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2021 Fiscal Year Annual Research Report

RNA-based Synthetic Life Systems

Research Project

Project/Area Number 20H05626
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

齊藤 博英  京都大学, iPS細胞研究所, 教授 (20423014)

Project Period (FY) 2020-07-30 – 2025-03-31
KeywordsRNA / RNA-Protein相互作用 / 人工オルガネラ / 人工細胞 / 生命の起源
Outline of Annual Research Achievements

RNAを基盤とする生命システムが細胞の機能制御に果たす役割の多くは未知のままである。またRNAやRNA-Protein (RNP)相互作用は、生命の進化の過程で本質的な役割を果たしたと考えられるが、それらがいかに細胞や生命のシステムを形成するに至ったのか、その構築原理の解明には至っていない。本研究では、(1)細胞機能を制御するRNP相互作用ネットワークを包括的に同定するとともに、(2)RNPによる細胞内構造物の作動原理を解明し、細胞内で機能する人工RNPを構築する。また、得られた知見を生かして、(3)哺乳類細胞や個体で作用する人工のRNA・RNPシステムを開発する。同時に、(4)生命システムの創発原理の解明を目指し、人工RNA細胞モデルの創出に挑む。
本年度は主に、(3)人工のRNA・RNPシステムの基盤技術の開発に取り組み、マイクロRNA(miRNA)に応答して遺伝子発現を活性化させる合成mRNA(miRNA応答ONスイッチ)を開発することに成功した。このシステムはmiRNAを発現している細胞でだけ遺伝子を発現させることができる。これにより、iPS細胞やiPS細胞から分化した心筋細胞の高効率での純化が可能となった。加えて、光やタンパク質に応答して遺伝子発現を活性化させる仕組みも開発した。今後、これらの様々な翻訳制御システムの実装による、機能性人工細胞の構築に挑戦する。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本年度は主に、(3)人工のRNA・RNPシステムの基盤技術の開発に取り組みんだ。その結果、マイクロRNA(miRNA)に応答して遺伝子発現を活性化させる合成mRNA(miRNA応答ONスイッチ)を開発した。このシステムはmiRNAを発現している細胞でだけ遺伝子を発現させることができる新規なシステムである。さらに、光やタンパク質に応答して遺伝子発現を活性化させる仕組みも開発した。このように、今後の機能性人工細胞の構築において有用なツールとなりうる基盤技術の開発に成功した。また、(2)RNPによる細胞内構造物の構築においても、細胞内における人工RNP顆粒の形成を示唆するデータなどが得られていることから、おおむね順調に進展していると判断した。

Strategy for Future Research Activity

【RNP構築原理の理解に基づく人工オルガネラの設計と構築】
細胞内における人工RNP顆粒の形成を示唆するデータが得られため、より詳細な解析を行い、人工的にデザインしたRNAおよびRNA結合タンパク質を使った顆粒の形成原理の詳細についての理解を得る。
【医療応用に資する機能性人工RNA/RNPシステム・細胞の開発】
これまでに構築したmiRNA応答スイッチを中心とした人工mRNA技術を統合し、RNAを基盤とする人工遺伝子回路の構築と細胞制御技術を開発する。また、マウス個体への適用を進める。
【生命進化における人工RNA/RNP 細胞モデルの創成】
RNAからなる小胞構造の形成について解析を行い、RNA細胞モデルの設計原理の確立を目指す。

  • Research Products

    (41 results)

All 2022 2021 Other

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 2 results) Presentation (27 results) (of which Int'l Joint Research: 9 results,  Invited: 14 results) Remarks (2 results) Patent(Industrial Property Rights) (4 results)

  • [Journal Article] A versatile and robust cell purification system with an RNA-only circuit composed of microRNA-responsive ON and OFF switches2022

    • Author(s)
      Fujita Yoshihiko、Hirosawa Moe、Hayashi Karin、Hatani Takeshi、Yoshida Yoshinori、Yamamoto Takuya、Saito Hirohide
    • Journal Title

      Science Advances

      Volume: 8 Pages: eabj1793

    • DOI

      10.1126/sciadv.abj1793

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Versatile Design of Intracellular Protein-Responsive Translational Regulation System for Synthetic mRNA2022

    • Author(s)
      Nakanishi Hideyuki、Saito Hirohide、Itaka Keiji
    • Journal Title

      ACS Synthetic Biology

      Volume: 11 Pages: 1077~1085

    • DOI

      10.1021/acssynbio.1c00567

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Synthetic RNA-based post-transcriptional expression control methods and genetic circuits2022

    • Author(s)
      Pardi Malvin L.、Wu Juanqi、Kawasaki Shunsuke、Saito Hirohide
    • Journal Title

      Advanced Drug Delivery Reviews

      Volume: 184 Pages: 114196~114196

    • DOI

      10.1016/j.addr.2022.114196

  • [Journal Article] Light-controllable RNA-protein devices for translational regulation of synthetic mRNAs in mammalian cells2021

