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2009 Fiscal Year Annual Research Report

生物における構造形成と情報に関する数理的研究

Research Project

Project/Area Number 19340023
Research InstitutionHiroshima University

Principal Investigator

小林 亮  Hiroshima University, 大学院・理学研究科, 教授 (60153657)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 中垣 俊之  北海道大学, 電子科学研究所, 准教授 (70300887)
三浦 岳  京都大学, 大学院・医学研究科, 准教授 (10324617)
Keywords真正粘菌変形体 / ネットワーク / 卵割 / 自律分散制御 / 数理モデル / モルフォゲン
Research Abstract

鉄道網・道路網・電力網・電話網・インターネットなど、人・物・エネルギー・情報を輸送するネットワークは、現代社会の重要な基盤である。このようなネットワークにおいては、効率・輸送コスト・対故障性といった複数の基準をバランス良く満たす必要がある。生物の作るネットワークは長年にわたる自然の淘汰を生き抜いてきたものであるので、それを研究することによって、優れたネットワークをデザインするための指針を得ることが期待できる。我々は、真正粘菌変形体に東京圏の鉄道網を作らせ、実際の鉄道網と同程度の(場合によってはそれ以上の)ネットワークを形成することを示した。さらに、粘菌のネットワーク形成のモデルとして開発した拡張型Physarum Solverを用いて、粘菌や実際の鉄道網より優れたネットワークをデザインできることを示した。この仕事は2010年1月にScience誌に掲載された。
アメーバプロテウスの運動において、後部収縮による内圧上昇に基づく仮足形成というロコモーション機構を数理モデル化した。現実のアメーバで観察される二つの運動モード、すなわち定速度進行とリズミック進行が、尾部の進行速度をパラメタとして切り替わることがわかった。実験当初においては、この2つの運動モードをコントロール下で選択的に出すことに成功していなかったが、飢餓処理をして活性度を下げればリズミック進行が出るということを数理モデルによって予言し、それは実験によって確認された。
卵割、特にウニ卵の卵割過程を記述する数理モデルを提案した。植物極と動物極で生成される拡散性の2種のモルフォゲンにより、中心体の運動がコントロールされるという仮説をもとにこのモデルは構成されている。シミュレーションにより、第4卵割までの正常卵割および摂動実験の結果を、不等割まで含めて再現することができた。この結果はモルフォゲンの複雑な分布を仮定せずとも、両極でのモルフォゲンの生成のタイミングの制御だけで、卵割面の方向や位置をコントロールできることを示している。

  • Research Products

    (16 results)

All 2010 2009

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (9 results) Book (2 results)

  • [Journal Article] Rules for biologically-inspired adaptive network design2010

    • Author(s)
      A.Tero
    • Journal Title

      Science 327

      Pages: 439-442

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A method inspired by Physarum for solving the Steiner problem2010

    • Author(s)
      A.Tero
    • Journal Title

      International Journal of Unconventional Computing 6

      Pages: 109-123

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A Mathematical Model of Cleavage2010

    • Author(s)
      M.Akiyama
    • Journal Title

      J.Theor.Biol. (in press)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mechanism of skull suture maintenance and interdigitation2009

    • Author(s)
      T.Miura
    • Journal Title

      J.Anat. 215

      Pages: 642-655

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] In vitro vasculogenesis model revisited -Measurement of VEGF diffusion in Matrigel2009

    • Author(s)
      T.Miura
    • Journal Title

      Mathematical Modelling of Natural Phenomena 55

      Pages: 118-130

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Ethology of amoeba viewed from nonlinear dynamics2010

    • Author(s)
      T.Nakagaki
    • Organizer
      La 13e Rencontre du Non-lineaire
    • Place of Presentation
      Institut Henri Poincare, France
    • Year and Date
      2010-03-15
  • [Presentation] 血管網形成の数理モデル2009

    • Author(s)
      小林亮
    • Organizer
      京都大学再生医科学研究所平成21年度学術講演会
    • Place of Presentation
      京都大学
    • Year and Date
      2009-12-14
  • [Presentation] 自発的パターン形成における拡散と領域成長の役割:培養系での形態制御の可能性2009

    • Author(s)
      三浦岳
    • Organizer
      日本バイオマテリアル学会
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      2009-11-17
  • [Presentation] フェーズフィールドモデルのおもしろさ2009

    • Author(s)
      小林亮
    • Organizer
      日本機械学会第22回計算力学講演会
    • Place of Presentation
      金沢大学
    • Year and Date
      2009-10-10
  • [Presentation] Modeling Lung Branching Morphogenesis", EMBO Conference Series on Morphogenesis and Dynamics of Multicellular Systems2009

    • Author(s)
      三浦岳
    • Organizer
      EMBO Conference Series on Morphogenesis and Dynamics of Multicellular Systems
    • Place of Presentation
      Heidelberg, Germany
    • Year and Date
      2009-10-03
  • [Presentation] Negotiating multipurpose optimization problem by means of the adaptive method inspired by a single celled organism Physarum2009

    • Author(s)
      A.Tero
    • Organizer
      4th International Workshop on Natural Computing
    • Place of Presentation
      Himeji
    • Year and Date
      2009-09-23
  • [Presentation] Innovations in controlling hyper-redundant and flexible systems inspired by biological locomotion2009

    • Author(s)
      小林亮
    • Organizer
      明治大学広島大学グローバルCOE「現象数理学の形成と発展」広島キックオフフォーラム
    • Place of Presentation
      広島大学
    • Year and Date
      2009-09-03
  • [Presentation] A Mathematical Model of Amoeboid Locomotion2009

    • Author(s)
      小林亮
    • Organizer
      Reaction-Diffusion Systems : Modeling and Analysis
    • Place of Presentation
      Universite de Paris-Sud11, France
    • Year and Date
      2009-06-02
  • [Presentation] Biologistics learned from adaptable transport network of food locations in slime mold2009

    • Author(s)
      中垣俊之, 小林亮, A.Tero
    • Organizer
      The 2nd Ladenburger Kolleg meeting on "From Bio-inspired Logistics to Logistics-Inspired Bio-Nano-Engineering"
    • Place of Presentation
      Berlin, Germany
    • Year and Date
      2009-04-20
  • [Book] 自己組織化ハンドブック(「結晶成長の数理」の項、分担執筆)2009

    • Author(s)
      小林亮
    • Total Pages
      937
    • Publisher
      NTS出版
  • [Book] シリーズ数理生物学要論 巻2「空間」の数理生物学(第10章、分担執筆)2009

    • Author(s)
      小林亮
    • Total Pages
      207
    • Publisher
      共立出版

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Published: 2011-06-16   Modified: 2016-04-21  

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