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2022 Fiscal Year Research-status Report

Experimental and theoretical survey of diverse far-red O2-evolving photosynthesis

Research Project

Project/Area Number 20K06684
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

伊藤 繁  名古屋大学, 理学研究科, 名誉教授 (40108634)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 木村 明洋  名古屋大学, 理学研究科, 助教 (20345846)
井原 邦夫  名古屋大学, 遺伝子実験施設, 准教授 (90223297)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2024-03-31
Keywords光合成 / クロロフィル / 励起エネルギー移動 / 励起子理論モデル / 遠赤外光合成 / 蛍光寿命 / 光合成細菌 / シアノバクテリア
Outline of Annual Research Achievements

植物とシアノバクテリアの営む酸素発生型光合成は、クロロフィルa (Chl a)色素の吸収する400-700nmの可視光を使うが、光合成細菌の非酸素発生型光合成ではバクテリオクロロフィル(BChl)が吸収する380-900nmの可視-近赤外(FR)光を使う。可視光よりエネルギーの低い700-800nmの近赤外光でも酸素発生光合成(FR-O2型光合成)が行われる事を我々は報告した (‘98年)。近年、さらに多くの「FR-O2型光合成」をするシアノバクテリアや藻類が 見出され、研究が進展した。
本研究では、Chl aの代わりに、740nm光を利用できるChl dで「FR-O2型光合成」をするシアノバクテリア種アカリオクロリスの光化学系I (PSI)の構造を、解明し論文発表した(2021)。
この反応中心は’98年に我々が初精製し、反応中心Chl d-2量体をP740と命名した。構造情報を使い、理論解析をした。別種のChl fを使いFR-O2型光合成をする反応中心でも理論検討を進めた。Chlf型10種 、Chl d型アカリオ属7株、red-Chl a型南極コケ1種の光反応を実測した。
シアノバクテリアPSI (96Chl aをもつ)と似た構造でBChl-gをもつヘリオバクテリアのI型反応中心の理論解析を行った。超高速励起エネルギー移動過程を計算機内で再現した。クロロフィルを置き換える仮想実験系を作り、in silicoでの進化実験を行った。これは人工光合成系開発にも利用できる。
さらにBChla30と4Chlaを持ち長波長800-840nm光を利用する緑色硫黄細菌の反応中心(GsbRCお)の理論モデルを作成した。この系はFR型反応中心の祖先型に近い。励起エネルギー移動、エネルギー分布変化をしらべた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本研究では、Chl aの代わりに、740nm光を利用できるChl dで「FR-O2型光合成」をするシアノバクテリア種アカリオクロリスの光化学系I (PSI)の構造を、解明し論文発表した。シアノバクテリアPSI (96Chl aをもつ)と似た構造でBChl-gをもつヘリオバクテリアのI型反応中心の理論解析を行った。超高速励起エネルギー移動過程を計算機内で再現した。クロロフィルを置き換える仮想実験系を作り、in silicoでの進化実験を行った。これは人工光合成系開発にも利用できる。緑色硫黄細菌の反応中心(GsbRCお)の理論モデルを作成した、これは当初の計画以上の成果となるであろう。

Strategy for Future Research Activity

さらに、理論家との共同研究を精力的に進め、Chl dを持つアカリオクロリスのPSI、ChlfをChl aに合わせてもつシアノバクテリアPSI, 反応中心以外のChl a会合体を結合してFR光を吸収するPSI、BChlaをもつ緑色硫黄細菌反応中心を対象に理論研究を進める。クロロフィル分子の相互配置・相互作用により生じる励起子状態群のシミュレーション計算と、個別クロロフィルの結合部位毎にタンパク質環境が作り出す部位エネルギー(site energy)値の理論計算をPSI及び、2018年に構造解明されたヘリオバクテリアのI型反応中心(BChl gをもつ)で進めつつある。これを発展させ、光合成反応中心上で,色素の種類、配置を変える際の光捕集やエネルギー移動への影響をin silicoモデル上で理論評価する。生物現象の中でも、物理過程・原理から研究しやすい光合成系は、進化や適応の検討に適したモデルであり、新しい実験理論展開を進めたい。

