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2012 Fiscal Year Annual Research Report

ゲノムデータからの予測・発見・推論の統合化のための統計学と機械学習の融合

Research Project

Project/Area Number 20240028
Research InstitutionThe Institute of Statistical Mathematics

Principal Investigator

江口 真透  統計数理研究所, 大学共同利用機関等の部局等, 教授 (10168776)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 藤澤 洋徳  統計数理研究所, 大学共同利用機関等の部局等, 准教授 (00301177)
間野 修平  統計数理研究所, 数理・推論研究系, 准教授 (20372948)
松浦 正明  公益財団法人がん研究会, その他部局等, 研究員 (40173794)
小森 理  統計数理研究所, その他部局等, その他 (60586379)
逸見 昌之  統計数理研究所, 大学共同利用機関等の部局等, 准教授 (80465921)
Project Period (FY) 2008-04-08 – 2013-03-31
Keywords遺伝子発現 / 乳がんサブタイプ / ブースティング / クラスターリング / t-統計量
Research Abstract

目標は、網羅的な遺伝子情報を計測されているが、被験者数は少数に限られているゲノム・オミクスデータ(高次元・小標本数データ)から表現形予測に適切な情報を抽出することにある。この課題の解決のキーとして、医学的な知識を積極的に統計方法に取り入れた。ゲノム・オミクスデータに内在している不均一性に対して医学の新しい知見を積極的に援用して、より精度の高い予測モデルの構築を行った。特に最終年度にあたり、乳がんのサブタイプのクラスリングの有効な方法を開発して、より高性能でロバストな治療予測の方法の開発を完成させた。
A. がん研究所と松浦正明研究グループとの共同研究:遺伝子発現による乳がんサブタイプのクラスタリングについて研究を完成する。現在、L1正則化を用いた統計的方法によって遺伝子選択を行いながらサブタイプ分類を行うクラスタリングの実用化を図った.これを利用して遺伝子発現の実データ解析に適用しサブタイプの予測を行った。
B.教師なし学習のための機械学習の方法として、創発クラスタリングの完成や、ブースティング方法による密度関数や回帰関数の推定法を実用化した。
以上のテーマが本年度の主題である。このための計画と来年以降より研究をより深化を計るため以下のような計画を遂行した。
1.長年にわたり共同研究を遂行しているUniversity of WarwickのJohn Copas教授と、今年度は、一般化t-統計量の研究を完成させた。
2. 台湾大学のHung 助教とAcademiaSinicaのSu-Yun Huang 博士と、機械学習と統計学の融合的発展のために大学院生の教育も含めて研究交流を行った。特に今年度は小森がアカデミア・シニカに長期滞在して共同研究を進めた。

Current Status of Research Progress
Reason

24年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

24年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (14 results)

All 2013 2012

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (10 results)

  • [Journal Article] Density estimation with minimization of U-divergence.2013

    • Author(s)
      K. Naito
    • Journal Title

      Machine Learning

      Volume: 90 Pages: 29-57

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Robust independent component analysis via minimum gamma-divergence estimation.2013

    • Author(s)
      P-W. Chen
    • Journal Title

      IEEE Selected Topics in Signal Processing

      Volume: To appear Pages: To appear

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Multiple suboptimal solutions for prediction rules in gene expression data.2013

    • Author(s)
      O. Komori
    • Journal Title

      Computational and Mathematical Methods in Medicine. [online]

      Volume: 2013 Pages: 14

    • DOI

      /2013/798189

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] An extension of the Receiver Operating Characteristic curve and AUC-optimal classification.2012

    • Author(s)
      T. Takenouchi
    • Journal Title

      Neural Computation

      Volume: 24 Pages: 2789-2824

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 遺伝子発現による表現形の予測のための統計的方法2013

    • Author(s)
      江口 真透
    • Organizer
      久留米大学バイオ統計センター10周年記念第11回久留米大学バイオ統計学フォーラム
    • Place of Presentation
      久留米
    • Year and Date
      20130118-20130119
  • [Presentation] Maximization of the generalized t-statistics for two-class discrimination problem,2012

    • Author(s)
      O. Komori
    • Organizer
      Academia Sinica Statistical Seminar
    • Place of Presentation
      Academia Sinica, Taipei
    • Year and Date
      20121015-20121015
  • [Presentation] t統計量の一般化とその判別解析への応用2012

    • Author(s)
      小森 理
    • Organizer
      統計関連学会連合大会2012
    • Place of Presentation
      札幌,
    • Year and Date
      20120909-20120912
  • [Presentation] Detection of heterogeneous structure on gaussian copula model using projective power cross entropy2012

    • Author(s)
      野津 昭文
    • Organizer
      統計関連学会連合大会2012
    • Place of Presentation
      札幌
    • Year and Date
      20120909-20120912
  • [Presentation] 統計的同等モデル上の尤度関数の最悪評価2012

    • Author(s)
      江口 真透
    • Organizer
      統計関連学会連合大会2012
    • Place of Presentation
      札幌
    • Year and Date
      20120909-20120912
  • [Presentation] Lasso クラスタリングとがんのサブタイプ分類のための遺伝子抽出への応用2012

    • Author(s)
      牛嶋 大
    • Organizer
      統計関連学会連合大会2012
    • Place of Presentation
      札幌
    • Year and Date
      20120909-20120912
  • [Presentation] Maximization of a Generalized t-Statistic for Two-Class Discrimination Problem2012

    • Author(s)
      O. Komori
    • Organizer
      XXVI th International Biometric Conference
    • Place of Presentation
      Kobe,Japan
    • Year and Date
      20120826-20120831
  • [Presentation] Analysis of image patterns for imaging mass spectrometry data2012

    • Author(s)
      M. Ushijima
    • Organizer
      XXVI th International Biometric Conference
    • Place of Presentation
      Kobe,Japan
    • Year and Date
      20120826-20120831
  • [Presentation] Information geometry in statistics2012

    • Author(s)
      S. Eguchi
    • Organizer
      The 2nd Institute of Mathematical Statistics Asia Pacific Rim Meeting
    • Place of Presentation
      Tsukuba,Japan
    • Year and Date
      20120702-20120704
  • [Presentation] Density estimation based on U-divergence with volume-mass-one2012

    • Author(s)
      O. Komori
    • Organizer
      The 2nd Institute of Mathematical Statistics Asia Pacific Rim Meeting
    • Place of Presentation
      Tsukuba,Japan
    • Year and Date
      20120702-20120704

URL: 

Published: 2014-07-24   Modified: 2022-12-27  

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