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2008 Fiscal Year Annual Research Report

包括的トランスクリプトーム解析による新たなゲノム医学,創薬研究

Research Project

Project/Area Number 19109001
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

辻本 豪三  Kyoto University, 薬学研究科, 教授 (80172013)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 平澤 明  京都大学, 薬学研究科, 准教授 (70242633)
木村 郁夫  京都大学, 薬学研究科, 助教 (80433689)
Keywordsトランスクリプトーム / DNAチップ / バイオインフォマッティックス / RNA / 疾患動物モデル
Research Abstract

H19繰越基盤研究(S)より統合遺伝子発現解析プラットフォームの方法論の選定を行った。選定された方法論でマイクロRNAマイクロアレイを用いた食道がんプロファイル解析を行った。(1)RNA標本のラベリング法として、cDNA法とaRNA法を比較しその再現性を比較したところ、Cy5を用いたaRNA法の方がCy3を用いたcDNA法に比べて再現性が高い事が示され、このaRNA法を標準のラベリング法とした。スキャニング法としては、詳細な最適化の結果、Cy5がオゾンによる蛍光強度の減弱が強い時期が過ぎて安定する、洗浄後1時間以上経過してから、強度の違う3種類の励起光でスキャンしたデータを、統合する方法が最もスキャニングにおける再現性が高いことが判明した。(2)複数施設から集められた30標本(1症例2標本:非癌部と癌部)について、改良された標本ラベリング法を用いてハイブリし、各標本の遺伝子発現プロファイルを取得した。データをQuantile Normalization法を用いてノーマライズを施行した。放射線化学療法の効果判定の結果と相関させる事は時期尚早であると判断し、その前段階としてHierarchical Clustering法を用いた解析を行った。遺伝子プロファイルによると、(1)非癌部と癌部標本は、別れてクラスタリングされる。(2)適格基準適合症例と適合外症例とは、比較的別れてクラスタリングされる。(3)臨床施設やハイブリ施行日に明らかなバイアスを認めなかった。以上より、癌・非癌部標本からのデータが別々にクラスタリングされる事が示された。

  • Research Products

    (28 results)

All 2009 2008

All Journal Article (19 results) (of which Peer Reviewed: 19 results) Presentation (8 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] In silico approach to identify the expression of the undiscovered molecules from microarray public database : identification of odorant receptors expressed in non-olfactory tissues.2008

    • Author(s)
      Ichiinura A, Kadowaki T, Narukawa K, Togiya K, Hirasawa A, Tsujimoto G.
    • Journal Title

      Naunyn Schmiedebergs Arch Pharmacol. 377

      Pages: 159-165

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Production and characterization of a monoclonal antibody against GPR40 (FFARl ; free fatty acid receptor 1).2008

    • Author(s)
      Hirasawa A, Itsubo C, Sadakane K, Hara T, Shinagawa S, Koga H, Nose H, Koshimizu TA, Tsujimoto G.
    • Journal Title

      Biochei Biophys Res Commun. 365

      Pages: 22-28

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] NMR structure of an intracellular third loop peptide of human GABA(B) receptor.2008

    • Author(s)
      Kikko T, Matsumoto O, Ohkudo T, Kobayashi Y, Tsujimoto G
    • Journal Title

      Biochem Biophys Res Commun. 366

      Pages: 681-684

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Establishment of the culture model system that reflects the process of terminal differentiation of connective tissue-type mast cells2008

    • Author(s)
      Takano H, Nakazawa S, Okuno Y, Shirata N, Tsuchiya S, Kainoh T, Takamatsu S, Furuta K, Taketomi Y, Naito Y, Takematsu H, Kozutsumi Y, Tsuiimoto G, Murakami M, Kudo I, Ichikawa A, Nakayama K, Sugimoto Y, Tanakag S
    • Journal Title

      FEBS Lett 582

      Pages: 1444-1450

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Immunological tolerance-related genes in a spontaneous tolerant model of rat liver transplantation explored by suppression subtractive hybridization.2008

    • Author(s)
      Zhang H, Ohmi K, Hirasawa A, Enosawa S, Hara Y, Tamura A, Tsuiimoto G.
    • Journal Title

