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2022 Fiscal Year Annual Research Report

分子混雑環境下におけるクリスタリンの構造解析

Research Project

Project/Area Number 20K06579
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

井上 倫太郎  京都大学, 複合原子力科学研究所, 准教授 (80563840)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 杉山 正明  京都大学, 複合原子力科学研究所, 教授 (10253395)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Keywords中性子散乱 / クリスタリン
Outline of Annual Research Achievements

前年度においては、細胞中の生体高分子のタンパク質濃度 (>100 mg/mL)に匹敵する部分重水素化 (72%重水素化)アルファクリスタリンの調製に成功した。この調製したアルファクリスタリンは、100%重水中でほぼ散乱的に不可視化できる特徴を有する。そこで、100 mg/mL72%部分重水素化アルファクリスタリンに最終濃度が1.9mg/mLになるように軽水素化アルファクリスタリンを混合した系(以降、濃厚系)を調整した。その濃厚系に対して37度にて時分割小角中性子散乱(TR-SANS)測定を行い、サブユニット交換の有無を確認した。時間経過に伴い前方散乱強度の低下が確認されてことから、この濃厚系に対してもサブユニット交換が存在することを実験的に確認することができた。更に、この交換速度を過去に調べた希薄系及び準濃厚系と比較すると濃厚系の方が交換速度が低下していることが確認された。希薄系及び準濃厚系におけるアルファクリスタリンのサブユニット交換はアルファクリスタリンの会合体からの単量体の解離及び再結合を素過程としたモデル(monomer-association-dissociation model)により説明することができたので、一つのアプローチとして同様のモデルで解析したところ濃厚系のサブユニット交換もうまく説明することができた。特に、会合体からの単量体の解離の速度を低下することで実験結果を再現することができた。この濃厚系における交換速度の低下が機能に影響を及ぼしていると示唆される。

  • Research Products

    (9 results)

All 2022 Other

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 3 results) Presentation (3 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Tracking the Structural Development of Amyloid Precursors in the Insulin B Chain and the Inhibition Effect by Fibrinogen2022

    • Author(s)
      Yamamoto Naoki、Inoue Rintaro、Makino Yoshiteru、Sekiguchi Hiroshi、Shibayama Naoya、Naito Akira、Sugiyama Masaaki、Chatani Eri
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 126 Pages: 10797~10812

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.2c05136

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Extracting time series matching a small-angle X-ray scattering profile from trajectories of molecular dynamics simulations2022

    • Author(s)
      Shimizu Masahiro、Okuda Aya、Morishima Ken、Inoue Rintaro、Sato Nobuhiro、Yunoki Yasuhiro、Urade Reiko、Sugiyama Masaaki
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 12 Pages: 9970-1-13

    • DOI

      10.1038/s41598-022-13982-9

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Efficient Multiple Domain Ligation for Proteins Using Asparaginyl Endopeptidase by Selection of Appropriate Ligation Sites Based on Steric Hindrance2022

    • Author(s)
      Okuda Aya、Shimizu Masahiro、Inoue Rintaro、Urade Reiko、Sugiyama Masaaki
    • Journal Title

      Angewandte Chemie International Edition

      Volume: 62 Pages: e202214412-1-6

    • DOI

      10.1002/anie.202214412

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Pathway Dependence of the Formation and Development of Prefibrillar Aggregates in Insulin B Chain2022

    • Author(s)
      Yoshikawa Yuki、Yuzu Keisuke、Yamamoto Naoki、Morishima Ken、Inoue Rintaro、Sugiyama Masaaki、Iwasaki Tetsushi、So Masatomo、Goto Yuji、Tamura Atsuo、Chatani Eri
    • Journal Title

      Molecules

      Volume: 27 Pages: 3964~3964

    • DOI

      10.3390/molecules27133964

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Data Collection for Dilute Protein Solutions via a Neutron Backscattering Spectrometer2022

    • Author(s)
      Tominaga Taiki、Nakagawa Hiroshi、Sahara Masae、Oda Takashi、Inoue Rintaro、Sugiyama Masaaki
    • Journal Title

      Life

      Volume: 12 Pages: 675~675

    • DOI

      10.3390/life12050675

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Dynamics and Structure of Intrinsically Disordered Region of Hef as Studied by Solution Scattering2022

    • Author(s)
      INOUE, Rintaro; ODA, Takashi; NAKAGAWA, Hiroshi; TOMINAGA, Taiki; KAWAKITA, Yukinobu; SATO, Mamoru; SUGIYAMA, Masaak
    • Organizer
      SAS2022
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Integrated Method with Analytical Ultracentrifugation and Small-Angle Scattering (AUC-SAS) for the Structural Analysis of a Biomacromolecule in a Polydisperse Solution.2022

    • Author(s)
      MORISHIMA, Ken; OKUDA, Aya; SATO, Nobuhiro; SHIMIZU, Masahiro; YUNOKI, Yasuhiro; INOUE, Rintaro; URADE, Reiko; SUGIYAMA
    • Organizer
      SAS2022
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 高濃度環境下のα-クリスタリンのサブユニット交換2022

    • Author(s)
      井上倫太郎、杉山正明
    • Organizer
      第22回日本中性子科学会年会
  • [Remarks]

    • URL

      https://www.rri.kyoto-u.ac.jp/PSlab/s-publication.html

URL: 

Published: 2023-12-25  

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