2019 Fiscal Year Research-status Report
全ゲノム解析とオルガノイド培養を用いた多段階肝発癌分子メカニズムの解明
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19K08443
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
高井 淳 京都大学, 医学研究科, 助教 (80760587)
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2019-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | 肝細胞癌 / 全ゲノムシーケンス |
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| Outline of Annual Research Achievements |
B型肝炎・C型肝炎・非アルコール性脂肪肝炎より各1例ずつ、結節内結節型肝細胞癌の乏血性の高分化肝細胞癌部と多血性の中分化肝細胞癌部、また血液中のリンパ球を採取した。採取したDNAを用いて、Novaseq 6000 Sequencing Systemによる全ゲノムシーケンスを施行し、変異解析として、①塩基置換の総数 ②塩基置換のパターン ③エクソン領域における塩基置換の総数 ④エクソン領域におけるアミノ酸変化を伴う塩基置換の数および総数に対する割合 ⑤noncoding RNA遺伝子領域の変異数・変異パターンについて、解析をを行った。加えて、DNAコピー数異常、染色体構造異常についてもアルゴリズムを確立し、解析を行った。各腫瘍部の特徴について比較検討したところ、多血性中分化肝癌部では乏血性高分化肝癌部に比較して、塩基変異の総数やパターンに大きな変化を認めなかったものの、多彩なDNAコピー数と構造異常が認められた。また、多血部・乏血部とも、サンプリングの場所毎で共通するゲノム異常と異なるゲノム異常が同定され、同一腫瘍内のheterogeneityが存在することを示唆する所見が得られた。
また、肝癌部および非癌部より組織サンプルを採取し、オルガノイド培養の条件検討を行った。isolation mediumで7日間培養した後、expansion mediumにて7日間培養を継続することにより、培養開始から14日間、肝細胞および肝癌細胞由来のオルガノイド培養を継続することが可能であった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
本年度は、3例の結節内結節型肝細胞癌症例からマルチサンプリングを行い、全ゲノムシーケンスを施行し、アルゴリズムを確立・比較解析することが可能となった。研究計画としてはおおむね順調に進展しているものと考えている。
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| Strategy for Future Research Activity |
全ゲノム解析については、さらに症例数を増やし、塩基置換およびDNAコピー数異常、染色体異常の解析を進める予定である。オルガノイド培養についても、培養条件を確立させ、多数の症例でオルガノイドバンクを作成する予定である。
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| Causes of Carryover |
全ゲノムシーケンスを行う価格が予定より下がったため、次年度の新たな症例のシーケンス解析のために使用することが可能となった。
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