Development of new diagnostic method of infective endocarditis using genomics

2021 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 19K08591
• Research Institution: Teikyo University
• Principal Investigator: 片岡 明久 帝京大学, 医学部, 講師 (70758143)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 片桐 さやか 東京医科歯科大学, 大学院医歯学総合研究科, 助教 (60510352) ; 芝 多佳彦 東京医科歯科大学, 歯学部, 非常勤講師 (90802306)
• Project Period (FY): 2019-04-01 – 2023-03-31
• Keywords: 感染性心内膜炎 / 口腔内細菌 / バイオインフォマティクス / 細菌学 / 遺伝学

Outline of Annual Research Achievements

COVID-19パンデミックの影響で多くの発熱患者のフローが変わったためか、想定の登録症例数より大幅に少ない状況である。

これまでに登録、採取試料（n=7）を医科歯科大学に移送して細菌のDNAを抽出し、16S rRNA gene（V3-V4）をターゲットとしたプライマーを用いてライブラリーを作製後、次世代シークエンサー(Illumina Miseq)でシーケンス解析を行った。また、リアルタイムPCR法により総菌数、各細菌数の対総菌比率を算出し、血清試料からは全菌体に対するIgGおよびIgGサブクラス血清抗体価をELISA法にて測定を行った。

解析結果から、細菌のDNAに一貫性があるものとそうでないものがあった。この解析結果については、症例数が少ないことを考慮に入れつつ、考察中である。また、症例数がないため、まず症例報告として、発表を行うように準備中である。

Current Status of Research Progress

4: Progress in research has been delayed.

Reason

COVID-19に感染拡大伴う発国民の意識改革なのか、本疾患の頻度が減少している印象である。

また、COVID-19に感染拡大伴う発熱症例の診療フローは、もとに戻らないと考えているため、今後十分な症例登録は当初の想定期間内には達成できないと考えられる。

Strategy for Future Research Activity

研究実施期間の延長を行い、一例でも多くの症例登録を目指す。

また、多施設試験でのハードルが高く、関連病院から治療目的で患者の転院を促していくなどの対策を行っていく。

Causes of Carryover

COVID-19パンデミックに伴い、症例登録数が想定以下だった為、解析回数が少なく費用のすべてを予定通り使用できなかった。

一年延長を行い、この期間に症例登録と予算の執行を行う。