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2009 Fiscal Year Annual Research Report

孤立ナノ空間に形成された水クラスターの水素結合ダイナミクス解析

Research Project

Project/Area Number 20050013
Research InstitutionInstitute for Molecular Science

Principal Investigator

古谷 祐詞  Institute for Molecular Science, 生命・錯体分子科学研究領域, 准教授 (80432285)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 古沢 道人  東京工業大学, 資源科学研究所, 准教授 (70372399)
Keywords超分子 / 赤外分光法 / 光化学 / 生体分子 / 生物物理
Research Abstract

「かご状有機金属錯体」は、自己組織化により特異なナノメートルサイズの疎水的空間を内部に形成し、様々な化学反応の場を提供する「分子フラスコ」としてはたらく。本研究では、この特異なナノ空間中における水クラスターおよびアダマンタンの光化学反応メカニズムを赤外および可視分光法で比較解析し、ナノ空間に束縛された水クラスターの水素結合ダイナミクスを明らかにすることを最終的な目的としている。
これまでにアダマンタンを内包したかご状錯体に対する低温赤外分光解析により、光電子移動によるアダマンタンおよびかご状錯体の構造変化を検出した(Y.Furutani et al., J.Am.Chem.Soc., 2009)。このような構造変化を実時間で捉えるために、2009年3月に異動した分子科学研究所において、新たに時間分解赤外分光計測系を立ち上げた。光受容タンパク質であるバクテリオロドプシンについては、内部結合水のO-H, O-D伸縮振動の変化を含む4000-900cm^<-1>領域での計測を12.5マイクロ秒の時間分解能で実現した。また、アダマンタンからかご状錯体への光誘起電子移動に伴う可視吸収変化を実時間で捉えるために、東工大資源研の藤井正明教授、酒井誠准教授、井上圭一特任助教(現、名古屋工業大学助教)に協力頂いて、266nm紫外光励起、500-750nm可視光プローブのピコ秒過渡吸収計測を行った(A01班内共同研究)。さらに、A03班の須藤雄気准教授との共同研究として、光センサー蛋白質の分子機構について赤外分光計測を行い、3件の論文を発表した。以上の研究により、ナノ空間に束縛された水クラスターの水素結合ダイナミクスだけでなく、蛋白質場での特異な光誘起構造変化による情報伝達機構などについても様々な知見を得た。

  • Research Products

    (34 results)

All 2010 2009

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results) Presentation (28 results)

  • [Journal Article] An FTIR Study of Monkey Green- and Red-Sensitive Visual Pigments2010

    • Author(s)
      Kouta Katayama et al.
    • Journal Title

      Angew.Chem.Int.Ed. 49

      Pages: 891-894

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Manipulation of the Protein-complex Function by Using an Engineered Heterotrimeric Coiled-coil Switch2009

    • Author(s)
      Toshihisa Mizuno et al.
    • Journal Title

      Org.Biomol.Chem. 7

      Pages: 3102-3111

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Effects of Chloride Ion Binding on the Photochemical Properties of Salinibacter Sensory Rhodopsin I2009

    • Author(s)
      Daisuke Suzuki et al.
    • Journal Title

      J.Mol.Biol. 392

      Pages: 48-62

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Engineering an inward proton transport from a bacterial sensor rhodopsin2009

    • Author(s)
      Akira Kawanabe et al.
    • Journal Title

      J.Am.Chem.Soc. 131

      Pages: 16439-16444

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Characterization of signaling complex composed of sensory rhodopsin I and its cognate transducer protein from the eubacterium Salinibacter rubber2009

    • Author(s)
      Yuki Sudo et al.
    • Journal Title

      Biochemistry 48

      Pages: 10136-10145

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Interaction between Na+ ion and carboxylates of the PomA-PomB stator unit studied by ATR-FTIR spectroscopy2009

    • Author(s)
      Yuki Sudo et al.
    • Journal Title

      Biochemistry 48

      Pages: 11699-11705

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 霊長類色覚視物質の赤外分光解析2010

    • Author(s)
      片山耕大
    • Organizer
      平成21年度生物物理学会中部支部講演会
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター、岡崎
    • Year and Date
      20100329-20100330
  • [Presentation] X-H, X-D伸縮振動領域の赤外分光法から何が分かるか?2010

