包括的トランスクリプトーム解析による新たなゲノム医学,創薬研究

2010 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 19109001
• Research Institution: Kyoto University
• Principal Investigator: 辻本 豪三 京都大学, 薬学研究科, 教授 (80172013)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 平澤 明 京都大学, 薬学研究科, 准教授 (70242633) ; 木村 郁夫 京都大学, 薬学研究科, 助教 (80433689)
• Keywords: 包括的トランスクリプトーム解析 / マイクロRNA / ネットワーク解析 / 超高感度DNAチップ / 発現プロファイル / 食道がん / 乳がん / バイオマーカー

Research Abstract

研究対象(各種がん株化細胞)に対する包括的トランスクリプトーム解析による疾患・治療関連のcRNA/ncRNA群の抽出、それらのネットワーク解析に基づく機能予測、細胞レベルにおける遺伝子発現調節の検証と生物機能学的効果の同定、更にこれらを統合する新たな生命制御機構の発見を目的とする。平成22年度は(1)cRNA/ncRNA包括的トランスクリプトーム解析:昨年度までに構造決定した約2,000種のncRNAに関して、通常のマイクロアレイDNAチップでは検出感度の問題から、低発現量のcRNA/ncRNA群に関してはその量的変化が正確にモニター出来ない可能性があることから、企業と共同研究開発した超高感度DNAチップをプラットフォームに用いて、主としてncRNA,それらの機能対象候補cRNAの量的変化をモニターする新たなチップ解析用ツール開発技術を用いてオリゴDNA合成により相補的プローブを合成してDNAチップに固相化し、miRNAを含む包括的トランスクリプトーム解析チップを作製した。このチップと従来型のチップの機能に関しての比較検証を行った。(2)解析の対象:対象としては、疾患関連cRNA/ncRNA群の解析実験には、各種患者検体より株化された食道がん細胞や乳がん細胞を用い、細胞増殖と各種抗がん剤による作用の経時変化と同時に採取された組織から抽出されるRNAの包括的トランスクリプトーム解析用DNAチップによる発現プロファイル解析を行い、更に各種薬物治療によりこれらの遺伝子群がどのような発現変動を行うかを経時的にモニターし、個体における発現型変動(生理、生化学パラメーター)との相関を一部解析した。食道がんよりバイオマーカー候補を同定し、知財化した。

