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2007 Fiscal Year Annual Research Report

光駆動プロトンポンプの動作機構の解明

Research Project

Project/Area Number 19042013
Research InstitutionNagoya Institute of Technology

Principal Investigator

古谷 祐詞  Nagoya Institute of Technology, 工学研究科, 助教 (80432285)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 神取 秀樹  名古屋工業大学, 工学研究科, 教授 (70202033)
Keywordsナノバイオ / 赤外分光法 / 生体分子 / 蛋白質 / 生物物理
Research Abstract

世界最小のイオンポンプであるバクテリオロドプシンは、最も研究が進んでいるポンプ蛋白質であるが、そのポンプ機構は解明されたとは言い難い。本研究では、光駆動プロトンポンプの動作機構を解明するため、機能転換を含めた蛋白質の変異、光駆動ポンプ活性の計測、そして申請者のグループが世界に誇る赤外分光法を駆使した網羅的な研究を古細菌型ロドプシンに対して行う。特に、古細菌に存在するロドプシンだけでなく、真核生物や真正細菌から新たに見つかった古細菌型ロドプシンを主要な研究対象に位置付ける。
本年度の研究実績として主に以下のものが挙げられる。1,真正細菌由来のプロテオロドプシンに対する赤外分光計測により、シッフ塩基近傍の水素結合ネットワーク構造を明らかにした(D. Ikeda, et. al., Biochemistry,2007)。2,バクテリオロドプシンを光センサーに変換した変異体の赤外分光計測により、センサー機能に重要なスレオニン残基の水素結合変化を観測した(Y. Sudo, et. al., J. Biol. Chem.,2007)。3,バクテリオロドプシンのD212N変異体でクロライドイオン依存的にプロトンポンプ活性に重要な強い水素結合を形成した水分子を観測した(M. Shibata, et. al., Biochemistry,2007)。4,光駆動プロトンポンプの中枢部分となるレチナールシッフ塩基を粘土を用いたモデル系に導入し、粘土の産地を変えることにより、吸収極大波長の制御を行った(Y. Furutani, et. al., Angew. Chem. Int. Ed.,2007)。5,バクテリオロドプシンに対する時間分解赤外分光法により、光反応中間体(LおよびM中間体)の形成過程での水分子の水素結合変化を実時間で計測した(V. A. Lorenz-Fonfria, et. al., Biochemistry,2008)。

  • Research Products

    (39 results)

All 2008 2007 Other

All Journal Article (9 results) (of which Peer Reviewed: 9 results) Presentation (27 results) Book (2 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Active Internal Waters in the Bacteriorhodopsin Photocycle. A Comparative Study of the L and M Intermediates at Room and Cryogenic Temperatures by Infrared Spectroscopy2008

    • Author(s)
      V. A. Lorenz-Fonfria, et. al.
    • Journal Title

      Biochemistry 47

      Pages: 4071-4081

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural Changes in the O-decay Accelerated Mutants of pharaonis Phoborhodopsin2008

    • Author(s)
      Y. Sudo, et. al.
    • Journal Title

      Biochemistry 47

      Pages: 2866-2874

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Early Photocycle Structural Changes in a Bacteriorhodopsin Mutant Engineered to Transmit Photosensory Signals2007

    • Author(s)
      Y. Sudo, et. al.
    • Journal Title

      J. Biol. Chem. 282

      Pages: 15550-15558

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] FTIR Study of the Retinal Schiff Base and Internal Water Molecules of Proteorhodopsin2007

    • Author(s)
      D. Ikeda, et. al.
    • Journal Title

      Biochemistry 46

      Pages: 5365-5373

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Clay Mimics Color Tuning in Visual Pigments2007

    • Author(s)
      Y. Furutani, et. al.
    • Journal Title

      Angew. Chem. Int. Ed 46

      Pages: 8010-8012

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Halide Binding by the D212N Mutant of Bacteriorhodopsin Affects Hydrogen Bonding of Water in the Active Site2007

    • Author(s)
      M. Shibata, et. al.
    • Journal Title

      Biochemistry 46

      Pages: 7325-7335

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Bayesian Maximum Entropy (Two-Dimensional) Lifetime Distribution Reconstruction from Time-Resolved Spectroscopic Data2007

    • Author(s)
      V. A. Lorenz-Fonfria, et. al.
    • Journal Title

      Appl. Spectrosc 61

      Pages: 428-443

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Inter-helical Hydrogen Bonds Are Essential Elements for Intra-protein Signal transduction: The Role of Asp ll5 in Bacteriorhodopsin Transport Function2007

    • Author(s)
      A. Peralvarez-Marin, et. al.
    • Journal Title

      J. Mol. Biol 368

      Pages: 666-676

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Practical Aspects of the maximum Entropy Inversion of the Laplace Transform for Quantitative Analysis of Multi-Exponential Data2007