    • Author(s)
      古谷祐詞
    • Organizer
      分子研研究会「拡がるロドプシンの仲間から“何が分かるか"“何をもたらすか"」
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター、岡崎
    • Year and Date
      20100323-20100324
  • [Presentation] センサーロドプシンを用いたプロトンポンプ研究2010

    • Author(s)
      川鍋陽
    • Organizer
      分子研研究会「拡がるロドプシンの仲間から“何が分かるか"“何をもたらすか"」
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター、岡崎
    • Year and Date
      20100323-20100324
  • [Presentation] 霊長類色覚視物質の赤外分光解析2010

    • Author(s)
      片山耕大
    • Organizer
      分子研研究会「拡がるロドプシンの仲間から“何が分かるか"“何をもたらすか"」
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター、岡崎
    • Year and Date
      20100323-20100324
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡によるロドプシンの動態観察―ロドプシンの直接観察から何が分かるか、何をもたらすか―2010

    • Author(s)
      山下隼人
    • Organizer
      分子研研究会「拡がるロドプシンの仲間から“何が分かるか"“何をもたらすか"」
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター、岡崎
    • Year and Date
      20100323-20100324
  • [Presentation] 霊長類色覚視物質の赤外分光解析2010

    • Author(s)
      片山耕大
    • Organizer
      新学術領域「π空間」第3回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター、岡崎
    • Year and Date
      20100315-20100316
  • [Presentation] KcsAチャネルの全反射赤外分光解析2010

    • Author(s)
      浅井佑介
    • Organizer
      新学術領域「π空間」第3回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター、岡崎
    • Year and Date
      20100315-20100316
  • [Presentation] Stimulus-Induced Difference FTIR Spectroscopy for Archaeal-Type Rhodopsins2009

    • Author(s)
      古谷祐詞
    • Organizer
      2nd Japan-Korea Seminar on Biomolecular Sciences-Experiments and Simulations
    • Place of Presentation
      Symposion Hall, Nagoya University, Nagoya
    • Year and Date
      20091222-20091223
  • [Presentation] Study on chimeric archeal-rhodopsin containing cytoplasmic loop of bovine rhodopsin2009

    • Author(s)
      Aya Nakatsuma
    • Organizer
      1^<st> International Symposium on Emergence of Highly Elaborated π-Space and Its Function
    • Place of Presentation
      Hotel Hankyu Expo Park, Suita
    • Year and Date
      20091218-20091219
  • [Presentation] 孤立ナノ空間に形成された水クラスターの水素結合ダイナミクス解析2009

    • Author(s)
      古谷祐詞
    • Organizer
      特定領域研究「高次系分子科学」第4回合同班会議
    • Place of Presentation
      別府湾ロイヤルホテル、別府
    • Year and Date
      20091126-20091128
  • [Presentation] Interaction between membrane protein and ions characterized by ATR-FTIR spectroscopy2009

    • Author(s)
      古谷祐詞
    • Organizer
      The 47th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • Place of Presentation
      ASTY Tokushima, Tokushima
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] Sodium ion binding sites of V-ATPase studied by ATR-FTIR spectroscopy2009

    • Author(s)
      古谷祐詞
    • Organizer
      The 47th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • Place of Presentation
      ASTY Tokushima, Tokushima
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] An FTIR Study of Monkey Green- and Red-Sensitive Visual Pigments2009

    • Author(s)
      片山耕大
    • Organizer
      The 47th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • Place of Presentation
      ASTY Tokushima, Tokushima
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] ATR-FTIR study of KcsA channel2009

    • Author(s)
      浅井佑介
    • Organizer
      The 47th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • Place of Presentation
      ASTY Tokushima, Tokushima
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] Study on chimeric archeal-rhodopsin containing cytoplasmic loop of bovine rhodopsin2009

