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2019 Fiscal Year Annual Research Report

Development of electron transfer dynamics theory of biological systems highly incorporating solvent response

Research Project

Project/Area Number 19H02677
Research InstitutionKyushu University

Principal Investigator

吉田 紀生  九州大学, 理学研究院, 准教授 (10390650)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 山口 毅  名古屋大学, 工学研究科, 助教 (80345917)
中野 晴之  九州大学, 理学研究院, 教授 (90251363)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2023-03-31
Keywords積分方程式理論 / 電子移動 / エネルギー移動 / 溶媒和ダイナミックス理論 / 分極応答理論
Outline of Annual Research Achievements

生体系の電子移動過程においては、電子供与体および受容体をとりまく生体分子や溶媒分子といった環境のさまざまな性質が反応性に影響を与える。特に水分子の分布や配向の変化そして分極といった応答は電子移動の反応性を支配する重要な要因である。本研究では、分子性液体の積分方程式理論を基盤として、電子状態理論および溶媒和ダイナミクス理論を組み合わせることで、高度に溶媒の応答を考慮した溶液内および生体内電子移動反応理論を構築する。この理論を用いて、生体内電子移動過程における電子状態変化と溶媒和ダイナミクスの相関を明らかにすることを目的とする。
本年度は生体分子の溶媒和理論である3D-RISM理論を拡張し、溶媒分極を取り入れた新理論の開発、およびプログラム実装を行った。溶媒分極はチャージレスポンスカーネル法により実装した。これにより、溶媒分極という量子化学的効果を古典電磁気学の範囲内で評価することを可能とした。理論構築にあたり、溶媒に作用する他の分子の分極効果をどのように取り込むか、取り込みによって誘電物性がどのように変化するかを明らかにした。本研究では、溶質分極による効果、周囲の溶媒分子の効果、周囲の分極した溶媒分子の効果のそれぞれについて見当し、そのすべてを取り込むことで高精度な記述を可能とした。
また、これに並行して、拡張MOZプログラムの開発・整備を行った。この拡張にあたっては応募者がすでに開発済みのMOZプログラムを基盤とした開発を行った。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

溶媒分極型積分方程式理論の開発に成功し、プログラムの実装、応用計算および論文投稿まで行うことができた。さらにこの手法を基に、研究計画にはなかった新たな方法の着想得ることができた。このため、当初の計画以上に進展していると判断した。

Strategy for Future Research Activity

今後は、溶媒分極型積分方程式理論に対する、溶媒和ダイナミックス理論および非平衡溶媒和自由エネルギー理論の定式化およびプログラム実装を行う。この手法を、溶液内電子移動ダイナミックスへ応用する。
また、引き続き拡張MOZ方程式理論の開発も並行して行う。

  • Research Products

    (15 results)

All 2020 2019 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (8 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 8 results) Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 5 results)

  • [Int'l Joint Research] Kasetsart University(タイ)

    • Country Name
      THAILAND
    • Counterpart Institution
      Kasetsart University
  • [Journal Article] Development of a solvent-polarizable three-dimensional reference interaction-site model theory2020

    • Author(s)
      Yoshida Norio、Yamaguchi Tsuyoshi
    • Journal Title

      The Journal of Chemical Physics

      Volume: 152 Pages: 114108~114108

    • DOI

      10.1063/5.0004173

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Three-Dimensional Reference Interaction Site Model Self-Consistent Field Study on the Coordination Structure and Excitation Spectra of Cu(II)-Water Complexes in Aqueous Solution2019

    • Author(s)
      Yang Chen、Watanabe Yoshihiro、Yoshida Norio、Nakano Haruyuki
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry A

      Volume: 123 Pages: 3344~3354

    • DOI

      10.1021/acs.jpca.9b01364

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Implementation of state-averaged MCSCF method to RISM- and 3D-RISM-SCF schemes2019

