Dynamic Proteomics of Transcriptional and Nuclear Architecture

2010 Fiscal Year Self-evaluation Report

• Project/Area Number: 20221010
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (S)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Research Field: Living organism molecular science
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: HAMAKUBO Takao The University of Tokyo, 先端科学技術研究センター, 教授 (90198797)
• Project Period (FY): 2008 – 2012
• Keywords: プロテオミクス / 複合体解析 / 転写調節 / スプライシング / 細胞周期

Research Abstract

核内受容体はクロマチンのリモデリングや修飾などを行うタンパク質複合体と相互作用して、様々な遺伝子の転写を活性化する。さらにスプライシングや分解などのR甑プロセッシングも同時に制御され、核内微細構造と転写が密接な関係を持って制御されている可能性が示唆されている。
このような多数のタンパク質によって形成される転写調節のマシナリー複合体の時間的空聞的な変化を解明するための新たな解析手法を開発することを目的とする。
バキュロウイルス免疫法等により作製した高親和性モノクローナル抗体を低ノイズ磁気ビーズに付加し、複合体を免疫精製してショットガンプロテオミクスにより同定する。内在性の複合体を高感度に検出する手法を開発する。複合体構成タンパク質の定量的測定による時系列変化の解析を目指す。また抗体金属ナノパーティクルプローブによる軟X線顕微鏡の開発を行い、核微細構造と転写マシナリーの空間的変化を解析する技術を開発する。

Research Products

• [Journal Article] Soft X-ray Laser Microscopy of Lipid Rafts towards GPCR-Based Drug Discover Using Time-Resolved FRET Spectroscopy (2011)
  • Author(s): Baba M, Kozasa T, Hamakubo T, Kuroda H, Masuda K, Yoneya S, Kodama T.
  • Journal Title: Pharmaceuticals 4 Pages: 524-550
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Epigenetically coordinated GATA2 binding is necessary for endothelium specific endomucin sxpression (2011)
  • Author(s): Kanki Y, Kohro T, Jiang S, Tsutsumi S, Mimura I, Suehiro J, Wada Y, Ohta Y, Ihara S, Iwanari H, Naito M, Hamakubo T, Aburatani H, Kodama T, Minami T.
  • Journal Title: The EMBO Journal in press
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Proteomic analysis of native hepatocyte nuclear factor-4a(HNF4a)isoforms, phosphorylation status, and nteractive cofactors (2011)
  • Author(s): Daigo_K, Kawamura T, Ohta Y, Ohashi R, Katayose S, Tanaka T, Aburatani H, Naito M, Kodama T, Ihara S, Hamakubo T.
  • Journal Title: J Biol Chem. 286(1) Pages: 674-686
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A wave of nascent transcription on activated human genes. (2009)
  • Author(s): Wada Y, Ohta Y, Xu M, Tsutsumi S, Minami T, Inoue K, Komura D, Kitakami J, Oshida N, Papantonis A, Izumi A, Kobayashi M, Meguro H, Kanki Y, Mimura I, Yamamoto K, Mataki C, Hamakubos T, Shirahige K, Aburatani H, Kimura H, Kodama T, Cook PR, Ihara S.
  • Journal Title: Proc Natl Acad Sci USA 106(43) Pages: 18357-18361
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Functional reconstitution of G-protein-coupled receptor-mediated adenylyl cyclase activation by a baculoviral co-display system (2008)
  • Author(s): Sakihama T, Masuda K, Sato T, Doi T, Kodama T, Hamakubo T.
  • Journal Title: J Biotechnol 135(1) Pages: 28-33
  • Peer Reviewed
• [Presentation] プロセッシングおよび細胞周期を制御する新規複合体の機能解析 (2010)
  • Author(s): 堀内恵子, 川村猛, 浜窪隆雄
  • Organizer: BMB2010
  • Place of Presentation: 神戸
  • Year and Date: 20101207-20101210
• [Presentation] 敗血症患者血中ペントラキシン3(PTX3)複合体のプロテオミクス解析 (2010)
  • Author(s): 太期健二, 山口尚敬, 川村猛, 児玉龍彦, 井上健司, 浜窪隆雄
  • Organizer: BMB2010
  • Place of Presentation: 神戸
  • Year and Date: 20101207-20101210
• [Presentation] 三量体Gタンパク質活性化とRGS相互作用のFRETによる生細胞イメージング (2010)
  • Author(s): 増田一之, 北上純一, 井原茂男, 小笹徹, 児玉龍彦, 浜窪隆雄
  • Organizer: BMB2010
  • Place of Presentation: 神戸
  • Year and Date: 20101207-20101210
• [Presentation] 高親和性抗体結合磁性ビーズを用いた内在性HNF4α複合体の高効率精製とプロテオミクス解析、およびHNF4α-HNF4γヘテロ2量体による転写制御解析 (2008)
  • Author(s): 太期健二、川村猛、片寄聡、田中十志也、児玉龍彦、浜窪隆雄
  • Organizer: BMB2008
  • Place of Presentation: 神戸ポートアイランド
  • Year and Date: 20081209-20081212
• [Presentation] Development of the compact low-energy soft x-ray CT instrument for the soft material structural analysis (2008)
  • Author(s): M.Miyoshi, T.Hamakubo, T.Kodama, A.Koishi, kawa, M.Tsuchiya, N.Aoki
  • Organizer: The 52nd International Conference on Electron, Ion.Photon Beam and Nanofabrication Technology
  • Place of Presentation: Portland OR.USA
  • Year and Date: 2008-05-27
• [Remarks] ホームページ
  • URL: http://www.lsbm.org/staff/hamakubo.html