2020 Fiscal Year Annual Research Report
Identification of epistatic and breaking genes responsible for interspecific hybrid incompatibility in pepper
| Project/Area Number |
20H02981
|
|---|
| Research Institution | Kindai University |
|---|
Principal Investigator |
細川 宗孝 近畿大学, 農学部, 教授 (40301246)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
白澤 健太 公益財団法人かずさDNA研究所, 先端研究開発部, 主任研究員 (60527026)
安井 康夫 京都大学, 農学研究科, 助教 (70293917)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2024-03-31
|
| Keywords | トウガラシ / 交雑不和合性 / Capsicum chinense / エピスタシス / 細胞質 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
Capsicum chinenseとC．annuumの間で交雑不和合性を引き起こす組み合わせで、交雑集団を作成した。また、現在までに流通しているリフェレンスにはターゲット領域で大きな組み換えや転座が認められ、このままリファレンスを使用することはできないと考え、新たなリファレンス作りに取り組んだ。リファレンスは’タカノツメ’を材料に10XシークエンスをSupernovaにて作成した。また、HiFiロングリードによるシークエンスも行った。これらをもとにしてリファレンスづくりを完了させた。リファレンスのコンティグ間の連鎖解析なども同時に行っており、年度内には完了する予定となっている。
次に、交雑集団を準備し、RAD-seqおよび推定された領域でのｄCAPｓマーカーによる組み換え個体のスクリーニングを行った。これによって、候補領域の2.7Mbまで領域を狭めることができた。候補領域内におけるリファレンスの遺伝子予測などを行いSNPeffを行う予定である。
今後の予定としては、候補領域におけるRNAseqデータの発現解析を行い、候補となった遺伝子はVIGSで解析する予定にしており、実験の準備を整えているところである。実験が順調に進めば、細胞質の遺伝子の発現解析を進める予定であり、現在、正逆交雑のシリーズを整えているところである。また、現在は片側の種の原因遺伝子の特定をお行っているが、もう一方の種の遺伝子については候補領域が大きく、集団作成を更に進める必要がある。次年度の課題としたい。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
細胞質の解析はまだ行えていないが、遺伝情報は十分にあるため、エピスタシス遺伝子が分かり次第、進める予定になっている。これまで、最も不安材料となっていた流通リファレンスの不完全性の問題を解決することができ、独自の研究をすすめることができるようになった点で進展は大きい。
|
| Strategy for Future Research Activity |
2.7Mbまで候補領域を狭めることができたため、今後は作成リファレンス上で候補遺伝子を特定する作業をすすめる。メインはVIGSの実験になると考えており、現在その準備を進めている。また、遺伝子の特定が済めば、細胞質との関連について研究をすすめる予定となっている。今の所、大きな問題はないと考えている。
|
