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2007 Fiscal Year Annual Research Report

脂質二重膜中の膜蛋白合体における分子認識機構を解明するNMR戦略の開発

Research Project

Project/Area Number 19590037
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

大澤 匡範  The University of Tokyo, 大学院・薬学系研究科, 助教 (60361606)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 嶋田 一夫  東京大学, 大学院・薬学系研究科, 教授 (70196476)
Keywords構造生物学 / NMR / 膜蛋白質 / 相互作用解析
Research Abstract

膜蛋白質は、従来、界面活性剤で可溶化して構造生物学的解析が行われてきたが、界面活性剤による可溶化はしばしば膜蛋白質の失活につながる。そこで、我々の研究室では膜蛋白質をアフィニティービーズに固定化した状態で脂質二重膜中に再構成するBead-linked proteoliposome (BPL)を開発した。BPLとして調製した膜蛋白質複合体における相互作用界面残基は、当研究室で開発した転移交差飽和法により解析可能である。しかし、BPLを用いたNMRによる分子間相互作用解析には固体の共存によるスペクトルの低感度化・低分解能化が問題となっていた。そこで、今回、マジック角回転によるスペクトルの高分解能化を試みた。まず、マジック角回転(MAS)に耐えうる担体として、多孔性シリカビーズを見出した。多孔性シリカは高速回転に対する物理的強度が高いだけでなく、空隙率が80%と非常に高く固・液界面の相互作用解析には適している。次に、ユビキチン(Ub)と酵母Ub水酸化酵素(YUH)の相互作用系において、YUHをヒスチジンタグを介してZn-NTAシリカビーズに固定化し、不均一系超分子を模倣した系を作成した。固定化したYUHは600μMであった。このYUH固定化Zn-NTAシリカビーズを均一^2H^<15>N標識したUbの溶液に懸濁し、MAS条件下で転移交差飽和法の測定を試みたところ、従来法では解析が困難であった固体と液体が共存した超分子系において、Ub上のYUH結合界面残基の同定に成功した。本手法は、膜蛋白質複合体における分子間相互作用解析に適用可能であり、今後、実際に膜蛋白質複合体に適用していく。

  • Research Products

    (12 results)

All 2008 2007

All Journal Article (9 results) (of which Peer Reviewed: 9 results) Presentation (1 results) Book (2 results)

  • [Journal Article] The amino acids involved in the distinct carbohydrate specific ities between macrophage galactose-type C-type lectins 1 and 2(CD301a and b)of mice2008

    • Author(s)
      Oo-puthinan S
    • Journal Title

      Biochim Biophys Acta 1780

      Pages: 133-147

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural insights into activation of phosphatidylinositol 4-kinase(Pikl) by yeast frequenin(Frql).2007

    • Author(s)
      Strahl T.
    • Journal Title

      J Biol Chem. 282

      Pages: 30949-30959

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural basis of the collagen-binding mose of discoidin domain receptor 22007

    • Author(s)
      Ichikawa O.
    • Journal Title

      EMBO J. 26

      Pages: 4168-4176

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mechanism of mRNA deadenylation: evidence for a molecular interplay between translation termination factor eRF3 and mRNA deadenylases.2007

    • Author(s)
      Funakoshi Y
    • Journal Title

      Genes Dev. 21

      Pages: 3135-3148

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Nickl binding to NikA: an additional binding site reconciles spectroscopy. calorimetry and crystallography2007

    • Author(s)
      Addy C
    • Journal Title

      Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 63

      Pages: 221-229

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Pairwise NMR Experiments for the Determination of Protein Backbone Dihedral Angle Based on Cross-Correlated Spin Relaxation2007

    • Author(s)
      Takahashi H
    • Journal Title

      J Biomol NMR 37

      Pages: 179-185

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Backbone resonance assignment for the outer membrane lipop rotein receptor LoIB from Escherichia coli.2007

    • Author(s)
      Nakada S
    • Journal Title

      Biomolecular NMR Assignments 1

      Pages: 121-123

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Backbone resonance assignments for the periplasmic chaperone LolA from Escherichia coli.2007

    • Author(s)
      Nakada S
    • Journal Title

      Biomolecular NMR Assignments 1

      Pages: 125-127

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural basis of the transition-state stabilization in antibody-catalyzed hydrolysis.2007

    • Author(s)
      Sakakura M
    • Journal Title

      J Mol Biol. 367

      Pages: 133-147

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] HR-MASを用いた生体超分子における分子認識機構を解明する新規NMR手法の開発2007

    • Author(s)
      豊永 翔
    • Organizer
      第46回NMR討論会
    • Place of Presentation
      北海道札幌市
    • Year and Date
      2007-09-10
  • [Book] 実験医学別冊「生命科学のための機器分析実験ハンドブック」2007

    • Author(s)
      大澤匡範
    • Total Pages
      249-253
    • Publisher
      羊土社
  • [Book] 蛋白質・核酸・酵素2007

    • Author(s)
      高橋栄夫
    • Total Pages
      959-965
    • Publisher
      共立出版

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Published: 2010-02-04   Modified: 2016-04-21  

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