2009 Fiscal Year Annual Research Report
タンパク質の不規則領域のデータベースの構築と機能解析
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20500269
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
清水 謙多郎 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (80178970)
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| Keywords | 生体生命情報学 / 蛋白質 / ブロテオーム / 構造予測 / 構造評価 / 構造精密化 |
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| Research Abstract |
本研究は、まず、PDBの各構造に登録された構造因子を直接解析し電子密度マップを再現するとともに、温度因子、溶媒露出表面積、二次構造も合わせて解析することで、実験事実からdisorderの「程度」を求める手法を開発し、PDBに登録された各構造に対して利用者がその基準を自由に指定し検索することができるデータベースを構築することを目的とする。本年度は前年度に引き続き、disorder領域を抽出する基準を検討し、disorder領域のデータベースのプロトタイプを構築した。(1)PDBに登録されている、X線結晶構造解析によって構造決定された各タンパク質構造に対し、温度因子を抽出した。また、PDBに登録されているすべての構造に対し、DSSPを用いて、溶媒露出表面積、二次構造判定の結果を収集した。これらの結果を内部的なデータベース(「構造特徴データベース」と名付ける)に記録した。(2)PDBに登録されている各タンパク質構造に対し、構造因子を用い、逆フーリエ変換・フーリエ変換を行って電子密度マップを再現した。各残基の周辺の電子密度を求め、disorderの「程度」を評価する基準を求めた。得られた結果を内部的なデータベース(「電子密度マップデータベース」と名付ける)に記録した。(3)利用者が与える基準に応じて、構造特徴データベース、電子密度マップデータベースのそれぞれから、柔軟にdisorder領域を検索できるシステムの開発に着手した。
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