2008 Fiscal Year Annual Research Report
包括的トランスクリプトーム解析による新たなゲノム医学,創薬研究
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19109001
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
辻本 豪三 Kyoto University, 薬学研究科, 教授 (80172013)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
平澤 明 京都大学, 薬学研究科, 准教授 (70242633)
木村 郁夫 京都大学, 薬学研究科, 助教 (80433689)
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| Keywords | トランスクリプトーム / DNAチップ / バイオインフォマッティックス / RNA / 疾患動物モデル |
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| Research Abstract |
H19繰越基盤研究(S)より統合遺伝子発現解析プラットフォームの方法論の選定を行った。選定された方法論でマイクロRNAマイクロアレイを用いた食道がんプロファイル解析を行った。(1)RNA標本のラベリング法として、cDNA法とaRNA法を比較しその再現性を比較したところ、Cy5を用いたaRNA法の方がCy3を用いたcDNA法に比べて再現性が高い事が示され、このaRNA法を標準のラベリング法とした。スキャニング法としては、詳細な最適化の結果、Cy5がオゾンによる蛍光強度の減弱が強い時期が過ぎて安定する、洗浄後1時間以上経過してから、強度の違う3種類の励起光でスキャンしたデータを、統合する方法が最もスキャニングにおける再現性が高いことが判明した。(2)複数施設から集められた30標本(1症例2標本:非癌部と癌部)について、改良された標本ラベリング法を用いてハイブリし、各標本の遺伝子発現プロファイルを取得した。データをQuantile Normalization法を用いてノーマライズを施行した。放射線化学療法の効果判定の結果と相関させる事は時期尚早であると判断し、その前段階としてHierarchical Clustering法を用いた解析を行った。遺伝子プロファイルによると、(1)非癌部と癌部標本は、別れてクラスタリングされる。(2)適格基準適合症例と適合外症例とは、比較的別れてクラスタリングされる。(3)臨床施設やハイブリ施行日に明らかなバイアスを認めなかった。以上より、癌・非癌部標本からのデータが別々にクラスタリングされる事が示された。
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Research Products
(28 results)
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[Journal Article] Establishment of the culture model system that reflects the process of terminal differentiation of connective tissue-type mast cells2008
Author(s)
Takano H, Nakazawa S, Okuno Y, Shirata N, Tsuchiya S, Kainoh T, Takamatsu S, Furuta K, Taketomi Y, Naito Y, Takematsu H, Kozutsumi Y, Tsuiimoto G, Murakami M, Kudo I, Ichikawa A, Nakayama K, Sugimoto Y, Tanakag S
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Journal Title
FEBS Lett 582
Pages: 1444-1450
Peer Reviewed
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[Journal Article] Secreted CXCL1 is a potential Mediator and marker of the tumor invasion of bladder cancer.2008
Author(s)
Kawanishi H, Matsui Y, Ito M, Watanabe J, Takahashi T, Nishizawa K, Nishiyama H, Kamoto T, Mikami Y, Tanaka Y, Jung G, Akiyama H, Nobumasa H, Guilford P, Reeve A, Okuno Y, Tsujimoto G, Nakamura E, Ogawa O.
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Journal Title
Clin Cancer Res. 14
Pages: 2578-1587
Peer Reviewed
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[Journal Article] Synthesis and application of fluorescein-and biotin-labeled molecular probes for the chenmokine receptor CXCR4.2008
Author(s)
Oishi S, Masuda R, Evans B, Ueda S, Goto Y, Ohno H, Hirasawa A, Tsujimoto G, Wang Z, Peiper SC, Naito T, Kodama E, Matsuoka M, Fujii N.
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Journal Title
Chembiochem. 9
Pages: 1154-1158
Peer Reviewed
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[Journal Article] Effects of vasopressin Vlb receptor deficiency on adrenocortropin release from anterior pituitary cells in response to oxytocin stimulation.2008
Author(s)
Nakamura K, Fujiwara Y, Mizutani R, Sanbe A, Miyauchi N, Hiroyama M, Yamauchi J, Yamashita T, Nakamura S, Nori T, Tsujimoto G, Tanoue A.
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Journal Title
Endocrinology 149
Pages: 4883-4891
Peer Reviewed
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[Journal Article] Microarray-based identification of CUB-domain containing protein 1 as a potential prognostic marker in conventional renal cell carcinoma.2008
Author(s)
Awakura Y, Nakamura E, Takahashi T, Kotani H, Mikami Y, Kadowaki T, Myoumoto A, Akiyama H, Ito N, Karaoto T, Manabe T, Nobumasa H, Tsujimoto G, Ogawa 0.
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Journal Title
J Cancer Res Clin Oncol 134
Pages: 1363-1369
Peer Reviewed
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[Journal Article] Identification of G protein-coupled receptor 120-selective agonists derived from PPARgamma agonists.2008
Author(s)
Suzuki T, Igari SI, Hirasawa A, Hata M, Ishiguro M, Fujieda H, Itoh Y, Hirano T, Nakagawa H, Ogura M, Makishima M, Tsujimoto G, Miyata N.
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Journal Title
J Med Chem 51
Pages: 7640-7644
Peer Reviewed
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