。
Current Status of Research Progress	Current Status of Research Progress 2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned. Reason 研究計画通りに進められており、当初の予定以外の成果も得ることができた。動作確認の自動化に向けた取り組みも着実に進められた。しかしながら、完全な自動化は、現実には難しいのではという気がしはじめている。
Strategy for Future Research Activity	自動化に向けた取り組み自体は、全体的な文言の統一化と密接に関連しているため、今後も継続して行っていきたい。今年度は、需要が高まりつつあるシングルセルRNA-seqデータ解析のための情報提供を強化しつつ、リンク切れの修正、新規項目や最新プログラムおよび原著論文の追加などの地道な作業を継続して行っていく予定である。
Causes of Carryover	学術支援職員の雇用開始時期が当初予定よりもずれ込んだためである。次年度の研究成果公開費用として使用予定である。