Designing pyro-primer sequences for exhaustive quantitation of mRNAs

2008 Fiscal Year Final Research Report

• Project/Area Number: 19021049
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• Allocation Type: Single-year Grants
• Review Section: Science and Engineering
• Research Institution: National Institute of Advanced Industrial Science and Technology
• Principal Investigator: FUJIBUCHI Wataru National Institute of Advanced Industrial Science and Technology, 生命情報工学研究センター, 研究チーム長 (60273512)
• Project Period (FY): 2007 – 2008
• Keywords: 遺伝子発現定量 / プライマー配列 / 配列決定法

Research Abstract

パイロシーケンシングによる細胞内mRNA 絶対定量を可能にするためのプライマー配列(パイロプライマー)を開発するため、(1)「遺伝子」発現定量のための低冗長性を許したpolyA 近郊パイロプライマー、および(2)「スプライシングバリアント」を完全定量するエクソン境界近傍パイロプライマーを現実時間内で設計することを目的としそのための方法論とシステムを開発した。

Research Products

• [Journal Article] Development of a fast primer search system using FPGA. (2008)
  • Author(s): Chiba H, Nakagawa S, Taniguchi T, Fujibuchi W.
  • Journal Title: IPSJ SIG Technical Report Pages: 1-4
• [Presentation] Designing Pyro-Primer Sequences for Exhaustive Quantitation of mRNAs (2009)
  • Author(s): Chiba H, Nakagawa S, Taniguchi T, Fujibuchi W.
  • Organizer: The 7th (International) Life Surveyor Symposium
  • Place of Presentation: Hitachi Central Research Laboratory, Tokyo
  • Year and Date: 20090100
• [Presentation] Designing Pyro-primer Sequences for Exhaustive Quantitation of mRNAs (2008)
  • Author(s): 千葉啓和、中川草、谷口丈晃、藤渕航
  • Organizer: CBRC2008
  • Place of Presentation: 産業技術総合研究所・臨海副都心センター別館
  • Year and Date: 20081100
• [Presentation] Computer Design of Pyro-Primer Sequences for Exhaustive Quantitation of mRNAs (2008)
  • Author(s): Chiba H, Nakagawa S, Taniguchi T, Fujibuchi W.
  • Organizer: The 3rd International Workshop on Approaches to Single-Cell Analysis
  • Place of Presentation: ATH, Zurich
  • Year and Date: 20080900
• [Presentation] FPGAを用いた高速プライマー配列探索システムの開発 (2008)
  • Author(s): 千葉啓和、中川草、谷口丈晃、藤渕航
  • Organizer: 情報処理学会バイオ情報学研究会
  • Place of Presentation: 北海道大学
  • Year and Date: 20080900
• [Presentation] 網羅的mRNA 絶対定量のためのパイロプライマーの開発 (2008)
  • Author(s): 千葉啓和、中川草、谷口丈晃、藤渕航
  • Organizer: 第6回ライフサーベイヤシンポジウム
  • Place of Presentation: 大阪大学
  • Year and Date: 20080600
• [Presentation] 網羅的mRNA絶対定量のためのパイロプライマーの開発 (2008)
  • Author(s): 中川草、谷口丈晃、藤渕航
  • Organizer: 第5回ライフサーベイヤシンポジウム
  • Place of Presentation: 名古屋大学
  • Year and Date: 20080100
• [Presentation] The Role of Bioinformatics in Single Cell Analysis (2007)
  • Author(s): Fujibuchi W.
  • Organizer: 5th International Forum on Post-genome Technologies
  • Place of Presentation: Suzhou, China.(invited)
  • Year and Date: 20070900
• [Presentation] Computer Design of Pyro-Primer Sequences for Exhaustive Quantitation of mRNAs (2007)
  • Author(s): Fujibuchi W.
  • Organizer: The 2nd International Workshop on Approaches to Single-Cell Analysis
  • Place of Presentation: Waseda University
  • Year and Date: 20070700
• [Presentation] 網羅的mRNA 絶対定量のためのパイロプライマーの開発 (2007)
  • Author(s): 藤渕航
  • Organizer: 特定領域研究会議
  • Place of Presentation: 青学会館
  • Year and Date: 20070600
• [Remarks] ホームページ等 プライマー探索システムのWebインタラクティブ版のプロトタイプを開発している。(図6:公開準備中) [figure] 図6:遺伝子名(複数)とTm値を入力するとFPGA ボードを起動してユニークなプライマー配列セット候補のリストを返すWebシステム「Fprimer」のプロトタイプ。
• [Patent(Industrial Property Rights)] (仮)ターゲット遺伝子に特異的なマルチプレックスプライマー配列の探索方法、装置、プログラム (準備中)
  • Inventor(s): 藤渕航、千葉啓和
  • Industrial Property Rights Holder: (独)産業技術総合研究所