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2012 Fiscal Year Annual Research Report

転写マシナリーと核内微細構造のダイナミックプロテオミクス

Research Project

Project/Area Number 20221010
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

浜窪 隆雄  東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (90198797)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 岩成 宏子  東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任助教 (20176556)
内藤 眞  新潟大学, 医歯学系, 教授 (30045786)
井原 茂男  東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任教授 (30345136)
三好 元介  東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任教授 (40345137)
川村 猛  東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任助教 (70306835)
望月 康弘  東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任准教授 (80282523)
Project Period (FY) 2008-05-12 – 2013-03-31
Keywordsプロテオミクス / 細胞周期 / スプライシング / 転写調節 / 核微細構造 / ヒストン修飾 / 生体イメージング / 軟X線顕微鏡
Research Abstract

作製した核内受容体LXRαの特異抗体を用いて,内在性タンパク質は主として核小体に分布すること,ターゲテドプロテオミクス解析やChip-Seq解析によりLXRαはホモ2量体として核小体に分布しリボゾーマルRNAの転写調節に関わること,細胞質内ではRXRαとのヘテロ2量体として脂質代謝の遺伝子調節に関与することを見出した。また,RNAプロセッシング調節をしていると考えられるWTAPに関して,タンパク質複合体(BCLAF1, THRAP3, CBLL1等)を同定し,これらの複合体構成タンパク質のRNAノックダウンにより細胞周期のG2/M集積がみられ,このうちBCLAF1/THRAP3はWTAPのnon-coding RNAとの相互作用による核スペックルへの移行に必要であること,WTAP複合体がヒストンメチル化酵素のオルタナティブスプライシングを調節することにより,ヒストンH4のメチル化を調節して細胞周期に関与している可能性を見出した(Gordon conference 発表)。また,開発したターゲテドプロテオミクス法を用いて、敗血症におけるPTX3(パターン認識自然免疫受容体)の複合体解析により,新規マーカーを発見し(MCP),自然免疫における新しい防御反応の可能性を提唱した(Frontiers in Immunology)。
ライブセルイメージング技術の開発に関して,Gタンパク質受容体を介したシグナル伝達を測定するFRETプローブを作製し、ケモタクシスの画像解析法を開発し方向探知機構におけるシグナルホットスポットの存在を見出した(平成24年度生化学会発表,論文投稿中)。MTMR6,9に対する抗体により複合体蛋白質を同定し,ライブセルイメージングと画像解析によりオートファジー機構との関連を見出した(JBC)。軟X線顕微鏡によるマウス肺胞の画像取得に成功した。

Current Status of Research Progress
Reason

24年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

24年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (30 results)

All 2013 2012 Other

All Journal Article (11 results) (of which Peer Reviewed: 11 results) Presentation (13 results) Book (4 results) Remarks (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Journal Article] Novel role of copper transport protein antioxidant-1 in neointimal formation after vascular injury.2013

    • Author(s)
      Kohno T
    • Journal Title

      Arterioscler Thromb Vasc Biol.

      Volume: Apr; 33 (4) Pages: 805-813

    • DOI

      10.1161/ATVBAHA.112.300862.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Host-protective effect of circulating pentraxin 3 (PTX3) and complex formation with neutrophil extracellular traps.2013

    • Author(s)
      Daigo K
    • Journal Title

      Front Immunol.

      Volume: 3 Pages: 378

    • DOI

      10.3389/fimmu.2012.00378.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mutations for decreasing the immunogenicity and maintaining the function of core streptavidin.2012

    • Author(s)
      Yumura K
    • Journal Title

      Protein Sci.

      Volume: Feb;22(2) Pages: 213-221

    • DOI

      10.1002/pro.2203.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Phosphatidylinositol 3-phosphatase myotubularin-related protein 6 (MTMR6) is regulated by small GTPase Rab1B in the early secretory and autophagic pathways.2012

    • Author(s)
      Mochizuki Y
    • Journal Title

      J Biol Chem.

      Volume: Jan 11;288(2) Pages: 1009-1021

    • DOI

      10.1074/jbc.M112.395087.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Evaluation of the asparagine synthetase level in leukemia cells by monoclonal antibodies.2012

    • Author(s)
      Kusano-Arai O
    • Journal Title

      ybridoma (Larchmt)

      Volume: Oct;31(5) Pages: 325-332

    • DOI

      10.1089/hyb.2012.0014.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Inhibition of DNA damage-induced apoptosis through Cdc7-mediated stabilization of Tob.2012

    • Author(s)
      Suzuki T
    • Journal Title

      J Biol Chem

      Volume: Nov 23;287(48) Pages: 40256-40265

    • DOI

      10.1074/jbc.M112.353805.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Functional reconstitution of olfactory receptor complex on baculovirus.2012

    • Author(s)
      Mitsui K
    • Journal Title

      Chem Senses.

      Volume: Nov;37(9) Pages: 837-847

    • DOI

      10.1093/chemse/bjs067.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural and thermodynamic characterization of the self-adhesive properties of human P-cadherin.2012

    • Author(s)
      Kudo S
    • Journal Title

      Mol Biosyst.

      Volume: Aug;8(8) Pages: 2050-2053

    • DOI

      10.1039/c2mb25161b.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dynamic change of chromatin conformation in response to hypoxia enhances the expression of GLUT3 (SLC2A3) by cooperative interaction of hypoxia-inducible factor 1 and KDM3A.2012

    • Author(s)
      Mimura I
    • Journal Title

      Mol Cell Biol.

