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2008 Fiscal Year Annual Research Report

推論による仮説発見とシステム生物学への応用

Research Project

Project/Area Number 20240016
Research InstitutionNational Institute of Informatics

Principal Investigator

井上 克巳  National Institute of Informatics, 情報学プリンシプル研究系, 教授 (10252321)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 佐藤 泰介  東京工業大学, 情報理工学研究科, 教授 (90272690)
亀谷 由隆  東京工業大学, 情報理工学研究科, 助教 (60361789)
岩沼 宏治  山梨大学, 医学工学総合研究部, 教授 (30176557)
鍋島 英知  山梨大学, 医学工学総合研究部, 准教授 (10334848)
坂間 千秋  和歌山大学, システム工学部, 教授 (20273873)
Keywords人工知能 / 推論 / システム生物学 / 仮説発見 / 結論発見 / 確率推論 / 帰納論理プログラミング / アブダクション
Research Abstract

以下に示す当初の研究分担にしたがって研究を進めた.
(A1)演繹推論による仮説発見システムの開発:結論発見器SOLARにおける等式計算の効率化を目的に,順序制約付Modification法に基づく等号計算CT法の種々の改良を行った.また,SOLARのJava言語による新規インプリメンテーションを行い,disequation制約形式で多くの枝刈り規則を統一的に表現することにより完全かつ効率的に実装した.さらに,アブダクションにおける観測事例を分割して解くことで効率良く仮説を発見する手法の検討を行った.
(A2)帰納推論による仮説発見システムの開発:CF帰納法の構成手続きの一つであるDNF-CNF変換を,集合族の極小ヒッティング集合を枚挙するアルゴリズムを用いて効率化した.
(B1)確率的な仮説選択手法の開発:確率知識のモデリング言語であるPRISMの適用範囲を広げる準備として,プログラムに課されている背反性条件を除くためBDD(2分決定木)による確率計算および統計パラメータの学習のアルゴリズムの開発を行った.
(B2)非確率的な仮説選択手法の開発:不完全な情報を含む論理プログラムから帰納推論を行うための新たな枠組として敢為的帰納推論(brave induction)を導入した.また,アブダクションにおける推論能力を比較するための枠組みを定式化し,仮説生成能力の優劣を判定するための計算量を与えた.
(C)システム生物学における仮説発見:SOLARとCF帰納法を用いて代謝パスウェイに関するアブダクションおよびインダクションの仮説を生成する方法を検討した.また,阻害反応を推定する問題に対して,アブダクションで得た多くの仮説をBDD上のEMアルゴリズムによって順位付けする実験を行った.

  • Research Products

    (19 results)

All 2009 2008 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (14 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Coordination in Answer Set Programming2008

    • Author(s)
      Sakama, Chiaki
    • Journal Title

      ACM Transactions on Computational logic 9 (2)

      Pages: Article No. 9

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 論理プログラミングから解集合プログラミングへ2008

    • Author(s)
      井上克巳
    • Journal Title

      コンピュータソフトウェア 25 (3)

      Pages: 20-32

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A Glimpse of Symbolic-statistical Modeling by PRISM2008

    • Author(s)
      Sato, Taisuke
    • Journal Title

      Journal of Intelligent Information Systems 31 (2)

      Pages: 161-176

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] New Advances in Logic-based Probabilistic Modeling by PRISM2008

    • Author(s)
      Sato, Taisuke
    • Journal Title

      Probabilistic Inductive Logic Programming, Lecture Note in Artificial Intelligence (Springer) 4911

      Pages: 118-155

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Extraction of logical relations to model some aspects of breast cancer therapy2009

    • Author(s)
      Doncescu, Andrei
    • Organizer
      第22回システムバイオロジー研究会
    • Place of Presentation
      癌研究所, 東京
    • Year and Date
      2009-03-11
  • [Presentation] 並列分散型SATソルバにおける探索空間の分割手法の提案2009

