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2022 Fiscal Year Annual Research Report

クライオ電子顕微鏡による V型ATPaseの回転機構の解明

Research Project

Project/Area Number 20H03231
Research InstitutionKyoto Sangyo University

Principal Investigator

横山 謙  京都産業大学, 生命科学部, 教授 (70271377)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 光岡 薫  大阪大学, 超高圧電子顕微鏡センター, 教授 (60301230)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
KeywordsV-ATPase / 回転分子モーター / ATP synthase / クライオ電子顕微鏡 / 単粒子解析 / bioenergetics / ATP合成酵素
Outline of Annual Research Achievements

R4年度では、クライオ電子顕微鏡により、 ATPの加水分解で回転する様子を再現することに成功した (Nature Communications, 2022). この研究成果から、3つある触媒部位で ATPの加水分解過程の1部が別々かつ同時に起こることで中心回転軸が回転し、効率よくATPの加水分解エネルギーを回転力に変換することを明らかにした。しかしながら、ATPがない状態の V/A-ATPase に ATPが結合した場合、1分子のATPだけで回転が起こる必要があり、このような1触媒部位による回転の報告はない。今回、初期状態の V/A-ATPaseが連続的に回転できる状態に至るスターター機構を解明するために、時間分解能スナップショット解析を行った.この結果、1.開いた部位に結合した ATPのみで 120度回転するが、回転前構造の滞留時間が長い。2.開いた部位に加え、閉じた部位にATPが結合した構造は、30秒後には消失していることから、この構造の滞留時間が短く、すなわち、回転前構造の滞留時間が短い。3.V/A-ATPase の全体構造は強固で、ATPが結合して 120度回転が起こることで、次の部位に ATPが結合し、3分子の ATPが結合した定常状態になる。4.V/A-ATPase の構造変化は離散的に起こり、FoF1 で見られた遷移的な開いた構造 (PNAS Nexus, 2022)を経ずに、基底状態から定常状態へ変化する。
これらの結果は、ATPの結合に加えて、結合した ATPの加水分解過程も回転力発生に関与することを示唆する。R5年度では、FoF1ATP合成酵素に関しても同様のクライオスナップショット解析を行い、より細かいステップを経て回転することを明らかにした (Nature Communications, 2023)

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (9 results)

All 2023 2022

All Journal Article (4 results) (of which Open Access: 3 results) Presentation (4 results) (of which Invited: 2 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Cryo-EM analysis of V/A-ATPase intermediates reveals the transition of the ground-state structure to steady-state structures by sequential ATP binding2023

    • Author(s)
      Nakanishi Atsuko、Kishikawa Jun-ichi、Mitsuoka Kaoru、Yokoyama Ken
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 299 Pages: 102884~102884

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2023.102884

  • [Journal Article] Mechanism of ATP hydrolysis dependent rotation of bacterial ATP synthase2023

    • Author(s)
      Nakano Atsuki、Kishikawa Jun-ichi、Mitsuoka Kaoru、Yokoyama Ken
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 14 Pages: -

    • DOI

      10.1038/s41467-023-39742-5

    • Open Access
  • [Journal Article] Rotary mechanism of V/A-ATPases?how is ATP hydrolysis converted into a mechanical step rotation in rotary ATPases?2023

    • Author(s)
      Yokoyama Ken
    • Journal Title

      Frontiers in Molecular Biosciences

      Volume: 10 Pages: -

    • DOI

      10.3389/fmolb.2023.1176114

    • Open Access
  • [Journal Article] Structural basis of unisite catalysis of bacterial F0F1-ATPase2022

    • Author(s)
      Nakano Atsuki、Kishikawa Jun-ichi、Nakanishi Atsuko、Mitsuoka Kaoru、Yokoyama Ken
    • Journal Title

      PNAS Nexus

      Volume: 1 Pages: -

    • DOI

      10.1093/pnasnexus/pgac116

    • Open Access
  • [Presentation] クライオ電子顕微鏡によるプロトン駆動力下でのATP合成酵素の構造解析2023

    • Author(s)
      中野敦樹
    • Organizer
      第49回日本生体エネルギー研究会討論会
  • [Presentation] FoF1-ATPaseの非触媒部位の機能2023

    • Author(s)
      小林廉、中野敦樹、横山謙
    • Organizer
      第61回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Molecular mechanism of rotary ATP synthases revealed by Cryo-snapshot2023

    • Author(s)
      横山 謙
    • Organizer
      Tokyo ATPase miniworkshop  東京大学 本郷キャンパス
    • Invited
  • [Presentation] ATP合成酵素の残された謎2023

    • Author(s)
      横山 謙
    • Organizer
      第49回日本生体エネルギー研究会討論会
    • Invited
  • [Book] タンパク質の構造解析手法と In silico スクリーニングへの応用事例2023

    • Author(s)
      横山 謙、岸川淳一
    • Total Pages
      10
    • Publisher
      (株)技術情報協会

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Published: 2024-12-25  

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