2020 Fiscal Year Research-status Report

頭頸部癌における循環腫瘍DNAを用いたPrecision Medicineの確立

Research Project

Project/Area Number	18K16894
Research Institution	Kyushu University
Principal Investigator	古後龍之介九州大学, 医学研究院, 共同研究員 (90529885)
Project Period (FY)	2018-04-01 – 2022-03-31
Keywords	ctDNA / liquid biopsy / 頭頸部癌
Outline of Annual Research Achievements	初年度は既存のIon Ampliseq Cancer Hotspot Panel ver.2を用いて、3症例の変異解析を行い、症例特異的な変異遺伝子を同定した。しかしながら、本Panelでは腫瘍特異的な変異遺伝子の検出率が1-2個と低く、2年目よりSCCに特異的な変異を同定できるcustm SCC Panel（札幌医科大学フロンティア医学研究所ゲノム医科学分野との共同研究）に変更した。custom SCC Panelによる変異解析を施行し、検出可能な変異個数は1-8個と大きく増加した。合計24症例についてSCC panel解析が終了しており、各症例における症例特異的なctDNA候補遺伝子を同定した。この候補遺伝子を血中で検出するための、digital PCR用primer-probeを作成し、症例ごとにdigital PCRを行った（最終年度よりTP53の変異に対するprimer-probeについては予算削減のため、岩手医科大学医歯薬研究所医療開発分野西塚先生との共同研究により同教室が保有しているprimer-probeに関しては同教室での解析をお願いした）。ctDNAの推移と臨床経過を比較し、治療効果の予測や再発の早期診断に有用かどうかを検討した。初回治療後ctDNAが陽性となった症例は6例認めたが、全例再発をきたしていた。また、ctDNAが陰性を維持している症例は全例再発を認めなかった。しかしながら、p16陽性のHPV関連中咽頭癌に関しては変異数が少なく、SCC panel解析では4例中1例しか変異遺伝子を同定できなかった。HPV陽性中咽頭癌においては既出のE6/E7のようなHPV由来DNAによるctDNAモニタリングが有用と考えられた。
Current Status of Research Progress	Current Status of Research Progress 2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned. Reason 症例の臨床情報、腫瘍組織、PBMC、cfDNAの収集は終了していたため、最終年度はSCC panelによる変異解析、そこから症例特異的遺伝子変異を同定し、血漿中のdigital PCRによるctDNA検出を行った。コロナ禍であり、海外からの試薬の到着が遅くなるなどあったが、ほぼデータ解析は終了しており、現在、figure作成、論文投稿準備中である。
Strategy for Future Research Activity	現在残り4症例のctDNAのdigital PCR解析中であり、2021年4月中に解析終了し、並行して、論文投稿準備を進めている。
Causes of Carryover	コロナ禍であり、海外からの試薬到着がかなり遅れていること、論文投稿費用として準備していた予算の未使用が生じたため、試薬が届き次第最終実験を行い、論文投稿を行う予定である。