    • Author(s)
      高見明秀
    • Organizer
      電子情報通信学会技術研究報告IEICE-SS-444
    • Place of Presentation
      佐賀大学(佐賀)
    • Year and Date
      2009-03-02
  • [Presentation] 発想推論に基づく着眼点の発見2009

    • Author(s)
      古川康一
    • Organizer
      人工知能学会第3回身体知研究会
    • Place of Presentation
      慶應義塾大学, 東京
    • Year and Date
      2009-01-09
  • [Presentation] Towards Efficient Equality Computation in SOLAR2009

    • Author(s)
      Iwanuma, Koji
    • Organizer
      推論エンジンを用いたプログラム自動検証法の研究集会
    • Place of Presentation
      東北大学電気通信研究所(宮城)
    • Year and Date
      2009-01-08
  • [Presentation] A SAT-based Method for Solving the Two-dimensional Strip Packing Problem2008

    • Author(s)
      Soh, Takehide
    • Organizer
      The 15th RCRA workshop on Experimental Evaluation of Algorithms for Solving Problems with Combinatorial Explosion (RCRA' 08)
    • Place of Presentation
      Udine, Italy
    • Year and Date
      20081212-20081213
  • [Presentation] An Efficient Hypothesis-finding System Implemented with Deduction and Dualization2008

    • Author(s)
      Yamamoto, Yoshitaka
    • Organizer
      Proceedings of the 22nd Workshop on Logic Programming (WLP 2008)
    • Place of Presentation
      Dresden, Germany
    • Year and Date
      20081001-20081002
  • [Presentation] CF帰納法の効率的実装とパスウェイ推論への応用2008

    • Author(s)
      山本泰生
    • Organizer
      人工知能学会第71回人工知能基本問題研究会
    • Place of Presentation
      北海道大学(北海道)
    • Year and Date
      20080917-20080918
  • [Presentation] Brave Induction2008

    • Author(s)
      Sakama, Chiaki
    • Organizer
      Proceedings of the 18th International Conference on Inductive Logic Programming
    • Place of Presentation
      Prague, Czech
    • Year and Date
      20080910-20080912
  • [Presentation] Comparing Abductive Theories2008

    • Author(s)
      Inoue, Katsumi
    • Organizer
      Proceedings of the 18th European Conference on Artificial Intelligence (ECAI 2008)
    • Place of Presentation
      Patras, Greece
    • Year and Date
      20080721-20080725
  • [Presentation] Inductive Negotiation in Answer Set Programming2008

    • Author(s)
      Sakama, Chiaki
    • Organizer
      Proceedings of the 6th International Workshop on Declarative Agent Languages and Technologies
    • Place of Presentation
      Estoril, Portugal
    • Year and Date
      20080512-20080516
  • [Presentation] A Complete Pruning Methods and a Practical Search Strategy for SOL2008

    • Author(s)
      Nabeshima, Hidetomo
    • Organizer
      Proceedings of the 7th International Workshop on the Implementation of Logics (IWIL 2008)
    • Place of Presentation
      Doha, Qatar
    • Year and Date
      2008-11-22
  • [Presentation] Propositionalizing the EM algorithm by BDDs2008

    • Author(s)
      Ishihata, Masakazu
    • Organizer
      The 18th International Conference on Inductive Logic Programming (ILP-2008)
    • Place of Presentation
      Prague, Czech
    • Year and Date
      2008-09-11
  • [Presentation] BDD上の命題化確率計算に基づくEMアルゴリズム2008

    • Author(s)
      石畠正和
    • Organizer
      人工知能学会第70回人工知能基本問題研究会
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      2008-07-04
  • [Presentation] Negotiation by Induction2008

    • Author(s)
      Sakama, Chiaki
    • Organizer
      Proceedings of the 7th International Joint Conference on Autonomous Agents and Multiagent Systems
    • Place of Presentation
      Estoril, Portugal
    • Year and Date
      2008-05-12
  • [Remarks]

    • URL

      http://research.nii.ac.jp/il/event/project_a.html

URL: 

Published: 2010-06-11   Modified: 2016-04-21  

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