    • Author(s)
      Nakanishi Hideyuki、Yoshii Tatsuyuki、Kawasaki Shunsuke、Hayashi Karin、Tsutsui Keita、Oki Choji、Tsukiji Shinya、Saito Hirohide
    • Journal Title

      Cell Chemical Biology

      Volume: 28 Pages: 662~674.e5

    • DOI

      10.1016/j.chembiol.2021.01.002

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Fluid flow-induced left-right asymmetric decay of Dand5 mRNA in the mouse embryo requires a Bicc1-Ccr4 RNA degradation complex2021

    • Author(s)
      Minegishi Katsura、Roth? Benjamin、Komatsu Kaoru R.、Ono Hiroki、Ikawa Yayoi、Nishimura Hiromi、Katoh Takanobu A.、Kajikawa Eriko、Sai Xiaorei、Miyashita Emi、Takaoka Katsuyoshi、Bando Kana、Kiyonari Hiroshi、Yamamoto Tadashi、Saito Hirohide、Constam Daniel B.、Hamada Hiroshi
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 12 Pages: 4071

    • DOI

      10.1038/s41467-021-24295-2

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 人工RNA システム2021

    • Author(s)
      川﨑俊輔、齊藤博英
    • Journal Title

      高分子

      Volume: 70 Pages: 553-555

  • [Journal Article] Purification of Specific Cell Populations Differentiated from Stem Cells Using MicroRNA-Responsive Synthetic Messenger RNAs2021

    • Author(s)
      Nakanishi Hideyuki、Saito Hirohide
    • Journal Title

      Methods in Molecular Biology

      Volume: 2312 Pages: 73~86

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-1441-9_5

  • [Journal Article] Isolation of Cardiomyocytes Derived from Human Pluripotent Stem Cells Using miRNA Switches2021

    • Author(s)
      Miki Kenji、Saito Hirohide、Yoshida Yoshinori
    • Journal Title

      Methods in Molecular Biology

      Volume: 2320 Pages: 35~51

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-1484-6_5

  • [Presentation] RNA テクノロジーの医療応用:細胞の選別とプログラミング2022

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      JST-CRDS 科学技術未来戦略ワ ークショップ
    • Invited
  • [Presentation] RNA を基盤とした新型コロナウイルス感染モデルの構築2022

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      第21 回日本再生医療学会総会
    • Invited
  • [Presentation] RNA and RNP synthetic biology to expand the possibility of synthetic living systems2022

    • Author(s)
      Hirohide Saito
    • Organizer
      JST アジア・太 平洋総合研究センター・日本―オーストラリア合成生物学ワークショップ
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] スイッチ型人工mRNA による細胞運命制御2022

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      公益社団法人新化学技術推進協会・ライフサイエ ンス技術部会反応分科会勉強会
    • Invited
  • [Presentation] Molecular design of RNP networks for self-organized reaction fields2022

    • Author(s)
      安海一優、大野博久、齊藤博英、野村M.慎一郎
    • Organizer
      International workshop on molecular cybernetics: toward chemical AI
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Motif-MaP detects RNA higher-order structures by mutational profiling using target-binding small molecules2022

    • Author(s)
      Emi Miyashita, Kazumitsu Onizuka, Yutong Chen, Shunnichi Kashida, Fumi Nagatsugi, Hirohide Saito, Kaoru R. Komatsu
    • Organizer
      RNA フロンティアミーティング2021
  • [Presentation] Programmable synthetic circular mRNA devices that ebnable superior stability and gene expression persistence2022

    • Author(s)
      Shigetoshi Kameda, Hirohisa Ohno, Hirohide Saito
    • Organizer
      CiRA 2022 International Symposium
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] An Expanded Library of Translational Regulators for Synthetic Gene Circuits in Mammalian Cells2022

    • Author(s)
      Hiroki Ono, Shunsuke Kawasaki, Moe Hirosawa, Hirohide Saito
    • Organizer
      CiRA 2022 International Symposium
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Synthetic RNA Technologies for mammalian synthetic biology and drug discovery2021

    • Author(s)
      Hirohide Saito
    • Organizer
      The 2021 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] RNA を基盤とする合成生命システムの創成2021

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      慶應義塾大学先端生命科学研究所 2021 先端研究 セミナー
    • Invited
  • [Presentation] Synthetic RNA switch technologies: Possible applications as mRNA drugs2021

    • Author(s)
      Hirohide Saito
    • Organizer
      ISRNN 3rd Conference on Biomotors, Virus Assembly, and RNA Nanobiotechnology
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Synthetic RNA technologies to control cell fate2021

    • Author(s)
      Hirohide Saito
    • Organizer
      Centre for Stem Cells and Regenerative Medicine, King’s College London, KCL CSCRM Seminar Series
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] A versatile cell purification system with RNA -only circuit composed of microRNA ON and OFF switches2021

