2008 Fiscal Year Annual Research Report
自由エネルギー地形解析による異常プリオンタンパク質のフォールディング原理の解明
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19700279
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| Research Institution | National Institute of Advanced Industrial Science and Technology |
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Principal Investigator |
関嶋 政和 National Institute of Advanced Industrial Science and Technology, 生命情報工学研究センター, 研究員 (80371053)
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| Keywords | 生命情報工学 / 分子動力学シミュレーション / タンパク質 / 隠れマルコフモデル / フォールディング |
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| Research Abstract |
自由エネルギー地形とフォールディング経路解析によるプリオンタンパク質のフォールディング原理の解明
次に述べる生物種由来のプリオンタンパク質に関して500Kのアンフォールディングシミュレーションを30ナノ秒で25通り行い解析法を適用。
(a)ヒツジ(b)シカ(c)ネコ(d)ブタ(e)イヌ
種ごとの自由エネルギー地形を比較することで、それぞれの構造転換へのエネルギー障壁の大きさを(構造転換の容易さ)求めた。この結果から種ごとの自由エネルギー地形とフォールディング経路を比較することで、それぞれの構造転換へのエネルギー障壁の大きさを(構造転換の容易さ)求めた。ウシとマウス及び(a)〜(d)にはプリオン病を発病するという報告があるが(e)に関してのみ報告がないことから、クラスタリングを行い隠れマルコフモデルによる解析を行うことで、生物種間の差異を進めている。
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