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2009 Fiscal Year Annual Research Report

ハイブリッドQM/MM経路積分法による核の量子効果を考慮した溶媒和機構の解明

Research Project

Project/Area Number 20038041
Research InstitutionYokohama City University

Principal Investigator

立川 仁典  Yokohama City University, 生命ナノシステム科学研究科, 教授 (00267410)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 志賀 基之  日本原子力研究開発機構, システム計算科学センター, 研究員 (40370407)
Keywords水素 / 化学物理 / 原子・分子物理 / 経路積分 / 水和機構 / フッ化物イオン水和クラスター
Research Abstract

これまで我々は、電子核混合系を量子力学的に取り扱うため、第一原理経路積分分子動力学(path integral molecular dynamics (PIMD))法の開発・実装および具体的応用計算を実行し、常温においても核の量子効果が重要であることを見出してきた。平成21年度は、低温領域における量子効果を効率良く取込むために、20年度に作成した4次の経路積分分子動力学法をより効率的にするために、4次の経路積分ハイブリッドモンテカルロ(PIHMC)法を開発し、フッ化物イオン水和クラスターに応用した。
ハイブリッドモンテカルロ(HMC)法は、MC法における試行配置生成の過程をMD法で置き換える手法である。これにより、MD法の利点である1ステップで全核配置を更新できることが可能となる。しかしながら単純に4次のTrotter展開をHMC法に適用すると、二階微分の計算が必要となり計算コストが高くなってしまう。そこで、試行配置生成に2次のTrotter展開の力と、採択・棄却に4次の有効ポテンシャルを組み合わせることで、新しい経路積分ハイブリッドモンテカルロ(PIHMC)法を開発した。本手法を水素分子に適用したところ、2次展開では収束に128ビーズが必要であるのに対し、4次展開では16ビーズで収束し、さらに4次PIHMC法では二階微分の計算を回避することで、劇的に計算コストを抑えることができた。そこで本手法を用いて、フッ化物イオンー水クラスターの同位体構造を解析した。その結果、幾何学的同位体効果として、フッ素-酸素間距離はD体の方がH体に比べ長くなることを見出した。水素結合構造の水の配位数依存性として、配位数が増加するにつれフッ素-酸素間距離は長くなる一方、酸素-水素結合水素の距離は、短くなることも解った。

  • Research Products

    (18 results)

All 2010 2009

All Journal Article (18 results) (of which Peer Reviewed: 18 results)

  • [Journal Article] Systematic Improvement of Energy-Components by Simultaneous Optimization of Exponents and Centers of Gaussian-Type Function Basis Sets for Molecular Self-Consistent-Field Wave Functions.2010

    • Author(s)
      T.Ishimoto, M.Tachikawa
    • Journal Title

      J.Comp.Chem.Jpn. 9(Invited paper)

      Pages: 1-8

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Optimized Molecular Exponents on Gaussian Basis Sets for Hybrid Orbitals of Hydrocarbon Molecules.2010

    • Author(s)
      T.Ishimoto, M.Tachikawa
    • Journal Title

      J.Comp.Chem.Jpn. 9(Invited paper)

      Pages: 15-20

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Geometric Isotope Effect on Low Barrier Hydrogen-Bonding Systems of Acetic Acid Dimer, Formic Acid Dimer, and Their Anionic Clusters by Using the Multi-Component Molecular Orbital Method.2010

    • Author(s)
      M.Kaneko, T.Udagawa, M.Tachikawa
    • Journal Title

      J.Comp.Chem.Jpn. 9(Invited paper)

      Pages: 21-28

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Formation of Schiff-base for photoreaction mechanism of red shift of GFP spectra.2010

    • Author(s)
      J.Koseki, Y.Kita, M.Tachikawa
    • Journal Title

      Biophys.Chem. 147

      Pages: 140-145

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Efficient ab initio path integral hybrid Monte Carlo based on the fourth-order Trotter expansion : Application to fluoride ion-water cluster.2010

    • Author(s)
      K.Suzuki, M.Tachikawa, M.Shiaa
    • Journal Title

      J.Chem.Phys. 132

      Pages: 144108(7)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The chemical shift of deprotonated water dimer : Ab initio path integral simulation.2010

