Studies on growth and longevity of fish using wild zebrafish and related species

2023 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 19KK0161
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: 木下 滋晴 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (40401179)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 浅川 修一 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (30231872) ; 吉武 和敏 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (50646552) ; 五十嵐 洋治 三重大学, 生物資源学研究科, 助教 (60839322)
• Project Period (FY): 2019-10-07 – 2025-03-31
• Keywords: ゼブラフィッシュ / 近縁種 / Devario属 / ゲノム解析 / 成長 / 老化

Outline of Annual Research Achievements

研究協力機関であるUva Wellassa University（スリランカ）に行き、現地河川においてゼブラフィッシュ近縁種を探索した。その結果、でゼブラフィッシュよりも大型に成長するベンガルダニオ（Devario devario）およびDevario malabaricusを捕獲した。捕獲個体については現地で飼育を継続しており、D. malabaricusについては、飼育下での繁殖にも成功した。また、大型の個体と小型の個体それぞれから耳石を採取し、輪紋を観察したところ、明確な輪紋が観察されたことから、Devario属についても耳石を用いた成長度の測定ができると考えられた。現地においてDNA抽出を行い、解析可能なDNAを現地で抽出できることを確認した。日本において入手したD. malabaricus個体を用いて、ゲノムシーケンスおよび筋肉のRNA-seqを行った。ゲノムシーケンシングではPacBioのHIFIシーケンスを行い、hifh asmでアセンブリした結果、N50が30.2 Mbでゲノムサイズは1.73 GBのアセンブリを得た。RNA-seqでは98,243種の遺伝子配列を得、このうち、ゼブラフィッシュの筋過形成のマーカー遺伝子であるmyhzと相同性を示す幾つかの遺伝子を同定した。myhz2と相同性を示す遺伝子はD. malabaricusの筋肉にで高度に（全発現遺伝子中TPMで上位29番目）発現していたことから、Devario属の筋成長の活発さが示唆された。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

ゼブラフィッシュの近縁種の入手には成功したが、ゼブラフィッシュと近縁種の交雑種の作成には至らなかった。

Strategy for Future Research Activity

ホルモン処理など手法を改善し、引き続きゼブラフィッシュと近縁種との交雑の可能性を探る。また、Devario属については、様々な成長度の個体の組織別のRNA-seqを行い、ゼブラフィッシュの成長過程のデータとの比較解析を行う。

Causes of Carryover

幾つかの予定していたシーケンスを次年度に繰り越したため