    • Author(s)
      V. A. Lorenz-Fonfria, et. al.
    • Journal Title

      Appl. Spectrosc 61

      Pages: 74-84

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 「古細菌型ロドプシンの光情報変換および光エネルギー変換機構について-赤外分光法により判明した水分子およびスレオニン残基の重要性-」2008

    • Author(s)
      古谷祐詞
    • Organizer
      第84回東工大COE物理セミナー
    • Place of Presentation
      東工大・東京
    • Year and Date
      2008-01-17
  • [Presentation] Gloeobacter rhodopsinにおけるレチナールの光異性化にともなうプロトンドナーの構造変化2007

    • Author(s)
      橋本 匡平、古谷 祐詞、AhReum Choi、Kwang-Hwan Jung、神取 秀樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第45回年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜・横浜
    • Year and Date
      20071221-23
  • [Presentation] 硝酸イオン結合型ファラオニスハロロドプシンの赤外分光2007

    • Author(s)
      中島啓介、柴田幹大、出村誠、神取秀樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第45回年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜・横浜
    • Year and Date
      20071221-23
  • [Presentation] 乾電池型プロテオロドプシン変異体の研究2007

    • Author(s)
      吉次麻衣子、池田大亮、柴田幹大、古谷祐詞、神取秀樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第45回年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜・横浜
    • Year and Date
      20071221-23
  • [Presentation] ファラオニスハロロドプシンのクロライドポンプにおけるプロリン残基の役割2007

    • Author(s)
      柴田幹大、出村誠、神取秀樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第45回年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜・横浜
    • Year and Date
      20071221-23
  • [Presentation] FTIR Study of Nitrate-bound pharaonis Halorhodopsin2007

    • Author(s)
      Keisuke Nakashima, Mikihiro Shibata, Makoto Demura and Hideki Kandori
    • Organizer
      Molecular Science and Chemical Biology of Biomolecular Funetion
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター・岡崎
    • Year and Date
      20071110-12
  • [Presentation] Long-Ranged Protein Structural Changes upon Retinal Photoisomerization in a Cyanobacterial Rhodopsin Studied by FTIR Spectroscopy2007

    • Author(s)
      Kyohei Hashimoto, Yuji Fiirutani, Ah Reum Choi, Kwang-Hwan Jung and Hideki Kandori
    • Organizer
      Molecular Science and Chemical Biology of Biomolecular Function
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター・岡崎
    • Year and Date
      20071110-12
  • [Presentation] Halide Binding by D85S and D212N Bacteriorhodopsin Mutants Affects Hydrogen-Bonding Network in the Active Site2007

    • Author(s)
      Mikihiro shibata, Maiko Yoshitsugu, Kunio Ihara and Hideki Kandori
    • Organizer
      Molecular Science and Chemical Biology of Biomolecular Function
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター・岡崎
    • Year and Date
      20071110-12
  • [Presentation] Altered Hydrogen Bonding of the Argl23 and Water Molecules in the L1 and L2-intermediate of pharaonis Halorhodopsin2007

    • Author(s)
      Mikihiro Shibata, Makoto Demura and Hideki Kandori
    • Organizer
      International Symposium on Retinal Proteins: Experiments and Theory
    • Place of Presentation
      ベルリン・ドイツ
    • Year and Date
      20070923-26
  • [Presentation] Altered Hydrogen Bonding of the Argl23 and Water Molecules in the L1 and L2-intermediate of pharaonis Halorhodopsin2007

    • Author(s)
      Mikihiro Shibata, Makoto Demura and Hideki Kandori
    • Organizer
      Projects of the SFb-498 "Protein-Cofactor Interactions in Biological Processes"
    • Place of Presentation
      ベルリン・ドイツ
    • Year and Date
      20070916-19
  • [Presentation] FTIR分光法によるGloeobacter rhodopsinの初期中間体における構造変化の研究2007

    • Author(s)
      橋本匡平、古谷祐詞、Kwang-Hwan Jung、神取秀樹
    • Organizer
      第14回日本光生物学協会年会
    • Place of Presentation
      奈良先端大・奈良
    • Year and Date
      20070730-31
  • [Presentation] 硝酸イオン結合型ファラオニスハロロドプシンの低温赤外分光2007

    • Author(s)
      中島啓介、柴田幹大、出村誠、神取秀樹
    • Organizer
      第14回日本光生物学協会年会
    • Place of Presentation
      奈良先端大・奈良
    • Year and Date
      20070730-31
  • [Presentation] 分子ポンプを考える2007

    • Author(s)
      神取秀樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第45回年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜・横浜
    • Year and Date
      2007-12-23
  • [Presentation] 赤外分光法によるタンパク質間相互作用の解析-ロドプシンをモデルとして-2007

    • Author(s)
      古谷祐詞、神取秀樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第45回年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜・横浜
    • Year and Date
      2007-12-21
  • [Presentation] 赤外分光によるプロトンポンプ蛋白質のメカニズム研究2007

