2019 Fiscal Year Research-status Report
X染色体における一塩基多型マイクロハプロタイプの検索と血縁鑑定への応用
Project/Area Number |
19K19488
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Research Institution | Nagoya City University |
Principal Investigator |
福田 真未子 名古屋市立大学, 医薬学総合研究院(医学), 助教 (60832201)
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Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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Keywords | DNA多型 / 個人識別 / 血縁鑑定 / マイクロハプロタイプ / X染色体 |
Outline of Annual Research Achievements |
マイクロハプロタイプと呼ばれる一塩基多型が数百bpの範囲に数個並んだ部分のハプロタイプが,個人識別マーカーとして注目されている。本研究では未だ報告の少ないX染色体に着目し,日本人集団において高い多形性を有するマイクロハプロタイプマーカーの確立を目指す。本年度はポピュレーションデータを収集する対象座位の選択を行った。公開ゲノムデータである「1000ゲノム」を用いて,多型性の高いマイクロハプロタイプの検索を行った。まず,日本人集団を含む東アジア集団において多型性の高い座位が約300bpの範囲に3個以上含まれる部位を検索した。既報では500bp程度の長さのものも報告されているが,実験機器の都合上300bpに留める必要があった。次にこの中からアメリカ,アフリカ,ヨーロッパ,南アジアの各集団において比較的多型性が高いものを選択した。多数の候補部位が検索されたものの,セントロメアや末端部などプライマー設計が困難な部位が多く,選択基準の変更を複数回行う必要があった。さらに,同一染色体上で複数のマーカーを選択するためなるべく相互に距離があることが望ましいと考え,数Mbp以上の間隔をおくこととした。また,選択した座位は個別に検索し,疾患等と関連がないことを確認した。以上の工程を経て16箇所が選出でき,設計上1回のマルチプレックスPCRで増幅可能なプライマーセットを構成できた。申請時に準備中であったDNA試料の利用について倫理審査委員会を許可を得て,現在は実際の試料を用いて遺伝型データを解析中である。
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Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
座位の選出において予想していたよりプライマー設計に時間を要したため,実際の実験にとりかかるのがやや遅くなったが,実験は順調に進行している。
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Strategy for Future Research Activity |
当初の予定通りに,すでに収集したDNA試料について解析を進め,ポピュレーションデータの蓄積を行う予定である。日本人集団においては,選択した16箇所すべてでは高い多型性を持たない可能性があるが,12箇所程度が有用であることを期待している。
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