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2022 Fiscal Year Annual Research Report

細胞に学ぶ環境の違いを感知する応答ネットワークの網羅的解析

Research Project

Project/Area Number 19K20382
Research InstitutionHiroshima University

Principal Investigator

藤井 雅史  広島大学, 統合生命科学研究科(理), 助教 (30725750)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2023-03-31
Keywords生命システムの情報伝達 / シミュレーション / ネットワーク / 進化
Outline of Annual Research Achievements

2022年度は、前年度に引き続き自発的なネットワーク構造を形成するシステムの情報伝達について研究した。各要素の状態に応じて要素間の結合が変化する多素子離散力学系について、要素間同期に依存した接続の変化により形成される自己組織化された有効ネットワーク構造の形態を包括的に研究した。神経伝達ネットワークにおけるグリア細胞を介した局所的な相互作用を模した効果を取り入れることで、これまで見られたペア駆動型ネットワーク、ループ駆動型ネットワーク、隠れトリオ駆動型ネットワーク、隠れコミュニティ駆動型ネットワーク以外にも、2本鎖ネットワーク構造や、非対称なコミュニティ駆動型ネットワークが自発的に形成されることが観測された。また、ネットワークのスモールワールド性についても解析を行い、局所的な相互作用と帯域的な結合強度の変化における時間遅延によって、スモールワールドネットワークを促進することが明らかとなった。
本研究課題では、シンプルなネットワークによる情報伝達特性を調べ、ついで、複雑なネットワークを持つ系における情報伝達に着目した。さらに、要素間での自発的な相互作用により駆動されるネットワーク再構築について研究を行なった。これらの一連の研究を通して、生命における情報伝達やネットワーク構造の自発的な形成過程を追うことができた。また本研究で得られた情報論的解釈は、実際の細胞集団や個体レベルでの情報伝達・ネットワーク構造の理解にもつながっており、成果が多分野に波及している([1] T. Wada, et al, Cell Rep. (2020), T. Kokaji, Sci. Signal. (2020), Fujita et al. npj Syst. Biol. Appl. (2022)など)。

  • Research Products

    (19 results)

All 2022 Other

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 5 results) Presentation (12 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Identification of aberrant transcription termination at specific gene loci with DNA hypomethylated transcription termination sites caused by DNA methyltransferase deficiency2022

    • Author(s)
      Shirai Masaki、Nara Takuya、Takahashi Haruko、Takayama Kazuya、Chen Yuan、Hirose Yudai、Fujii Masashi、Awazu Akinori、Shimoda Nobuyoshi、Kikuchi Yutaka
    • Journal Title

      Genes & Genetic Systems

      Volume: 97 Pages: 139~152

    • DOI

      10.1266/ggs.21-00092

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Epigenetic-structural changes in X chromosomes promote Xic pairing during early differentiation of mouse embryonic stem cells2022

    • Author(s)
      Komoto Tetsushi、Fujii Masashi、Awazu Akinori
    • Journal Title

      Biophysics and Physicobiology

      Volume: 19 Pages: e190018~e190018

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v19.0018

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] In vivo transomic analyses of glucose-responsive metabolism in skeletal muscle reveal core differences between the healthy and obese states2022

    • Author(s)
      Kokaji Toshiya、Eto Miki、Hatano Atsushi et al.
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 12 Pages: 13719~13719

    • DOI

      10.1038/s41598-022-17964-9

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Mathematical model of chromosomal dynamics during DNA double strand break repair in budding yeast2022

    • Author(s)
      Nakahata Shinjiro、Komoto Tetsushi、Fujii Masashi、Awazu Akinori
    • Journal Title

      Biophysics and Physicobiology

      Volume: 19 Pages: e190012~e190012

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v19.0012

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Methylome data derived from maternal-zygotic DNA methyltransferase 3aa zebrafish2022

    • Author(s)
      Shirai Masaki、Takayama Kazuya、Takahashi Haruko、Hirose Yudai、Fujii Masashi、Awazu Akinori、Shimoda Nobuyoshi、Kikuchi Yutaka
    • Journal Title

      Data in Brief

      Volume: 44 Pages: 108514~108514

    • DOI

      10.1016/j.dib.2022.108514

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 核スペックルの構造形成 ・ 動態のシミュレーション2022

    • Author(s)
      若尾真吾、藤井雅史, 粟津暁紀
    • Organizer
      日本生物物理学会 2022年中国四国支部会
  • [Presentation] 空間的局所相互作用を伴う動的可塑的ネットワーク系の自発的構造形成2022

    • Author(s)
      中西大斗、藤井雅史, 粟津暁紀
    • Organizer
      日本生物物理学会 2022年年会
  • [Presentation] Single molecule observation of G protein transducin on rhodopsin cluster by high-speed AFM2022

    • Author(s)
      山下隼人、辻明宏、林文夫、森垣憲一、藤井雅史、粟津暁紀、干鰯谷和彦、阿部真之
    • Organizer
      日本生物物理学会 2022年年会
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] "Epigenetic-structural changes in X chromosomes promote Xic pairing during early differentiation process from embryonic stem cell of mouse"2022

    • Author(s)
      小本哲史、藤井雅史, 粟津暁紀
    • Organizer
      日本生物物理学会 2022年年会
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Simulations of structural dynamics of nuclear speckle2022

    • Author(s)
      若尾真吾、藤井雅史, 粟津暁紀
    • Organizer
      日本生物物理学会 2022年年会
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 核スペックルの構造形成 ・ 動態のシミュレーション2022

    • Author(s)
      若尾真吾、藤井雅史, 粟津暁紀
    • Organizer
      日本分子生物学会 2022年年会
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 核スペックルの構造形成 ・ 動態のシミュレーション2022

    • Author(s)
      若尾真吾、藤井雅史, 粟津暁紀
    • Organizer
      定量生物学の会第10回年会
  • [Presentation] 2種細胞間の境界パターン形成の動体モデルと定量解析2022

    • Author(s)
      森功佑、藤井雅史
    • Organizer
      定量生物学の会第10回年会
  • [Presentation] 柔らかさという物理情報による染色体配置制御2022

    • Author(s)
      小本哲史、藤井雅史, 粟津暁紀
    • Organizer
      定量生物学の会第10回年会
  • [Presentation] 混雑環境と分子の構造変化を考慮した反応拡散モデル2022

    • Author(s)
      岡田雅規、藤井雅史、冨樫祐一
    • Organizer
      定量生物学の会第10回年会
  • [Presentation] 粗視化分子動力学モデルによるタンパク質動態の定量評価2022

    • Author(s)
      藤井雅史
    • Organizer
      定量生物学の会第10回年会
  • [Presentation] 異常な細胞を含む細胞集団における細胞競合の力学シミュレーション2022

    • Author(s)
      西本翔太、藤井雅史、冨樫祐一
    • Organizer
      定量生物学の会第10回年会
  • [Remarks] 研究者代表者の個人ホームページ

    • URL

      https://home.hiroshima-u.ac.jp/~mafujii/publications/

  • [Remarks] 所属研究機関の研究者総覧

    • URL

      http://seeds.office.hiroshima-u.ac.jp/profile/ja.97d67139c50ee1b6520e17560c007669.html

URL: 

Published: 2023-12-25  

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