2020 Fiscal Year Research-status Report
Profiling of multidrug-resistant E. coli in urban sewage in Asia and Africa by using whole-genome sequencing
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18K18881
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
原田 英典 京都大学, アジア・アフリカ地域研究研究科, 准教授 (40512835)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
五味 良太 京都大学, 工学研究科, 助教 (30794284)
松田 知成 京都大学, 工学研究科, 准教授 (50273488)
松村 康史 京都大学, 医学研究科, 准教授 (80726828)
山本 正樹 京都大学, 医学研究科, 講師 (90726837)
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| Project Period (FY) |
2018-06-29 – 2022-03-31
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| Keywords | 多剤耐性大腸菌 / 都市下水 / アジア・アフリカ |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では多剤耐性菌の広がりが特に懸念されるアジア・アフリカの新興国の都市部を対象に，都市レベルの多剤耐性大腸菌のプロファイリングを行うことをその目的とした。都市レベルの多剤耐性・病原性パターンの詳細データを創出するとともに，その伝播および環境中への排出実態の解明を目指した。当該年度は，昨年度にタイのバンコクにて採取したセフェム系第3世代（セフォタキシム）耐性，ニューキノロン系（シプロフロキサシン）耐性，および前者2種およびアミノグリコシド系（ゲンタマイシン）耐性の3剤耐性を持つ大腸菌を27株づつ計81株，さらに同様にし尿汚泥試料からそれぞれ9株づつ計27株を純化し，全ゲノム解析に供するための保存株を作成した。さらに，これらの試料中の大腸菌および各耐性大腸菌濃度を寒天培地による培養法により測定した結果を分析した。これより，タイの抗生物質消費量報告において3剤の中で最も使用量が多かったシプロフロキサシン耐性大腸菌の存在割合が最も高かった。さらに，バンコク市内の3つの下水処理場および1つのし尿処理場の処理工程を経た薬剤耐性大腸菌のLog除去率は0.18-3.78であった。これらから，環境中への下水由来の薬剤耐性大腸菌の負荷量を推計したところ，上記の3タイプの耐性大腸菌についてそれぞれ3.47x10^13, 5.47x10^13, および1.07 x 10^13 CFU/dayが排出されており，水環境へ影響を及ぼす可能性が懸念された。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
4: Progress in research has been delayed.
Reason
新型コロナウイルス感染症のパンデミックにより，現地での調査活動がまったく実施できず，解析に必要な現地情報の収集が困難となった。研究協力者による代替的な活動も駆使したが，活動にも大きな制約が生じ，現地データの収集，試料採取に遅れが生じた。また，分析を予定していた担当者の活動が困難になり，既獲得サンプルの試料分析，データ分析ともに遅れが生じた。
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| Strategy for Future Research Activity |
新型コロナウイルス感染症のパンデミックによる渡航不可の状況および活動制約が解消される見通しが立たないものの，現地調査が可能になった場合には停滞していた現地での調査活動，データ獲得を速やかに再開する。一方，渡航が不可のままの場合には，現地の研究協力者の協力により，現地において活動可能な時機をさぐり，不足していた現地調査活動および現地の関連データ収集を行う。合わせて，新たな分析担当者を確保し，すでに獲得済みの試料およびデータを用いて，上記の今後得る予定の情報および二次情報も活用しつつ，目的である都市レベルの多剤耐性大腸菌のプロファイリングを代替的にすすめる。
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| Causes of Carryover |
新型コロナウイルス感染症のパンデミックにより，現地での調査活動がまったく実施できず，旅費の執行がゼロになるとともに，試料採取にも遅れが生じ，分析を予定していた担当者の活動も困難になった。そのため試料分析，データ分析ともに遅れが生じ，物品費の使用も限定的となった結果，次年度使用額が生じた。新型コロナウイルス感染症のパンデミックによる渡航不可の状況および活動制約が解消される見通しが立たないものの，現地調査が可能になった場合には現地調査のための旅費として使用し，現地調査が負荷の場合には現地の研究協力者による現地調査活動に使用する。合わせて，新たな分析担当者を確保し，すでに獲得済みの試料分析およびデータ解析のための物品費および人件費に使用する。
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