2019 Fiscal Year Research-status Report
Identification of therapeutic targets for childhood leukemia based on in vitro drug sensitivity
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19K08318
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| Research Institution | Hamamatsu University School of Medicine |
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Principal Investigator |
坂口 公祥 浜松医科大学, 医学部附属病院, 講師 (00402280)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | 薬剤反応性 / 白血病 / 遺伝子 / 次世代シークエンサー |
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| Outline of Annual Research Achievements |
in vitro薬剤感受性試験において分子標的薬に感受性を有することが判明している9症例9
検体からmRNAを抽出し、次世代シークエンサーを用いたトランスクリプトーム解析を行った。トランスクリプトーム解析によって、分子標的薬に対する感受性と関連する融合遺伝子の有無を解析した。
今回解析した9検体にはBCR-ABL1やETV6-ABL1のような既知の融合遺伝子を有するものが含まれており、ETV6-ABL1に関しては検出することができた。しかし、BCR-ABL1に関しては検体不良のためか、検出することができなかった。
その他にも検体不良のためか、融合遺伝子解析が十分に実施できなかった検体が複数認められた。このため、2019年度に次世代シーケンサーを用いたトランスクリプトーム解析を行った9検体においては、すでに判明しているETV6-ABL1以外に真に治療標的を有していたのかを判断することはできなかった。
このため、他の方法としてトランスクリプトーム解析の結果を用いて遺伝子発現解析や遺伝子変異解析を行った。しかし、遺伝子発現解析でも同様に検体不良のためか、十分な結果が得られなかった検体があり、やはり真に治療標的を有しているのかを判断するには至らなかった。また、当初利用しようとしていた薬剤関連遺伝子のデータベースが利用できなくなっており、別のデータベースを用いることとした。しかし、分子標的薬と関連のある遺伝子の発現量の増減は十分には確認することができなかった。また、遺伝子変異解析の結果に関しては時間的な都合により、十分な検討ができなかった。
これらの理由により2019年度分は十分な解析が行えなかったと判断し、2020年度以降にさらに検体を追加して検討するなどの対策が必要となった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
2019年度に分子標的薬の治療標的となる融合遺伝子の存在しない7検体においてトランスクリプトーム解析により融合遺伝子が検出された場合は、トランスクリプトーム解析の結果をもとに融合遺伝子のDNA配列を決定するつもりであったが、融合遺伝子が検出されなかったため、この作業を行うことができなかった。
この対策のためにトランスクリプトーム解析の結果をもとに遺伝子発現解析や遺伝子変異解析を行った。しかし、遺伝子変異解析でも分子標的薬と関連のある遺伝子の発現量の増減は確認できなかった。ここまでは当初予測していた結果が不十分であったときの対策であるが、それらを達成することができなかった。
このため、代替の対応策として遺伝子変異解析を行うこととした。しかし、この結果は時間的な問題で十分な解析を行うことができなかった。
したがって、進捗状況としてはやや遅れていると言わざるを得ない。
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| Strategy for Future Research Activity |
2019年度中にin vitro薬剤感受性試験を行った検体の中に分子標的薬に対する感受性を認めたものが8検体認められた。このため、これらの検体と本来2020年度で実施する予定であった白血病細胞株を次世代シークエンサーでトランスクリプトーム解析を行うことにより、融合遺伝子の解析を行う方針としている。
さらに2020年7月で研究期間の終了するJPLSG ALL-R14においてin vitro薬剤感受性試験を行った検体の中に分子標的薬に対する感受性を認めたものが3検体認められた。こちらは多施設共同研究グループに研究の実施許可を得る必要があるが、実施許可が得られればさらに検体を追加して解析を行うことができる。
また、2019年度に実施し、十分な解析を行えていなかった遺伝子変異解析に関しても検討し、遺伝子変異の有無というアプローチで分子標的薬に対する薬剤感受性の解明を行いたい。
このような方法で2020年度以降は研究を進めていく方針でいる。
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| Causes of Carryover |
2019年度は次世代シークエンサーを用いて9検体で融合遺伝子解析、遺伝子発現解析、遺伝子変異解析を行った。しかし、検体不良もあってか十分な検討を行うことができず、求めていた結果を得ることはできなかった。このことから、2019年度は成果の発表を行うには時期尚早と判断し、旅費の請求を行わなかった。
また、すでに研究室で所有していた消耗品を使用したため、消耗品の購入も要しなかった。
これらの理由から2019年度に交付された助成金と2020年度の助成金を合わせ、検体を追加したうえで次世代シークエンサーでの解析を行う方が有益と判断した。
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