    • Author(s)
      M.Shiga, K.Suzuki, M.Tachikawa
    • Journal Title

      J.Chem.Phys. 132

      Pages: 114104(7)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] First-principles calculation and TEM, UPS, and TPD measurements for hydrogen adsorption on carbon nanowalls.2010

    • Author(s)
      Y.Kita, S.Hayashi, I.Kinoshita, M.Tachibana, M.Tachikaw a, K.Kobayashi, M.Tanimura
    • Journal Title

      J.Appl.Phys. (in press)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Evaluation of molecular integral of Cartesian Gaussian type basis function with complex-valued center coordinates and exponent via the McMurchie-Davidson recursion formula, and its application to electron dynamics.2009

    • Author(s)
      T.Kuchitsu, J.Okuda, M.Tachikawa
    • Journal Title

      Int.J.Quant.Chem. 109

      Pages: 540-548

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Ab initio fragment molecular orbital (FMO) analysis of the structure of the phosphoinositide-binding peptide from gelsolin.2009

    • Author(s)
      M.Tada, T.Nagasima, T.Udagawa, M.Tachikawa, H.Sugawara
    • Journal Title

      J.Mol.Structure (Theochem) 897

      Pages: 149-153

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Path-integral molecular dynamics simulations of small hydrated sulfuric acid clusters H_2SO_4(H_2O)_n (n=1-6) on semiempirical PM6 potential surfaces.2009

    • Author(s)
      A.Kakizaki, H.Motegi, T.Yoshikawa, T.Takayanagi, M.Shiga, M.Tachikawa
    • Journal Title

      J.Mol.Structure (Theochem) 901

      Pages: 1-8

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Nuclear quantum effects on molecular magnetic properties.2009

    • Author(s)
      Y.Kita, M.Tachikawa
    • Journal Title

      J.Mol.Structure (Theochem) 912

      Pages: 2-4

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Path-integral molecular dynamics simulations of hydrated hydrogen chloride cluster HCI (H_2O)_4 on a semiempirical potential energy surface.2009

    • Author(s)
      T.Takayanagi, K.Takahashi, A.Kakizaki, M.Shiga, M.Tachikawa
    • Journal Title

      Chem.Phys. 358

      Pages: 196-202

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Ab initio post-HF study of guanine dimer isomers involving imino forms in gas phase.2009

    • Author(s)
      K.Takahashi, M.Tachikawa
    • Journal Title

      J.Mol.Structure (Theochem) 912

      Pages: 44-52

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Theoretical analysis of H/D geometric isotope effect on adenine-thymine base pair using multi-component molecular orbital method.2009

    • Author(s)
      T.Udagawa, M.Tachikawa
    • Journal Title

      J.Mol.Structure (Theochem) 912

      Pages: 63-66

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Ab initio quantum Monte Carlo study of the positronic hydrogen cy anide molecule.2009

    • Author(s)
      Y.Kita, R.Maezono, M.Tachikawa, M.Towler, R.J.Needs
    • Journal Title

      J.Chem.Phys. 131

      Pages: 134310(6)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Positron binding properties for F^-(H_2O)_n and Cl^-(H_2O)_n (n=0-3) clusters.2009

    • Author(s)
      Y.Kita, M.Tachikawa
    • Journal Title

      Chem.Phys.Lett. 482

      Pages: 201-206

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Path-integral molecular dynamics simulations of glycine (H_2O)_n (n=1-7) clusters on semiempirical PM6 potential energy surfaces.2009

    • Author(s)
      T.Yoshikawa, H. otegi, A.Kakizaki, T.Takayanagi, M.Shiga, M.Tachikawa
    • Journal Title

      Chem.Phys. 365

      Pages: 60-68

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Nuclear Quantum Effect on Molecular Magnetic Properties for Low Barrier Hydrogen-bonded Systems Based on Multi-component Density Functional Theory.2009

    • Author(s)
      Y.Kita, T.Udagawa, M.Tachikawa
    • Journal Title

      Chem.Lett. 38

      Pages: 1156-1157

    • Peer Reviewed

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Published: 2011-06-16   Modified: 2016-04-21  

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