Research Products

• [Journal Article] MicroRNA-210 regulates cancer cell proliferation through targeting fibroblast growth factor receptor-like 1 (FGFRL1). (2011)
  • Author(s): Tsuchiya S, Fujiwara T, Sato F, Shimada Y, Tanaka E, Sakai Y, Shimizu K, Tsujimoto G.
  • Journal Title: The Journal of Biological Chemistry Volume: 286 Pages: 420-428
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] MicroRNA-34a inhibits cell proliferation by repressing mitogen-activated protein kinase 1 during megakaryocytic differentiation of K562 cells. (2010)
  • Author(s): Ichimura A, Ruike Y, Terasawa K, Shimizu K, Tsujimoto G.
  • Journal Title: Molecular Pharmacology Volume: 77 Pages: 1016-1024
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Expression profiling of cumulus cells reveals functional changes during ovulation and central roles of prostaglandin EP2 receptor in cAMP signaling (2010)
  • Author(s): Tamba S, Yodoi R, Morimoto K, Inazumi T, Sukeno M, Segi-Nishida E, Okuno Y, Tsujimoto G, Narumiya S, Sugimoto Y.
  • Journal Title: Biochimie Volume: 92 Pages: 665-675
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] New frontiers in gut nutrient sensor research : free fatty acid sensing in the gastrointestinal tract. (2010)
  • Author(s): Miyauchi S, Hirasawa A, Ichimura A, Hara T, Tsujimoto G.
  • Journal Title: Journal of Pharmacological Sciences Volume: 112 Pages: 19-24
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Salt-sensitive hypertension in circadian clock-deficient Cry-null mice involves dysregulated adrenal Hsd3b6. (2010)
  • Author(s): Doi M, Takahashi Y, Komatsu R, Yamazaki F, Yamada H, Haraguchi S, Emoto N, Okuno Y, Tsujimoto G, Kanematsu A, Ogawa O, Todo T, Tsutsui K, van der Horst GT, Okamura H.
  • Journal Title: Nature Medicine Volume: 16 Pages: 67-74
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Inhibition of heat shock protein 90 attenuates adenylate cyclase sensitization after chronic morphine treatment. (2010)
  • Author(s): Koshimizu TA, Tsuchiya H, Tsuda H, Fujiwara Y, Shibata K, Hirasawa A, Tsujimoto G, Fujimura A.
  • Journal Title: Biochemical and Biophysical Research Communications Volume: 392 Pages: 603-607
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Neuferricin, a novel extracellular heme-binding protein, promotes neurogenesis. (2010)
  • Author(s): Kimura I, Nakayama Y, Konishi M, Kobayashi T, Mori M, Ito M, Hirasawa A, Tsujimoto G, Ohta M, Itoh N, Fujimoto M.
  • Journal Title: Journal of Neurochemistry Volume: 112 Pages: 1156-1167
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The silkworm Green b locus encodes a quercetin 5-O-glucosyltransferase that produces green cocoons with UV shielding properties. (2010)
  • Author(s): Daimon T, Hirayama C, Kanai M, Ruike Y, Meng Y, Kosegawa E, Nakamura M, Tsujimoto G, Katsuma S, Shimada T.
  • Journal Title: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America Volume: 107 Pages: 11471-11476
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Decreased susceptibility to salt-induced hypertension in subtotally nephrectomized mice lacking the vasopressin V1a receptor. (2010)
  • Author(s): Oikawa R, Hosoda C, Nasa Y, Daicho T, Tanoue A, Tsujimoto G, Takagi N, Tanonaka K, Takeo S.
  • Journal Title: Cardiovascular Research Volume: 87 Pages: 187-194
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Structure-activity relationships of GPR120 agonists based on a docking simulation. (2010)
