The reconstruction of transition and diversity of diet in Japan

2021 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 20H01370
• Research Institution: The Graduate University for Advanced Studies
• Principal Investigator: 澤藤 りかい 総合研究大学院大学, 先導科学研究科, 日本学術振興会特別研究員(CPD) (50814612)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 佐宗 亜衣子 新潟医療福祉大学, リハビリテーション学部, 助教 (10532658) ; 須藤 毅顕 東京医科歯科大学, 統合教育機構, 特任助教 (10821168) ; 長岡 朋人 青森公立大学, 経営経済学部, 准教授 (20360216) ; 太田 博樹 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (40401228) ; 小林 宏明 東京医科歯科大学, 大学院医歯学総合研究科, 非常勤講師 (50396967) ; 澤藤 匠 (蔦谷匠) 総合研究大学院大学, 先導科学研究科, 助教 (80758813) ; 芝 多佳彦 東京医科歯科大学, 大学院医歯学総合研究科, 助教 (90802306)
• Project Period (FY): 2020-04-01 – 2023-03-31
• Keywords: 古代ＤＮＡ / 歯石 / 食文化 / 江戸

Outline of Annual Research Achievements

過去のヒトが摂取していた食物の多様性や時代変化を調べることで、生業や経済と食生活の関連や、食性が健康に与えた影響がわかる。本研究では、生前摂取していた食物品目リストを個人ごとに復元できる新手法(歯石DNA分析)を日本各地の古人骨に適用し、縄文から江戸時代までの食物の変遷を高解像度に調べる。さらに、同じ古人骨資料に対して安定同位体分析、口内細菌叢分析、形態分析を実施することで、食物カテゴリーごとの摂取割合や、口腔内の健康状態も評価する。すべての時代や地域を通じて一貫した手法で、性・年齢・社会階層などと紐付けられる個体レベルの食性の情報を得て、その健康影響も調べることで、これまでの歴史学や考古学の成果よりも高い解像度で、日本列島人の食性の変遷と多様性を明らかにする。これにより、稲作農耕の開始や交易によって食物の多様性がどう変化したかなどを議論する。 当該年度は新型コロナウイルス感染症の影響により、歯石サンプリングや試薬の購入、研究打ち合わせのための出張などに困難を伴った。そのため昨年度に引き続き、既に採取した歯石の実験・シーケンス・データ解析を行った。また、研究代表者が2021年9月からデンマークに移動し、コペンハーゲン大学で研究を継続しているため、最初の数ヶ月は研究環境の構築に時間を要したが、一方で大学内の解析サーバーや解析パイプラインを用いてシーケンスデータを解析することが可能となった。実験面では、植物のターゲットキャプチャを歯石に適用し、その有効性を確認することができた。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

昨年度に引き続き、新型コロナウイルス感染症の影響のためサンプリングや実験、研究打ち合わせなどに支障をきたした。一方で本科研費の研究の一部として、学術論文を出版することができた。

Strategy for Future Research Activity

今後はショットガンシーケンスのデータ解析を進め、論文化に注力すると共に、植物DNAのターゲットキャプチャを適用し、更に効率的な食物DNAの解析を目指す。

Research Products

• [Journal Article] A review of the spread and habitat of the genus: Focusing on East Asia (2022)
  • Author(s): Sawafuji Rikai、Tsutaya Takumi、Ishida Hajime
  • Journal Title: Anthropological Science (Japanese Series) Volume: 130 Pages: 55～74
  • DOI: 10.1537/asj.220214
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Comparison of Periodontal Bacteria of Edo and Modern Periods Using Novel Diagnostic Approach for Periodontitis With Micro-CT (2021)
  • Author(s): Shiba Takahiko、Komatsu Keiji、Sudo Takeaki、Sawafuji Rikai、Saso Aiko、Ueda Shintaroh、Watanabe Takayasu、Nemoto Takashi、Kano Chihiro、Nagai Takahiko、Ohsugi Yujin、Katagiri Sayaka、Takeuchi Yasuo、Kobayashi Hiroaki、Iwata Takanori
  • Journal Title: Frontiers in Cellular and Infection Microbiology Volume: 11 Pages: 723821
  • DOI: 10.3389/fcimb.2021.723821
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Ethics of DNA research on human remains: five globally applicable guidelines (2021)
  • Author(s): Alpaslan-Roodenberg, S., Anthony, D., Babiker, H., Banffy, E., Booth, T., Capone, P., Deshpande-Mukherjee, A., Eisenmann, S., Fehren-Schmitz, L., Frachetti, M., Fujita, R., Frieman, C. J., Fu, Q., Gibbon, V., Haak, W., Hajdinjak, M., Hofmann, K. P., Holguin, B., Inomata, T.,..., Sawafuji, R., et al.
  • Journal Title: Nature Volume: 599 Pages: 41～46
  • DOI: 10.1038/s41586-021-04008-x
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Presentation] 古代の病原体DNA解析;その動向と評価について (2022)
  • Author(s): 澤藤りかい
  • Organizer: 人文学のための古代DNAセミナー
  • Invited
• [Presentation] 現代人歯石からの食物DNA解析 (2021)
  • Author(s): 澤藤りかい・上原麗・加藤均・植田信太郎・木村亮介・石田肇
  • Organizer: 日本人類学会大会
• [Remarks] 江戸時代の人骨から口腔内細菌叢を解析 ―歯石DNAから江戸時代の口腔内細菌群を特定―
  • URL: https://www.soken.ac.jp/news/7118/