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2009 Fiscal Year Annual Research Report

高精度RNAオミクスに資する基盤技術開発

Research Project

Project/Area Number 20360374
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

福崎 英一郎  Osaka University, 工学研究科, 教授 (40273594)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 高村 禅  北陸先端科学技術大学院大学, マテリアルサイエンス研究科, 准教授 (20290877)
桑原 正靖  群馬大学, 工学研究科, 准教授 (40334130)
岡澤 敦司  大阪大学, 工学研究科, 助教 (10294042)
KeywordsRNA / miRNA / メタボロミクス / ゼブラフィッシュ / ナノLC / 質量分析 / プローブ
Research Abstract

ナノLC/MSによる精密微量定量システムを実用化した.質量分析によるmiRNAの検出システムの開発を実施した.高分解能,高質量精度を有し,かつ,MS(n 乗)測定が可能であるハイブリッド型質量分析計であるイオントラップ飛行時間型質量分析計(IT-TOF-MS)を用いた.一塩基置換の配列の検出も可能とした.同位体パターンを解析することにより,各多荷イオン価数を確認し,分子量の精密推定を可能とした.
miRNA前駆体定量システムの開発に向けて,質量分析用のプローブとなる修飾オリゴDNAの合成を行った.これまでの研究で,質量標識部位にはある種の含窒素化合物を有する誘導体が高感度に検出されることが明らかにしたため,その知見に基づく分子設計を行い,複数のDNAプローブをポスト修飾法によって合成した.
miRNAの濃縮精製を指向し,トラップ条件とトラップ確率の関係を精査し,トラップ確率が,電圧と流速の比率でのみ決まり,その絶対値には影響しないことを見出した.これは,本トラップが,誘電泳動によるものではなく,新しいものであることを示している.現在この情報を元に,トラップメカニズムを解析するための,数値シミュレーションを試みている.また,細胞の解析実験では,1細胞のDNA・RNA解析を容易にできるように,細胞を1つずつ自動的に配列させて,トラップ部へ導入する機構を完成させた.また,チップ上でPCR解析を行うために,Polydimethylsiloxaneのガス透過性を積極的に利用した手法を考案し,有効性を実証した.

  • Research Products

    (17 results)

All 2010 2009

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 7 results) Presentation (9 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Development of a method for comprehensive and quantitative analysis of plant hormones by highly sensitive nanoflow liquid chromatography-electrospray ionization-ion trap mass spectrometry.2009

    • Author(s)
      Izumi, Y., Okazawa, A., Bamba, T., Kobayashi, A., Fukusaki, E.
    • Journal Title

      Anal Chim Acta 648(2)

      Pages: 215-225

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] High-resolution spatial and temporal analysis of phytoalexin production in oats.2009

    • Author(s)
      Izumi, Y., Kajiyama, S., Nakamura, R., Ishihara, A., Okazawa, A., Fukusaki, E., Kanematsu, Y., Kobavashi, A.
    • Journal Title

      Planta 229(4)

      Pages: 931-943.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cell separation by an aqueous two-phase system in a microfluidic device2009

    • Author(s)
      Masatoshi Tsukamoto, Shu Taira, Shohei Yamamura, Yasutaka Morita, Naoki Nagatani, Yuzuru Takamura, Eiichi Tamiya,
    • Journal Title

      Analyst 134

      Pages: 1994-1998

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Trapping probability analysis of a DNA Trap using Electric and Hydrodrag force fields in tapered microchanels2009

    • Author(s)
      Yuichi Tomizawa, Eiichi Tamiya, Yuzuru Takamura
    • Journal Title

      Physical Review E, 79(5)

      Pages: 051902-1-051902-8

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Comprehensive metabolite profiling of phyA phyB phyC triple mutants to reveal their associated metabolic phenotype in rice leaves2009

    • Author(s)
      Jumtee, K., Okazawa, A., Harada, K., Fukusaki, E., Takano, M., Kobavashi, A
    • Journal Title

      J. Biosci. Bioeng 108

      Pages: 151-159

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Unique phytochrome responses of the holoparasitic plant2009

    • Author(s)
      Takagi, K., Okazawa.A., Wada, Y, Mongkolchaiphruek, A., Fukusaki, E., Yoneyama, K., Takeuchi, Y., Kobayashi, A
    • Journal Title

