鎖肛ブタモデルにおける多因子遺伝研究-GLI2の網羅的遺伝子座相互作用分析

2008 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 19592052
• Research Institution: University of Tsukuba
• Principal Investigator: 工藤 寿美 University of Tsukuba, 大学院・人間総合科学研究科, 講師 (50375507)
• Keywords: GLI2遺伝子 / 鎖肛 / ブタモデル家系 / SNP解析 / 多因子遺伝 / 連鎖解析 / 国際情報交換 / スウェーデン王国

Research Abstract

鎖肛は小児外科で施行する新生児手術の中で最も頻度が多くその機能予後は依然として改善の余地が大きい。鎖肛の遺伝様式の解明は、疾患の予防、根絶につながる重要な基礎研究である。
我々はこれまでに鎖肛ブタモデルによってこの複雑な多因子遺伝の解明に取り組んできた。多因子遺伝の研究には患者対照研究にしても連鎖解析にしても多数のサンプルが必要になりヒトでは事実上不可能である。我々は自然発症の鎖肛ブタを手術で救命し交配することによって鎖肛を高率に発症する筑波鎖肛ブタ家系を構築した。これを他の家系と交配して遺伝解析用のバッククロス家系を作りサンプルを全て保存した。これまでの研究により責任遺伝子の主座は15番染色体上にありGLI2遺伝子が候補遺伝子として同定された。
本研究の目的は、鎖肛の遺伝様式のなかでさらにGLI2遺伝子のどこにどのような変異がおこると鎖肛発症につながるのかについて研究をすすめ、SNPをマーカーとしてGLI2遺伝子における連鎖解析を行い、鎖肛発症に関連する領域を特定することである。
1 筑波鎖肛ブタ家系のDNAサンプル調整
バッククロス家系(N=545)の全検体について筑波大学の実験室に-80℃で保存してある組織検体からFUJIFILMのQuickGene-800を用いてDNAを抽出した。
2 GLI2遺伝子のSNP解析
遺伝子相同性を利用してExon1,2,11からそれぞれ766,846,900bpの塩基配列を得た。各塩基配列には各々13,8,6個のSNPが含まれていた。この結果から本家系におけるGLI2遺伝子領域のSNP頻度は約1%であることがわかった。
3 ブタゲノムデータベースを利用したSNPタイピングと連鎖解析
ブタゲノム計画の進行によりillumina BeadArrayを用いて高速に大量のSNPタイピングが可能になった。現在タイピングの対象となるSNPを探索中である。