Development of new diagnostic method of infective endocarditis using genomics

2020 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 19K08591
• Research Institution: Teikyo University
• Principal Investigator: 片岡 明久 帝京大学, 医学部, 講師 (70758143)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 片桐 さやか 東京医科歯科大学, 大学院医歯学総合研究科, 助教 (60510352) ; 芝 多佳彦 東京医科歯科大学, 歯学部, 非常勤講師 (90802306)
• Project Period (FY): 2019-04-01 – 2022-03-31
• Keywords: 感染性心内膜炎 / 口腔内細菌 / バイオインフォマティクス / 細菌学 / 遺伝学

Outline of Annual Research Achievements

2019年度、2020年度で回収できた試料を医科歯科大学に移送して細菌のDNAを抽出し、16S rRNA gene（V3-V4）をターゲットとしたプライマーを用いてライブラリーを作製後、次世代シークエンサー(Illumina Miseq)でシーケンス解析を行った。

また、リアルタイムPCR法により総菌数、各細菌数の対総菌比率を算出し、血清試料からは全菌体に対するIgGおよびIgGサブクラス血清抗体価をELISA法にて測定を行った。

現在その解析結果を考察中であり、まだ十分な症例数がないため、まずCase reportとして、報告をする準備中である。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

COVID-19に感染拡大伴い、発熱症例の診療フローが変わったために、帝京大学病院での感染性心膜炎入院患者が激減した。
また緊急事態宣言により、研究室の一時閉鎖などもあり、症例登録、実験解析行程に遅れが生じでしまった。

Strategy for Future Research Activity

COVID-19に感染拡大伴う発熱症例の診療フローは、もとに戻らないと考えているため、今後十分な症例登録は当初の想定期間内には達成できない可能性が生じてきた。
研究実施期間の延長や、関連病院などに声をかけ、多施設での試験に切り替えるなど、対策を検討していく。

Causes of Carryover

COVID-19パンデミックに伴い、症例登録数が想定以下だった為、解析回数が少なく費用のすべてを予定通り使用できなかった。