    • Author(s)
      Aya Nakatsuma
    • Organizer
      The 47th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • Place of Presentation
      ASTY Tokushima, Tokushima
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] Encapsulation of ion-pumping rhodopsins into multi-wall carbon nanotubes2009

    • Author(s)
      川島崇睦
    • Organizer
      The 47th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • Place of Presentation
      ASTY Tokushima, Tokushima
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] An FTIR Study of Monkey Green- and Red-Sensitive Visual Pigments2009

    • Author(s)
      片山耕大
    • Organizer
      Horiba-ISSP International Symposium(ISSP-11)on "Hydrogen and Water in Condensed Matter Physics"
    • Place of Presentation
      Seimeinomori Resort, Chiba
    • Year and Date
      20091012-20091013
  • [Presentation] 全反射赤外分光法によるKcsAチャネルのイオン選択およびpHセンシング機構の解析2009

    • Author(s)
      古谷祐詞
    • Organizer
      第3回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      名古屋大学、名古屋
    • Year and Date
      20090921-20090924
  • [Presentation] 霊長類色覚視物質の赤外分光解析2009

    • Author(s)
      片山耕大
    • Organizer
      第3回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      名古屋大学、名古屋
    • Year and Date
      20090921-20090924
  • [Presentation] 古細菌型ロドプシンのカーボンナノチユーブへの内包2009

    • Author(s)
      川島崇睦
    • Organizer
      第3回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      名古屋大学、名古屋
    • Year and Date
      20090921-20090924
  • [Presentation] “KcsAチャネルに対する赤外分光の狙い"は達成されたのか?2009

    • Author(s)
      古谷祐詞
    • Organizer
      特定領域研究「高次系分子科学」第7回ミニ公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      越前町生涯学習センター越前分館、越前
    • Year and Date
      20090831-20090901
  • [Presentation] ロドプシンのカーボンナノチューブへの内包2009

    • Author(s)
      川島崇睦
    • Organizer
      新学術領域研究「高次π空間」第2回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      京都テルサ、京都
    • Year and Date
      20090827-20090828
  • [Presentation] 赤外分光法による膜タンパク質の機能発現に伴う構造変化解析2009

    • Author(s)
      古谷祐詞
    • Organizer
      第49回分子科学若手の会夏の学校
    • Place of Presentation
      もみのき森林公園、広島県廿日市市
    • Year and Date
      20090817-20090821
  • [Presentation] 霊長類色覚視物質の赤外分光解析2009

    • Author(s)
      片山耕大
    • Organizer
      生物物理若手の会第49回夏の学校
    • Place of Presentation
      支笏湖ユースホステル、支笏湖
    • Year and Date
      20090731-20090803
  • [Presentation] ロドプシンのカーボンナノチューブへの内包2009

    • Author(s)
      川島崇睦
    • Organizer
      生物物理若手の会第49回夏の学校
    • Place of Presentation
      支笏湖ユースホステル、支笏湖
    • Year and Date
      20090731-20090803
  • [Presentation] 古細菌型ロドプシンで実現した内向きのプロトシポンプ2009

    • Author(s)
      川鍋陽
    • Organizer
      第36回生体分子科学討論会
    • Place of Presentation
      北海道大学学術交流会館、札幌
    • Year and Date
      20090619-20090620
  • [Presentation] ATR-FTIR Spectroscopy for Investigating Interaction Changes upon Binding of Ions to Transmembrane Proteins2009

    • Author(s)
      古谷祐詞
    • Organizer
      First World Congress of International Academy of Nanomedicine(IANM)
    • Place of Presentation
      Sanya, China
    • Year and Date
      20090611-20090614
  • [Presentation] Analysis of Hydrogen-Bonding Dynamics of a Water Cluster Formed in an Isolated Nanospace2009

    • Author(s)
      古谷祐詞
    • Organizer
      The 3rd Symposium on "Molecular Science for Supra Functional Systems"
    • Place of Presentation
      Tokyo Institute of Technology, O-okayama
    • Year and Date
      20090603-20090605

URL: 

Published: 2011-06-16   Modified: 2016-04-21  

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