  • Author(s): Sun Q, Hirasawa A, Hara T, Kimura I, Adachi T, Awaji T, Ishiguro M, Suzuki T, Miyata N, Tsujimoto G.
  • Journal Title: Molecular Pharmacology Volume: 78 Pages: 804-810
  • Peer Reviewed
• [Presentation] 糸球体腎炎におけるCK2α特異的阻害効果の検討 (2011)
  • Author(s): 安江美里, 劉寧, 武井義則, 侯増力, 鈴木大和, 大野浩章, 仲西功, 木下誉富, 村田克美, 北浦和夫, 平澤明, 辻本豪三
  • Organizer: 日本薬学会 第131年会
  • Place of Presentation: ツインメッセ静岡(静岡市)
  • Year and Date: 2011-03-30
• [Presentation] 乳癌におけるmiR-200b/a/429 clusterのEpigenetics発現調節と上皮間葉形質転換への関与 (2011)
  • Author(s): 伊藤考晃, 佐藤史顕, 清水一治, 辻本豪三
  • Organizer: 日本薬学会 第131年会
  • Place of Presentation: ツインメッセ静岡(静岡市)
  • Year and Date: 2011-03-30
• [Presentation] ドッキングシミュレーションに基づくGPR40アゴニストの構造活性相関 (2011)
  • Author(s): 竹内理人, Qi Sun, 原貴史, 平澤明, 石黒正路, 鈴木孝禎, 宮田直樹, 辻本豪三
  • Organizer: 第84回日本薬理学会年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜(横浜市)
  • Year and Date: 2011-03-23
• [Presentation] 脂肪酸受容体GPR120機能不全は食餌誘発性の肥満及び脂肪肝を惹起する (2011)
  • Author(s): 市村敦彦, 平澤明, 宮内諭, 木村郁夫, 鮎川公美子, 竹内理人, 辻本豪三
  • Organizer: 第40回心脈管作動物質学会
  • Place of Presentation: かがわ国際会議場(高松市)
  • Year and Date: 2011-02-05
• [Presentation] 代謝・循環ホットトピック (2011)
  • Author(s): 辻本豪三, 田中利男
  • Organizer: 第40回心脈管作動物質学会
  • Place of Presentation: かがわ国際会議場(高松市)(招待講演)
  • Year and Date: 2011-02-05
• [Presentation] トランスポゾンを用いたランダム変異・プローブ導入によるGタンパク質共役受容体の機能解析 (2010)
  • Author(s): 平澤明, 寺西文恵, 平井絢子, 伊津野彩子, 石田未弥, 淡路健雄, 辻本豪三
  • Organizer: 第33回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸国際展示場(神戸市)
  • Year and Date: 2010-12-07
• [Presentation] ゲノム科学からの創薬:新規脂肪酸受容体ファミリーの機能解析 (2010)
  • Author(s): 辻本豪三
  • Organizer: 第31回日本臨床薬理学会年会
  • Place of Presentation: 国立京都国際会館(京都市)(招待講演)
  • Year and Date: 2010-12-03
• [Presentation] 薬理ゲノミクスの為のバイオマーカー探索 (2010)
  • Author(s): 辻本豪三
  • Organizer: 第31回日本臨床薬理学会年会
  • Place of Presentation: 国立京都国際会館(京都市)(招待講演)
  • Year and Date: 2010-12-03
• [Presentation] 脂肪酸受容体GPR120の新規リガンド探索と構造活性相関 (2010)
  • Author(s): 原貴史, Sun Qi, 平澤明, 木村邦夫, 足達哲也, 淡路健夫, 石黒正路, 鈴木孝禎, 宮田直樹, 辻本豪三
  • Organizer: 第38回薬物活性シンポジウム・第20回日本循環薬理学会
  • Place of Presentation: 札幌市教育文化会館(札幌市)
  • Year and Date: 2010-11-12
• [Presentation] ゲノム創薬を促進する個別化医療・PGx (2010)
  • Author(s): 辻本豪三
  • Organizer: 第123回日本薬理学会関東部会
  • Place of Presentation: 自治医科大学地域医療情報研修センター(栃木県下野市)(招待講演)
  • Year and Date: 2010-10-23
• [Presentation] Extracellular kinase treatment induces regeneration of the mammalian central nervous system (2010)
  • Author(s): 末廣健司, 武井義則, 辻本豪三
  • Organizer: 第33回日本神経科学大会
  • Place of Presentation: 神戸コンベンションセンター(神戸市)
  • Year and Date: 2010-09-03
• [Presentation] GPR120 mediates high-fat diet-induced adipocyte hypertrophy and obesity (2010)
  • Author(s): 市村敦彦, 平澤明, 宮内諭, 辻本豪三
  • Organizer: 16th World Congress of Basic and Clinical Pharmacology
  • Place of Presentation: Bella Center (Copenhagen, Denmark)
  • Year and Date: 2010-07-21
• [Presentation] Free fatty acid receptors and drug discovery (2010)
  • Author(s): 辻本豪三, 平澤明
  • Organizer: 第42回日本動脈硬化学会学術集会
  • Place of Presentation: 長良川国際会議場(岐阜市)(招待講演)
  • Year and Date: 2010-07-15
• [Presentation] 脂肪酸受容体ファミリーの機能と創薬 (2010)
  • Author(s): 辻本豪三
  • Organizer: 第1回北陸インクレチン研究会
  • Place of Presentation: ANA CROWNE PLAZAHOTEL金沢(金沢市)(招待講演)
  • Year and Date: 2010-07-09
• [Remarks]
  • URL: http://gdds.pharm.kyoto-u.ac.jp/
• [Patent(Industrial Property Rights)] 癌治療剤及び癌の予後判定方法 (2011)
  • Inventor(s): 土屋創健, 辻本豪三, 清水一治, 嶋田裕, 塚田一博
  • Industrial Property Rights Holder: 国立大学法人京都大学
  • Industrial Property Number: 特許、特願2010-083157
  • Filing Date: 2011-03-31