    • Author(s)
      神取秀樹
    • Organizer
      水素量子アトミクス研究会
    • Place of Presentation
      北大・札幌
    • Year and Date
      2007-12-14
  • [Presentation] 水分子の水素結合強度が決めるロドプシンの機能2007

    • Author(s)
      神取秀樹
    • Organizer
      赤外ラマン分光部会シンポジウム
    • Place of Presentation
      阪大・豊中
    • Year and Date
      2007-12-06
  • [Presentation] The determinants of light-energy and light-signal conversion in rhodopsins2007

    • Author(s)
      Hideki Kandori
    • Organizer
      Molecular Science and Chemical Biology of Biomolecular Function
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター・岡崎
    • Year and Date
      2007-11-10
  • [Presentation] FTIR Study of Protein-Protein Interaction in an Archaeal Sensory Rhodopsin2007

    • Author(s)
      Y. Furutani and H. Kandori
    • Organizer
      International Workshop on Infrared Spectroscopy Applied to Biological and Biomimetic Systems: From the Isolated Molecule to the Cell (FTIR2007)
    • Place of Presentation
      ブエノスアイレス・アルゼンチン
    • Year and Date
      2007-11-07
  • [Presentation] FTIR Studies of Internal Water Molecules of Bacteriorhodopsin: Structural Analysis of Halide-bound D85S and D212N Muntants in the Schiff Base Region2007

    • Author(s)
      Mikihiro Shibata and Hideki Kandori
    • Organizer
      International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering
    • Place of Presentation
      コルフ・ギリシャ
    • Year and Date
      2007-09-28
  • [Presentation] The Determinant of Light-Energy and Light-Signal Conversion in Rhodopsins2007

    • Author(s)
      Hideki Kandori
    • Organizer
      International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering
    • Place of Presentation
      コルフ・ギリシャ
    • Year and Date
      2007-09-28
  • [Presentation] Determinants of Light-Energy and Light-Signal Conversions in Rhodopsins2007

    • Author(s)
      Hideki Kandori
    • Organizer
      International Symposium on "Retinal Proteins: Experiments and Theory"
    • Place of Presentation
      ブレーメン・ドイツ
    • Year and Date
      2007-09-26
  • [Presentation] 自己組織化により形成されたM6L4型かご状錯体内部に存在する水クラスターの光化学反応に対する赤外分光法による解析2007

    • Author(s)
      古谷祐詞、吉沢道人、藤田誠、神取秀樹
    • Organizer
      第1回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      東北大・仙台
    • Year and Date
      2007-09-20
  • [Presentation] FTIR study of photoreceptive proteins in action2007

    • Author(s)
      Hideki Kandori
    • Organizer
      International Workshop of the Collaborative Research Center on "Protein-Cofactor Interactions in Biological Processes
    • Place of Presentation
      ベルリン・ドイツ
    • Year and Date
      2007-09-19
  • [Presentation] 膜蛋白質におけるプロトン伝導2007

    • Author(s)
      神取秀樹
    • Organizer
      生理学研究所研究会「膜機能分子ダイナミクスの分子機構解明に向けて」
    • Place of Presentation
      生理学研究所・岡崎
    • Year and Date
      2007-09-06
  • [Presentation] 赤外分光法によるハロロドプシンの細胞外側領域の構造解析2007

    • Author(s)
      柴田幹大、出村誠、神取秀樹
    • Organizer
      第14回日本光生物学協会年会
    • Place of Presentation
      奈良先端大・奈良
    • Year and Date
      2007-07-30
  • [Presentation] 光センサーに変換したバクテリオロドプシンの構造と構造変化2007

    • Author(s)
      須藤雄気、古谷祐詞、神取秀樹、John L. Spudich
    • Organizer
      第14回日本光生物学協会年会
    • Place of Presentation
      奈良先端大・奈良
    • Year and Date
      2007-07-30
  • [Presentation] FTIR Study of Proton Pumping and Light-Signal Transduction Mechanisms in Archaeal-Type Rhodopsins2007

    • Author(s)
      Y. Furutani and H. Kandori
    • Organizer
      9th International Symposium on Biotechnology Metal Complexes and Catalysis
    • Place of Presentation
      シーリンホト・内モンゴル自治区・中国
    • Year and Date
      2007-07-29
  • [Book] 生物物理学ハンドブック(第9章9節 赤外・ラマン分光法)2007

    • Author(s)
      古谷 祐詞 神取 秀樹
    • Total Pages
      680ページの内3ページ担当
    • Publisher
      朝倉書店
  • [Book] 生物物理学ハンドブック(第7章3節 光駆動ポンプ)2007

    • Author(s)
      神取 秀樹
    • Total Pages
      680ページの内3ページ担当
    • Publisher
      朝倉書店
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.ach.nitech.ac.jp/~physchem/kandori/index_j.html

URL: 

Published: 2010-02-04   Modified: 2016-04-21  

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