      Cell Transplant. 17

      Pages: 195-201

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Administration of perilla oil coated with Calshell increases glucagon-like peptide secretion.2008

    • Author(s)
      Adachi T, Yanaka H, Kanai H, Nozaki M, Takahara Y, Tsuda M, Jonouchi T, Tsuda K, Hirasawa A, Tsujimoto G.
    • Journal Title

      Biol Pharm Bull 31

      Pages: 1021-1023

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Phamacogenomics of cardiovascular pharmacology : development of an informatics system for analysis of DNA microarray data with a focus on lipid metabolism.2008

    • Author(s)
      Takahara Y, Kobayashi T, Takemoto K, Adachi T. Osaki K, Kawahara K, Tsujimoto G.
    • Journal Title

      J Pharmacol Sci 107

      Pages: 1-7

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Secreted CXCL1 is a potential Mediator and marker of the tumor invasion of bladder cancer.2008

    • Author(s)
      Kawanishi H, Matsui Y, Ito M, Watanabe J, Takahashi T, Nishizawa K, Nishiyama H, Kamoto T, Mikami Y, Tanaka Y, Jung G, Akiyama H, Nobumasa H, Guilford P, Reeve A, Okuno Y, Tsujimoto G, Nakamura E, Ogawa O.
    • Journal Title

      Clin Cancer Res. 14

      Pages: 2578-1587

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Synthesis and application of fluorescein-and biotin-labeled molecular probes for the chenmokine receptor CXCR4.2008

    • Author(s)
      Oishi S, Masuda R, Evans B, Ueda S, Goto Y, Ohno H, Hirasawa A, Tsujimoto G, Wang Z, Peiper SC, Naito T, Kodama E, Matsuoka M, Fujii N.
    • Journal Title

      Chembiochem. 9

      Pages: 1154-1158

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Alcohol preference in mice lacking the Avprla vasopressin receptor.2008

    • Author(s)
      Sanbe A, Takagi N, Fujiwara Y, Yamauchi J, Endo T, Mizutani R, Takeo S, Tsuiimoto G, Tanoue A
    • Journal Title

      Am J Physiol Regul Integr Comp 294

      Pages: 1482-1490

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Free fatty acids induce cholecystokinin secretion through GPR120.2008

    • Author(s)
      Tanaka T, Katsuma S, Adachi T, Koshimizu TA, Hirasawa A, Tsujimoto G.
    • Journal Title

      Naunyn Schiiedebergs Arch Pharmacol. 377

      Pages: 523-527

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cloning and characterization of the rat free fatty acid receptor GPR120 : in vivo effect of the natural ligand on GLP-1 secretion and proliferation of pancreatic beta cells.2008

    • Author(s)
      Tanaka T, Yano T, Adachi T, Koshimizu TA, Hirasawa A, Tsujimoto G.
    • Journal Title

      Naunyn Schmiedebergs Arch Pharmacol. 377

      Pages: 515-522

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Global correlation analysis for micro-RNA and mRNA expression profiles in human cell lines.2008

    • Author(s)
      Ruike Y, Ichimura A, Tsuchiya S, Shimizu K, Kunimoto R, Okuno Y, Tsujimoto G.
    • Journal Title

      J Hum Genet 53

      Pages: 515-523

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Coiled-coil tag-probe system for quick labeling of membrane receptors in living cells.2008

    • Author(s)
      Yano Y, Yano A, Oishi S, Sugimoto Y, Tsujimoto G, Fujii N, Matsuzaki K.
    • Journal Title

      ACS Chem Biol 20

      Pages: 341-345

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure-activity relationships of pyrazine-based CK2 inhibitors : synthesis and evaluation of 2, 6-disubstituted pyrazines and 4, 6-disubstituted pyrimidines.2008

    • Author(s)
      Suzuki Y, Cluzeau J, Hara T, Hirasawa A, Tsujimoto G, Oishi S, Ohno H, Fujii N.
    • Journal Title

      Arch Pharm (Weinheim) 341

      Pages: 554-561

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Effects of vasopressin Vlb receptor deficiency on adrenocortropin release from anterior pituitary cells in response to oxytocin stimulation.2008

