2018 Fiscal Year Research-status Report
Identification and functional analysis of noncoding SNPs causative for genetic disorders
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18KT0024
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
沖 真弥 九州大学, 医学研究院, 講師 (90452713)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
竹本 龍也 徳島大学, 先端酵素学研究所(オープンイノベ), 教授 (30443899)
沢津橋 俊 徳島大学, 先端酵素学研究所(オープンイノベ), 特任講師 (70535103)
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| Project Period (FY) |
2018-07-18 – 2021-03-31
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| Keywords | GWAS / Noncoding SNP |
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| Outline of Annual Research Achievements |
ゲノムワイド関連解析（GWAS）により、疾患と関連する一塩基多型（marker SNP）が数多く報告されている。しかしそのほとんどがnon-coding領域に存在するため、SNPがどの遺伝子に影響し疾患に至るのかといった因果関係が非常にわかりにくい。また、疾患の直接的な原因となるSNP（causal SNP）はmarker SNPの連鎖不平衡領域（Linkage Disequilibrium block; LD-block）の範囲内にあるため、causal SNPのfine mappingには数kb～数百kbにもわたるLD-blockをサーベイする必要がある。そのためnon-coding領域のSNPのほとんどが後続研究に供されることなく死蔵されているのが現状である。本研究では、膨大なエピゲノム解析データとゲノム編集技術を利用した独自の解析により、この未活用SNPデータの積極的活用をめざす。2018年度は世界中で報告されたほぼ全てのChIP-seqデータを収集したWebサービス、ChIP-Atlasを発展させて論文として公開した。またそれを利用してnon-coding領域のmarker SNP周辺には疾患ごとに固有の転写因子を結合することを見出した。興味深いことにこれら複数の転写因子は、marker SNPよりもそのLD-block内の別の箇所に集中的に結合し、hotspotを形成していた。本研究対象の疾患ごとに数十箇所の転写因子結合hotspotを見出しており、それらについてマウスゲノムと相同なゲノム領域を特定した。またそれらをCRISPR/Cas9システムで欠損させるためのguide RNAの作製を進めた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
世界中で報告されたほぼ全てのChIP-seqデータを収集したWebサービス、ChIP-Atlasを論文として公開した。また転写因子結合hotspotをCRISPR/Cas9システムで欠損させるための準備を整えることができた。
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| Strategy for Future Research Activity |
当初の計画通り、転写因子結合hotspotを欠損させる実験を進めていく。
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| Causes of Carryover |
欠損の標的となるゲノム領域の数が多く、それら全てを欠損させるのには時間を要している。次年度はその繰越し金とともに実験の完遂をめざす。
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