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2010 Fiscal Year Annual Research Report

核酸機能の効果的時空間解析のための励起子制御イメージング

Research Project

Project/Area Number 20350083
Research InstitutionThe Institute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

岡本 晃充  独立行政法人理化学研究所, 岡本独立主幹研究ユニット, ユニットリーダー(独立主幹研究員) (60314233)

Keywords励起子相互作用 / 蛍光イメージング / 蛍光色素 / DNA
Research Abstract

DNAやRNA配列の染め分け、つまりマルチカラー核酸解析は、核酸の同時多項目解析の原点としてどうしても確立したい技術であり、それが可能になれば、核酸計測に基づくさまざまな新しいサイエンスへ応用可能である。
本年度は、励起子制御機構にのっとった色素群を開拓し、それらを用いた新規核酸多色染め分け法へと展開した。また、蛍光発光の光駆動系への展開も行った。これまで検討されてきたプローブは、チアゾールオレンジ色素の励起子結合効果を利用している。この構造をもとにして400~700nmの発光波長領域を持つ色素群を設計・合成した。設計するチアゾールオレンジ誘導体として、キノリン環やベンゾチアゾール環の共役系を拡大させた色素群やメチン部位を伸長した色素群などを合成した。これらを核酸に導入して、励起子制御プローブとして機能することを確認した。また、近赤外領域の機能する色素修飾ヌクレオチドも開発した。色素単体で、その集合体形成によって励起子結合効果が現れることは、前年度の研究によって、いくつかの種類で既に確認しているが、その中から特に良く機能するものを発光波長も含めて勘案しながら吟味・選択し、プローブ化することができた。多色の励起子制御プローブが完成したのでは、それぞれ異なる配列に異なる波長の色素標識ヌクレオチドを導入することにより、標的配列ごとに各色で核酸を染め分ける方法へと展開した。また、光照射によって初めて核酸認識機能を生じるプローブも作成した。

  • Research Products

    (15 results)

All 2010

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results) Presentation (9 results)

  • [Journal Article] Hybridization-sensitive fluorescent DNA probe with self-avoidance ability2010

    • Author(s)
      Ikeda, S.
    • Journal Title

      Org.Biomol.Chem.

      Volume: 8(3) Pages: 546-551

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Exciton-Primer Mediated SNP Detection in SmartAmp2 Reactions2010

    • Author(s)
      Lezhava, A.
    • Journal Title

      Hum.Mutat.

      Volume: 31(2) Pages: 208-217

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A Probe Containing Two Base-discriminating Fluorescent (BDF) Nucleosides for SNP Typing2010

    • Author(s)
      Yoshida, Y.
    • Journal Title

      Chem.Lett.

      Volume: 39(2) Pages: 116-117

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Excitonic interaction : Another photophysical process for fluorescence-controlled nucleic acid sensing2010

    • Author(s)
      Okamoto, A.
    • Journal Title

      Chem.Rec.

      Volume: 10(3) Pages: 188-196

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Sets of RNA Repeated Tags and Hybridization-Sensitive Fluorescent Probes for Distinct Images of RNA in a Living Cell2010

    • Author(s)
      Kubota, T.
    • Journal Title

      PLoS ONE

      Volume: 5(9) Pages: e13003

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Hybridization-sensitive Fluorescence and its Application to Fluorescent Detection of Various RNA Strands2010

    • Author(s)
      Sugizaki, K.
    • Journal Title

      Bioconjugate Chem.

      Volume: 21(12) Pages: 2276-2281

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Photochemical design for live cell RNA imaging2010

    • Author(s)
      Akimitsu Okamoto
    • Organizer
      International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (PACIFICHEM 2010)
    • Place of Presentation
      Honolulu, USA(Invited)
    • Year and Date
      20101200
  • [Presentation] DNA-osmium complex : Pinpoint detection of methylated cytosines2010

    • Author(s)
      Akimitsu Okamoto
    • Organizer
      International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (PACIFICHEM 2010)
    • Place of Presentation
      Honolulu, USA(Invited)
    • Year and Date
      20101200
  • [Presentation] A short talk on ICON and ECHO probes2010

    • Author(s)
      Akimitsu Okamoto
    • Organizer
      Asian 3 Roundtable on Nucleic Acids (A3RONA 2010 JAPAN)
    • Place of Presentation
      Osaka, Japan(Invited)
    • Year and Date
      20101000
  • [Presentation] Application of artificial DNA probes in genome-scale DNA methylation analysis and evaluation of nucleic acid functions2010

    • Author(s)
      Akimitsu Okamoto
    • Organizer
      BIG-CAS Seminar
    • Place of Presentation
      Beijing, China(Invited)
    • Year and Date
      20101000
  • [Presentation] Hybridization-Sensitive Fluorescent Nucleic Acids for Live Cell RNA Imaging2010

    • Author(s)
      Akimitsu Okamoto
    • Organizer
      2nd Workshop on Fluorescence Chemosensor and Bio-imaging
    • Place of Presentation
      Dalian, China(Invited)
    • Year and Date
      20100900
  • [Presentation] Exciton-controlled Hybridization-sensitive Fluorescent Oligonucleotides2010

    • Author(s)
      Takeshi Kubota, Shuji Ikeda, Hiroyuki Yanagisawa, Mizue Yuki, Kaori Sugizaki, Akimitsu Okamoto
    • Organizer
      29th International Round Table on Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids (IRT 2010)
    • Place of Presentation
      Lyon, France
    • Year and Date
      20100800
  • [Presentation] Thiazole Orange Dimer on a Nucleotide : Application to Live Cell RNA Imaging2010

    • Author(s)
      Akimitsu Okamoto, Shuji Ikeda, Takeshi Kubota
    • Organizer
      23th IUPAC Symposium on Photochemistry
    • Place of Presentation
      Ferrara, Italy
    • Year and Date
      20100700
  • [Presentation] Hybridization-Sensitive Fluorescent Nucleic Acids for Effective RNA Imaging2010

    • Author(s)
      Shuji Ikeda, Takeshi Kubota, Akimitsu Okamoto
    • Organizer
      Challenges in Organic Chemistry and Chemical Biology (ISACS1)
    • Place of Presentation
      San Francisco, USA
    • Year and Date
      20100700
  • [Presentation] Fluorescent Nucleotides for Efficient Nucleic Acid Sensing2010

    • Author(s)
      Okamoto, A.
    • Organizer
      11th International Chemistry Conference and Exhibition in Africa (11 ICCA)
    • Place of Presentation
      Luxor, Egypt(Invited)
    • Year and Date
      2010-11-20

URL: 

Published: 2012-07-19  

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