    • Author(s)
      Hirohide Saito
    • Organizer
      Malaysian Society for Stem Cell Research and Therapy, 2nd MSCRT Stem Cell Symposium
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] RNA テクノロジーによる細胞の運命制御2021

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      さきがけ第10 回懇話会
    • Invited
  • [Presentation] Programmable mammalian translational modulators using synthetic RNA and RNA switches2021

    • Author(s)
      Hirohide Saito
    • Organizer
      第94 回 日本生化学会大会,
    • Invited
  • [Presentation] 国際研究で加速する次世代RNA テクノロジー2021

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      BioJapan2021/AMED スポンサーセミナー
    • Invited
  • [Presentation] iPS 細胞と RNA が拓く未来の医療2021

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      NPO 法人岸和田健老大学 市民公開講座
    • Invited
  • [Presentation] RNA 構造ライブラリ作成技術を活用した機能性RNA モチーフの発見と細胞制御2021

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      特定非営利 活動法人 mRNA ターゲット創薬研究機構セミナー
    • Invited
  • [Presentation] An Expanded Library of Translational Regulators for Synthetic Gene Circuits in Mammalian Cells2021

    • Author(s)
      Hiroki Ono, Shunsuke Kawasaki, Moe Hirosawa, Hirohide Saito
    • Organizer
      The 2021 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 人工RNA を基盤としたmiRNA 活性の大規模解析手法2021

    • Author(s)
      小武健二郎、藤田祥彦、齊藤博英
    • Organizer
      日本分子生物 学会年会
  • [Presentation] 遺伝子発現の高持続性と生体分子応答性を併せ持つ人工環状mRNA の開 発2021

    • Author(s)
      亀田重賢、大野博久、齊藤博英
    • Organizer
      日本分子生物 学会年会
  • [Presentation] 哺乳類細胞内で機能するRNA を用いた新規分子検出プラットフォーム2021

    • Author(s)
      川﨑俊輔、桑原傑、齊藤博英
    • Organizer
      日本分子生物 学会年会
  • [Presentation] Development of design and control techniques of RNP molecular assemblies for bottom-up construction of molecular networks2021

    • Author(s)
      安海一優、大野博久、齊藤博英、野村M.慎一郎
    • Organizer
      第59 回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Molecular Design and Evaluation of RNA-Protein Networks Growing up to μm Scale2021

    • Author(s)
      安海一優、大野博久、齊藤博英、野村M.慎一郎
    • Organizer
      「細胞を創る」研究会 14.0
  • [Presentation] Motif-MaP detects RNA higher-order structures by mutational profiling using target-binding small molecules2021

    • Author(s)
      Emi Miyashita, Kazumitsu Onizuka, Yutong Chen, Shunnichi Kashida, Fumi Nagatsugi, Hirohide Saito, Kaoru R. Komatsu
    • Organizer
      第22 回日本RNA 学会年会
  • [Presentation] Programmable synthetic circular mRNA devices that can improve stability and gene expression persistence2021

    • Author(s)
      Shigetoshi Kameda, Hirohisa Ohno, Hirohide Saito
    • Organizer
      第22 回日本RNA 学会年会
  • [Presentation] Cell-type-specific CRISPR activation with miRNA-responsive AcrllA4 switch2021

    • Author(s)
      弘澤萌、藤田祥彦、齊藤博英
    • Organizer
      日本ゲノム編集学会 第6 回大会
  • [Remarks] 2つの合成mRNAスイッチを活用した純度の高い細胞選別システムの開発

    • URL

      https://www.cira.kyoto-u.ac.jp/j/pressrelease/news/220106-040000.html

  • [Remarks] 体の左右非対称性はmRNAの分解から始まる

    • URL

      https://www.cira.kyoto-u.ac.jp/j/pressrelease/news/210730-100000.html

  • [Patent(Industrial Property Rights)] SARS-CoV-2 由来ポリヌクレオチド及びその使用2022

    • Inventor(s)
      齊藤博英、朝長啓造、高山和雄、牧野晶子、橋本里菜、小野紘貴
    • Industrial Property Rights Holder
      齊藤博英、朝長啓造、高山和雄、牧野晶子、橋本里菜、小野紘貴
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      2022-011911
  • [Patent(Industrial Property Rights)] RNA分子2021

    • Inventor(s)
      齊藤博英、川﨑俊輔、桑原傑
    • Industrial Property Rights Holder
      齊藤博英、川﨑俊輔、桑原傑
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      2021-194197
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 細胞純化方法2021

    • Inventor(s)
      齊藤博英、藤田祥彦、弘澤萌、正木魁人
    • Industrial Property Rights Holder
      齊藤博英、藤田祥彦、弘澤萌、正木魁人
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      2021-177971
  • [Patent(Industrial Property Rights)] タンパク質の翻訳制御システム2021

    • Inventor(s)
      齊藤博英、中西秀之、位高啓史
    • Industrial Property Rights Holder
      齊藤博英、中西秀之、位高啓史
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      2021-139141

URL: 

Published: 2023-12-25  

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