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2022 Fiscal Year Annual Research Report

クライオ電子顕微鏡による膜輸送体の動的機構解明

Research Project

Project/Area Number 20H03216
Research InstitutionYokohama City University

Principal Investigator

西澤 知宏  横浜市立大学, 生命医科学研究科, 教授 (80599077)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Keywordsクライオ電子顕微鏡
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、生理学的に重要な膜輸送体に関して、クライオ電子顕微鏡による構造解析を行うことで、輸送サイクルにおける複雑な動的構造変化を明らかにすることを目的として研究を行った。P型輸送体は主に金属カチオンを基質として持つ輸送体からなるが、5型に分類される二つのサブファミリー(P5A、P5B)の輸送体は、基質の種類や選択性が大きく異なる。P5Bに分類されるP5-ATPase(ATP13A2)は、老化に伴う神経変性疾患の原因遺伝子として特定されたが、その機能は長い間不明であった。近年になって、この輸送体がリソソームにおけるポリアミン排出輸送体であることが明らかになり、老化に伴って低下するポリアミン合成を補うように、細胞外からの取り込み経路に関わることが明らかとなった。クライオ電子顕微鏡によって、ヒトATP13A2の基質が結合していない状態(E1)、および基質が結合した状態(E2)の二状態を含む合計4つの構造を明らかにした。それらの構造の比較から、ATPを用いた自己リン酸化に伴って、細胞内側に長細い正荷電性のトンネルが形成し、そこにポリアミンが結合することが明らかになった。さらに変異体解析を行ったところ、このトンネル内の負電荷性アミノ酸、芳香族アミノ酸がポリアミン輸送に重要であることが分かった。トンネル内に収まることのできるポリアミンであれば、ある程度非選択的に輸送することができることから、線形ポリアミンに対する幅広い基質選択性の分子機構が明らかになった。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (8 results)

All 2023 2022

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 4 results) Presentation (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 2 results)

  • [Journal Article] Cryo-EM structures of thermostabilized prestin provide mechanistic insights underlying outer hair cell electromotility2022

    • Author(s)
      Futamata Haon、Fukuda Masahiro、Umeda Rie、Yamashita Keitaro、Tomita Atsuhiro、Takahashi Satoe、Shikakura Takafumi、Hayashi Shigehiko、Kusakizako Tsukasa、Nishizawa Tomohiro、Homma Kazuaki、Nureki Osamu
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 13 Pages: 6208

    • DOI

      10.1038/s41467-022-34017-x

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural insights into inhibitory mechanism of human excitatory amino acid transporter EAAT22022

    • Author(s)
      Kato Takafumi、Kusakizako Tsukasa、Jin Chunhuan、Zhou Xinyu、Ohgaki Ryuichi、Quan LiLi、Xu Minhui、Okuda Suguru、Kobayashi Kan、Yamashita Keitaro、Nishizawa Tomohiro、Kanai Yoshikatsu、Nureki Osamu
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 13 Pages: 4714

    • DOI

      10.1038/s41467-022-32442-6

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural insights into the HBV receptor and bile acid transporter NTCP2022

    • Author(s)
      Park JH, Iwamoto M, Yun JH, Uchikubo-Kamo T, Son D, Jin Z, Yoshida H, Ohki M, Ishimoto N, Mizutani K, Oshima M, Muramatsu M, Wakita T, Shirouzu M, Liu K, Uemura T, Nomura N, Iwata S, Watashi K, Tame JRH., Nishizawa T, Lee W, Park SY
    • Journal Title

      Nature

      Volume: 606 Pages: 1027~1031

    • DOI

      10.1038/s41586-022-04857-0

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cryo-EM structures of thylakoid-located voltage-dependent chloride channel VCCN12022

    • Author(s)
      Hagino Tatsuya、Kato Takafumi、Kasuya Go、Kobayashi Kan、Kusakizako Tsukasa、Hamamoto Shin、Sobajima Tomoaki、Fujiwara Yuichiro、Yamashita Keitaro、Kawasaki Hisashi、Maturana Andr?s D.、Nishizawa Tomohiro、Nureki Osamu
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 13 Pages: 2505

    • DOI

      10.1038/s41467-022-30292-w

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Cryo-EM of the ATP11C flippase reconstituted in Nanodiscs shows a distended phospholipid bilayer inner membrane around transmembrane helix 22022

    • Author(s)
      Nakanishi Hanayo、Hayashida Kenichi、Nishizawa Tomohiro、Oshima Atsunori、Abe Kazuhiro
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 298 Pages: 101498~101498

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2021.101498

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 「non-conventional」なP型ATPase輸送体の基質認識機構2023

    • Author(s)
      西澤知宏
    • Organizer
      日本薬学会
    • Invited
  • [Presentation] クライオ電顕で見えてくるトランスポーターとリガンドの相互作用2023

    • Author(s)
      西澤知宏
    • Organizer
      日本医学総会
  • [Presentation] Protein Dynamics Visualized by Cryo-EM2022

    • Author(s)
      西澤知宏
    • Organizer
      日本生化学大会
    • Int'l Joint Research / Invited

URL: 

Published: 2023-12-25  

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