    • Author(s)
      Nakamura K, Fujiwara Y, Mizutani R, Sanbe A, Miyauchi N, Hiroyama M, Yamauchi J, Yamashita T, Nakamura S, Nori T, Tsujimoto G, Tanoue A.
    • Journal Title

      Endocrinology 149

      Pages: 4883-4891

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Free fatty acid receptors and drug discovery.2008

    • Author(s)
      Hirasawa A, Hara T, Katsuma S, Adachi T, Tsujimoto G.
    • Journal Title

      Biol Pharm Bull 31

      Pages: 1847-1851

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Microarray-based identification of CUB-domain containing protein 1 as a potential prognostic marker in conventional renal cell carcinoma.2008

    • Author(s)
      Awakura Y, Nakamura E, Takahashi T, Kotani H, Mikami Y, Kadowaki T, Myoumoto A, Akiyama H, Ito N, Karaoto T, Manabe T, Nobumasa H, Tsujimoto G, Ogawa 0.
    • Journal Title

      J Cancer Res Clin Oncol 134

      Pages: 1363-1369

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Identification of G protein-coupled receptor 120-selective agonists derived from PPARgamma agonists.2008

    • Author(s)
      Suzuki T, Igari SI, Hirasawa A, Hata M, Ishiguro M, Fujieda H, Itoh Y, Hirano T, Nakagawa H, Ogura M, Makishima M, Tsujimoto G, Miyata N.
    • Journal Title

      J Med Chem 51

      Pages: 7640-7644

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] ゲノム科学で治す生活習慣病2009

    • Author(s)
      辻本豪三
    • Organizer
      東北大学21世紀COE生活習慣病フォーラム
    • Place of Presentation
      良陵会館 記念ホール
    • Year and Date
      2009-03-10
  • [Presentation] 創薬開第の過程(発想から開第)2008

    • Author(s)
      辻本豪三
    • Organizer
      佐島シンポジウム講演
    • Place of Presentation
      東京第一ホテル両国
    • Year and Date
      20080404-20080405
  • [Presentation] ゲノム研第の最近の進展2008

    • Author(s)
      辻本豪三(オーガナイザー)
    • Organizer
      創薬薬理フォーラム第16回
    • Place of Presentation
      日本薬学会長井記念館
    • Year and Date
      2008-09-19
  • [Presentation] ゲノムで拓く創薬2008

    • Author(s)
      辻本豪三
    • Organizer
      19回新薬創製談話会
    • Place of Presentation
      京都嵐山「らざん」
    • Year and Date
      2008-09-17
  • [Presentation] 急性リンパ性白血病細胞におけるグルコチコイド感受性マーカー遺伝子の検討2008

    • Author(s)
      辻本豪三
    • Organizer
      第17回日本アポートシス研究会学術集会
    • Place of Presentation
      メルパルク京都第 2会場
    • Year and Date
      2008-08-17
  • [Presentation] テーラーメイド医療の展望2008

    • Author(s)
      辻本豪三 (教育講演)
    • Organizer
      第25回TDM学会学術大会
    • Place of Presentation
      タワーホール船堀
    • Year and Date
      2008-06-21
  • [Presentation] ゲノム科学からの創薬 : 新規脂肪酸受容体ファミリーの機能解析2008

    • Author(s)
      辻本豪三
    • Organizer
      第4回京都心血管代謝セミナー
    • Place of Presentation
      芝蘭会館別館 (国際交流会館) (京都
    • Year and Date
      2008-06-17
  • [Presentation] ゲノム創薬研究 : ケモゲノミクス研第への展開2008

    • Author(s)
      辻本豪三(オーガナイザーおよびシンポジスト)
    • Organizer
      第118回日本薬理学会関東支部会・第10回応用薬理シンポジウム
    • Place of Presentation
      星薬科大学
    • Year and Date
      2008-06-07
  • [Book] インシリコ創薬科学-ゲノム情報から創薬へ-第1章 概論-ゲノム情報から創薬へ2008

    • Author(s)
      藤井信孝, 辻本豪三, 奥野恭史/編集
    • Total Pages
      191
    • Publisher
      京都廣川書店

URL: 

Published: 2010-06-11   Modified: 2016-04-21  

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