    • Author(s)
      Okamoto Daisuke、Watanabe Yoshihiro、Yoshida Norio、Nakano Haruyuki
    • Journal Title

      Chemical Physics Letters

      Volume: 730 Pages: 179~185

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2019.05.051

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] β-sheet elasticity of peptide self-assembly mimic, PSAM, with a grafted sequence characterized by comprehensive analyses of isomorphous crystals2019

    • Author(s)
      Fujiwara Hideki、Hongo Kenta、Hori Yuki、Yoshida Norio、Makabe Koki
    • Journal Title

      Journal of Molecular Liquids

      Volume: 290 Pages: 111161~111161

    • DOI

      10.1016/j.molliq.2019.111161

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Relation between Anharmonicity of Free-Energy Profile and Spectroscopy in Solvation Dynamics: Differences in Spectral Broadening and Peak Shift in Transient Hole-Burning Spectroscopy Studied by Equilibrium Molecular Dynamics Simulation2019

    • Author(s)
      Yamaguchi Tsuyoshi、Yoshida Norio、Nishiyama Katsura
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 123 Pages: 7036~7042

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.9b04711

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Effect of Molecular Orientational Correlations on Solvation Free Energy Computed by Reference Interaction Site Model Theory2019

    • Author(s)
      Tanimoto Shoichi、Yoshida Norio、Yamaguchi Tsuyoshi、Ten-no Seiichiro L.、Nakano Haruyuki
    • Journal Title

      Journal of Chemical Information and Modeling

      Volume: 59 Pages: 3770~3781

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.9b00330

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Effects of Water Addition on a Catalytic Fluorination of Dienamine2019

    • Author(s)
      Kuraoku Daiki、Yonamine Tsunaki、Koja Genta、Yoshida Norio、Arimitsu Satoru、Higashi Masahiro
    • Journal Title

      Molecules

      Volume: 24 Pages: 3428~3428

    • DOI

      10.3390/molecules24193428

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Distinct ionic adsorption sites in defective Prussian blue: a 3D-RISM study2019

    • Author(s)
      Ruankaew Nirun、Yoshida Norio、Watanabe Yoshihiro、Nakayama Akira、Nakano Haruyuki、Phongphanphanee Saree
    • Journal Title

      Physical Chemistry Chemical Physics

      Volume: 21 Pages: 22569~22576

    • DOI

      10.1039/C9CP04355A

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] MULTI-SCALE IMPLEMENTATION OF 3D-RISM TO THE ELECTRONIC STRUCTURE THEORY BEING APPLICABLE FOR SOLVATED BIOMOLECULES.2020

    • Author(s)
      Norio Yoshida
    • Organizer
      Biophysical Society 64th Annual Meeting
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Development of Multiscale Method for Nano-Bio Materials Design Based on Statistical Mechanics Theory of Molecular Liquids2019

    • Author(s)
      Norio Yoshida
    • Organizer
      International Conference on Materials Research and Innovation 2020
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Understanding Biological Processes in Solution Based on the Statistical Mechanics Theory of Liquids2019

    • Author(s)
      Norio Yoshida
    • Organizer
      The 10th Toyota RIKEN International Workshop on Science of Life Phenomena Woven by Water and Biomolecules
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Understanding Biological Processes in Solution Based on the Statistical Mechanics Theory of Liquids2019

    • Author(s)
      Norio Yoshida
    • Organizer
      10th International Conference of the Asian Consortium on Computational Materials Science (ACCMS-10)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Understanding Biological Processes in Solution Based on the Statistical Mechanics Theory of Liquids2019

    • Author(s)
      Norio Yoshida
    • Organizer
      The 23th international annual symposium on computational science and engineering (ANSCSE23)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 水とイオンが駆動する生体分子機能の統計力学2019

    • Author(s)
      吉田紀生
    • Organizer
      有機・生体分子構造・物性研究会
    • Invited

URL: 

Published: 2021-12-27  

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