2007 Fiscal Year Annual Research Report
網羅的mRNA絶対定量のためのパイロプライマーの開発
| Project/Area Number |
19021049
|
|---|
| Research Institution | National Institute of Advanced Industrial Science and Technology |
|---|
Principal Investigator |
藤渕 航 National Institute of Advanced Industrial Science and Technology, 生命情報工学研究センター, 研究チーム長 (60273512)
|
|---|
| Keywords | 遣伝子発現定量 / プライマー配列 / 配列決定法 |
|---|
| Research Abstract |
パイロシーケンシングによる細胞内mRNA糸対定量を可能にするためのプライマー配列(パイロフライマー)を開発するため,(1)「遺伝子」発現定量のための低冗長性を許したpolyA近郊パイロプライマー,および(2)「スプライシングバリアント」を完全定量するエクソン境界近傍パイロプライマーを設計することを目的とし,そのための方法論を確立した。
【高速ユニーク性検索】プライマー設計上,最大の問題となる配列のユニーク性を正確に検出するのに32CPUで1年かかる問題を約3ヶ月で計算する方法を考案した。さらに従来は検出能力を落として時間を高速化していたが,本研究で2種類のアライメントプログラムを組み合わせて利用することにより検出能力を落とさずに高速化することに成功した(技術報告論文執筆中)。平成20年度は,さらにハードウェアによる検索の高速化を研究中である。
【高性能プライマー選択法】従来のTm値を揃えるとユニーク性が劣化し,ユニーク性を向上させるとTm値が揃わない問題を回避する方法を考案した。第一段階ではユニーク性の高いプライマーを選択するがTm値の条件を満たさない場合には,ユニーク性をしきい値まで下げ,その範囲でTm値を満たすプライマーを選択した。これによりパイロプライマーで配列決定をする段階でユニークな遺伝子を見分けることが可能と考えられるプライマーが設計された。平成20年度は本プライマーのうち10遺伝子程度にっいてその性能を検証し,ユーザーに使い易いGUI機能を持つサーバーを開発する。
|
