2019 Fiscal Year Annual Research Report
Assessment of Dengue Risk under Climate Change: A New Approach based on Genetic Analysis of Mosquito
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19F19072
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| Research Institution | Ehime University |
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Principal Investigator |
渡辺 幸三 愛媛大学, 沿岸環境科学研究センター, 教授 (80634435)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
CARVAJAL Thaddeus Marzo 愛媛大学, 沿岸環境科学研究センター, 外国人特別研究員
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| Project Period (FY) |
2019-04-25 – 2021-03-31
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| Keywords | デング熱 / 蚊 / 遺伝子解析 / 東南アジア |
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| Outline of Annual Research Achievements |
【研究項目１ デング熱媒介蚊サンプルの収集と環境調査】マニラ，バンドン，松山で環境データを収集した。マニラでは土地利用区分，気象（気温，降水量，湿度）データ，バンドンでは気象データを取得して整理することができた。マニラ（800個体）とバンドン（2200個体）のネッタイシマカサンプルは，各都市の広域から誘虫紫外線ランプと吸引ファンを備えた電動採捕機を使って集めて既に採取したネッタイシマカ成虫を用いた。また，マニラとバンドンにおいて，現地共同機関を通して都市内の各町村レベルの人口データとデング熱患者数データを収集し，デング熱感染罹患率（人口10万人あたりの感染者数）として整理することができた。各都市のネッタイシマカ個体数データも取得し，都市内の空間分布のマッピングも行った。
【研究項目２ 次世代シークエンシングによる蚊ゲノムの解読】マニラで採取された蚊成虫の一部の個体からDNAを抽出した。次世代シークエンシング解析により，各個体のゲノムワイドのDNA配列データを取得するための予備実験に着手した。RAD-seq (Restriction Site Associated DNA Sequence)解析のために必要な最適なDNA濃度とDNA断片化に使用する制限酵素の種類と制限酵素の反応時間などの実験プロトコルを作成した。また，ゲノム全体に分布する膨大な数の一塩基多型（SNP）領域を高速に検索して，中立遺伝子領域と非中立遺伝子領域に区分するためのバイオインフォマテックス解析に必要なパイプラインを構築することもできた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
【研究項目１ デング熱媒介蚊サンプルの収集と環境調査】および【研究項目２ 次世代シークエンシングによる蚊ゲノムの解読】共に当初の予定通りの研究計画を遂行できた。
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| Strategy for Future Research Activity |
次世代シークエンシング解析を完了して，ネッタイシマカの過去の個体数の推定を地域間の遺伝子流動パターンを明らかにする予定である。予定していた海外での研究打ち合わせは新型コロナの状況によってはテレビ会議で行う予定である。
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[Journal Article] Fine-Scale Population Genetic Structure of Dengue Mosquito Vector, Aedes aegypti in Metropolitan Manila, Philippines2020
Author(s)
Carvajal, T. M., K. Ogishi, S. Yaegashi, L. F. T. Hernandez, K. M. Viacrusis, H. T. Ho, D. Amalin, and K. Watanabe
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Journal Title
PLOS Neglected Tropical Diseases
Volume: 4(5)
Pages: e0008279
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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