      Volume: Aug;32(15) Pages: 3018-3032

    • DOI

      10.1128/MCB.06643-11.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Creation and biochemical analysis of a broad-specific claudin binder.2012

    • Author(s)
      Takahashi A
    • Journal Title

      Biomaterials.

      Volume: Apr;33(12) Pages: 3464-3474

    • DOI

      10.1016/j.biomaterials.2012.01.017.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Membrane-bound form of monocyte chemoattractant protein-1 enhances antitumor effects of suicide gene therapy in a model of hepatocellular carcinoma.2012

    • Author(s)
      Marukawa Y
    • Journal Title

      Cancer Gene Ther.

      Volume: 19(5) Pages: 312-319

    • DOI

      10.1038/cgt.2012.3.

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] プレターゲティング法を用いた薬剤輸送のためのコアストレプトアビジン融合抗体2013

    • Author(s)
      湯村 恭平
    • Organizer
      第93回日本化学会
    • Place of Presentation
      滋賀
    • Year and Date
      20130322-20130325
  • [Presentation] 走化性におけるリガンド刺激依存的Gタンパク質活性変化と細胞膜伸長の解析2012

    • Author(s)
      増田 一之
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      20121211-20121214
  • [Presentation] 2つの転写因子が介在する相反するクロマチン立体構造は内皮細胞特異性維持に寄与している2012

    • Author(s)
      神吉 康晴
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      20121211-20121214
  • [Presentation] The WTAP complex is a novel RNA processing factor required for cell cycle progression.2012

    • Author(s)
      Keiko Horiuchi
    • Organizer
      Gordon conference, The biology of post-transcriptional gene regulation .
    • Place of Presentation
      ロードアイランド(アメリカ)
    • Year and Date
      20120715-20120720
  • [Presentation] ヒト核内受容体PPARαによる生体防御レクチンMBL2の発現制御機構の解析2012

    • Author(s)
      橘 敬祐
    • Organizer
      第121回日本薬理学会近畿部会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      20120629-20120629
  • [Presentation] Proteomic analysis of circulating pentraxin3 (PTX3) complexes in sepsis revealed the PTX3-NETs complex formation: Implication of new protective roles against sepsis2012

    • Author(s)
      Kenji Daigo
    • Organizer
      9th International Conference on Innate Immunity.
    • Place of Presentation
      ロードス島(ギリシャ)
    • Year and Date
      20120623-20120628
  • [Presentation] 2種の異なるhomo‐dimerを形成するP‐cadherinの物性,構造,機能解析2012

    • Author(s)
      工藤 翔太
    • Organizer
      第12回本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      20120620-20120622
  • [Presentation] 低免疫原性ストレプトアビジンを用いた融合抗体の構築2012

    • Author(s)
      湯村 恭平
    • Organizer
      第12回本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      20120620-20120622
  • [Presentation] PTX3 in neutrophils and macrophages: localization and mechanisms of secretion2012

    • Author(s)
      Razvina Olga
    • Organizer
      第52回日本リンパ網内系学会総会
    • Place of Presentation
      福島
    • Year and Date
      20120612-20120614
  • [Presentation] Wilms’tumor1‐associating protein(WTAP)の肥満・糖代謝への関与の検討2012

    • Author(s)
      小林 正稔
    • Organizer
      第55回日本糖尿病学会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      20120517-20120519
  • [Presentation] 核内受容体LXRαの核小体内への局在と機能の解析2012

    • Author(s)
      大橋 瑠子
    • Organizer
      第101回日本病理学会総会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      20120426-20120428
  • [Presentation] 抗ヒトHNF4α抗体を用いた脊椎動物のHNF4αの検出2012

    • Author(s)
      姜 淑英
    • Organizer
      第101回日本病理学会総会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      20120426-20120428
  • [Presentation] Localization of PTX3 in neutrophils and macrophages and it's secretion mechanisms2012

    • Author(s)
      Razvina Olga
    • Organizer
      第101回日本病理学会総会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      20120426-20120428
  • [Book] 新機能抗体開発ハンドブック2012

    • Author(s)
      浜窪 隆雄(監修)
    • Total Pages
      603
    • Publisher
      エヌ・ティー・エス
  • [Book] 抗体医薬品の開発と市場2012

    • Author(s)
      浜窪 隆雄
    • Total Pages
      239
    • Publisher
      シーエムシー出版
  • [Book] 次世代医薬開発に向けた抗体工学の最前線2012

    • Author(s)
      浜窪 隆雄
    • Total Pages
      283
    • Publisher
      シーエムシー出版
  • [Book] 皮膚科臨床アセット14 肉芽腫性皮膚疾患、(古江増隆 編)2012

    • Author(s)
      内藤 眞
    • Total Pages
      345
    • Publisher
      中山書店
  • [Remarks] 計量生物医学

    • URL

      http://www.qbm.rcast.u-tokyo.ac.jp/

  • [Patent(Industrial Property Rights)] 全身性炎症反応症候群の治療又は予防剤2012

    • Inventor(s)
      浜窪 隆雄 他6名
    • Industrial Property Rights Holder
      浜窪 隆雄 他6名
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2012-141380
    • Filing Date
      2012-06-22

URL: 

Published: 2014-07-24  

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