      Orobanche minor, New Phytol. 182

      Pages: 965-974

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Transcription and reverse transcription of artificial nucleic acids involving backbone modification by template-directed DNA polymerase reactions2009

    • Author(s)
      M.Kuwahara, H.Takeshima, J.Nagashima, S.Minezaki, H.Ozaki, H.Sawai
    • Journal Title

      Bioorg. Med. Chem. 17

      Pages: 3782-3788

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Trap Probability Analysis of DNA Trap using Electric and Hydrodrag Force Fields in Taper Shaped Microchannel2009

    • Author(s)
      Y.Tomizawa Y Takamura
    • Organizer
      2009 International Microprocesses and Nanotechnology Conference (MNC2009), Sapporo
    • Place of Presentation
      札幌
    • Year and Date
      20091116-20091119
  • [Presentation] On-Chip Stationary Multi- Chamber PCR Device2009

    • Author(s)
      Nguyen Ba Trun, Masato Saito, E.Tamiya.Y.Takamura
    • Organizer
      International symposium of Microchmistry and Microsystems. ISMM2009 & NT2009
    • Place of Presentation
      金沢
    • Year and Date
      20091107-20091108
  • [Presentation] Auto picking up and introducing-mechanism for single cell to microchannel using a modified diaphragm valve aiming automated massively parallel single cell analysis2009

    • Author(s)
      K.Noma, H.Matsuura, Y.Tomizawa, E.Tamiya, Y.Takamura
    • Organizer
      The 13th International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Science (μTAS 2009)
    • Place of Presentation
      韓国・ソウル
    • Year and Date
      20091101-20091105
  • [Presentation] 微小流体デバイスを用いた-細胞配列、破砕技術に基づく個別細胞解析2009

    • Author(s)
      富澤祐一・高村禅
    • Organizer
      日本生物工学会セルプロセッシング計測評価研究部会主催第1回若手研究シンポジウム
    • Place of Presentation
      神戸国際会議場(神戸)
    • Year and Date
      2009-11-26
  • [Presentation] ナノフロー液体クロマトグラフィー/質量分析計による植物代謝産物の高感度定量分析2009

    • Author(s)
      和泉自泰, 岡澤敦司, 梶山慎一郎, 馬場健由, 小林昭雄, 福崎英一郎
    • Organizer
      第4回メタボロームシンポジウム
    • Place of Presentation
      鶴岡
    • Year and Date
      2009-11-18
  • [Presentation] Fluorescent properties of acridonyl group in DNA duplex2009

    • Author(s)
      桑原正靖, 小林敦, 田島正義, 北爪峻輔, 穴原圭祐, 尾崎広明, 飛田成史
    • Organizer
      36th International Symposium on Nucleic Acid Chemistry
    • Place of Presentation
      高山文化会館(岐阜)
    • Year and Date
      2009-09-29
  • [Presentation] LC-ESI-IT-TOF-MSを用いた定量的microRNA解析手法の開発2009

    • Author(s)
      和泉自泰, 瀧村晋, 長澤早紀, 馬場健史, 福崎英一郎
    • Organizer
      第61回日本生物工学会大会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2009-09-24
  • [Presentation] C5位修飾アラビノヌクレオチドのDNA鎖への酵素的導入2009

    • Author(s)
      笠原勇矢, 高野優貴, 奈良紘希, 桑原正靖, 尾崎広明
    • Organizer
      第24回生体機能関連化学シンポジウム, 第12回バイオテクノロジー部会シンポジウム
    • Place of Presentation
      九州大学医系キャンパス百年記念講堂(福岡)
    • Year and Date
      2009-09-14
  • [Presentation] ナノフロー液体クロマトグラフィー/イオントラップ型質量分析計による植物ホルモン類の網羅的定量分析2009

    • Author(s)
      和泉自泰・岡澤敦司・馬場健史・小林昭雄 ・福崎英一郎
    • Organizer
      第57回質量分析総合討論会
    • Place of Presentation
      大阪
    • Year and Date
      2009-05-15
  • [Book] シングルセル解析最前線(監修 : 神原秀紀, 松永是, 植田充美) ; 第3章細胞内生体分子群の実測定量解析 ; 8. ナノLC/MSを用いた代謝物微量解析2010

    • Author(s)
      和泉自泰, 福崎英一郎
    • Total Pages
      6
    • Publisher
      シーエムシー出版

URL: 

Published: 2011-06-16   Modified: 2016-04-21  

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