Causes of Carryover

コロナにより、国際会議、国内会議が、on line参加 となり旅費に余剰がしょうじたが、逐次使用の予定である。また、試料の入手なども困難となった。コロナ規制が弱まり、活動が可能となったので、新たな研究を計画中である。

  • Research Products

    (14 results)

All 2023 2022

All Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 4 results) Presentation (10 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Theoretical model of the far-red-light-adapted photosystem I reaction center of cyanobacterium Acaryochloris marina using chlorophyll d and the effect of chlorophyll exchange2022

    • Author(s)
      Kimura Akihiro、Kitoh-Nishioka Hirotaka、Aota Toshimichi、Hamaguchi Tasuku、Yonekura Koji、 Kawakami Keisuke、Shinzawa-Itoh Kyoko、Inoue-Kashino Natsuko、Ifuku Kentaro、Yamashita Eiki、 Kashino Yasuhiro、Itoh Shigeru
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 126 Pages: 4009~4021

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.2c00869

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Exciton quenching by oxidized chlorophyll Z across the two adjacent monomers in a photosystem II core dimer.2022

    • Author(s)
      Ahmed Mohamed, Shunsuke Nishi, Keisuke Kawakami, Jian-Ren Shen, Shigeru Itoh, Hiroshi Fukumura, Yutaka Shibata
    • Journal Title

      Photosynthesis Research

      Volume: 154 Pages: 277-289

    • DOI

      10.1007/s11120-022-00948-1

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Comparative genomic analysis of the marine cyanobacterium Acaryochloris marina MBIC10699 reveals the impact of phycobiliprotein reacquisition and the diversity of Acaryochloris plasmids2022

    • Author(s)
      Haruki Yamamoto, Kazuma Uesaka, Yuki Tsuzuki, Hisanori Yamakawa, Shigeru Itoh, Yuichi Fujita
    • Journal Title

      Microorganisms

      Volume: 10(7) Pages: 1374

    • DOI

      10.3390/microorganisms10071374

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Effects of light and oxygen on chlorophyll d biosynthesis in a marine cyanobacterium Acaryochloris marina2022

    • Author(s)
      Yuki Tsuzuki, Yusuke Tsukatani, Hisanori Yamakawa Shigeru Itoh, Yuichi Fujita, Haruki Yamamoto
    • Journal Title

      Plants

      Volume: 11(7) Pages: 915

    • DOI

      10.3390/plants11070915

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] I型反応中心の光捕集機構の原理2023

    • Author(s)
      伊藤繁、鬼頭宏任、木村明洋
    • Organizer
      第64回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] ベイズ最適化によるI型反応中心の励起子ハミルトニアンの修正2023

    • Author(s)
      下岡 渉、木村明洋 、鬼頭宏任、伊藤 繁
    • Organizer
      日本物理学会2023年春季大会
  • [Presentation] 新発見の遠赤色光型光化学系Iを用いた光合成光捕集効率向上への計算機実験2023

    • Author(s)
      中村有花、大河内幹仁、伊藤 繁、木村明洋
    • Organizer
      日本物理学会2023年春季大会
  • [Presentation] 緑色硫黄細菌 I 型反応中心の励起状態の理論計算と主要 BChl-a 除去実験2022

    • Author(s)
      伊藤繁、木村明洋、鬼頭宏任、浅井智広、大岡宏造
    • Organizer
      第12回日本光合成学会年会
  • [Presentation] 遠赤色光型反応中心 A. marina PSI の 光捕集におけるクロロフィル d の役 割:クロロフィル a を持つ T. elongatus PSI との比較2022

    • Author(s)
      木村明洋、鬼頭宏任、青田俊道、浜口祐、米倉功治、川上恵典、新沢-伊藤恭子、井上-菓子野名津子、伊福健太郎、菓子野康浩、山下栄樹、伊藤繁
    • Organizer
      第12回日本光合成学会年会
  • [Presentation] 異なる色素種をもつ多様な光化学系I型反応中心上での励起エネルギー移動機構の理論的研究2022

    • Author(s)
      中村有花、下岡渉、鬼頭宏任、伊藤繁、木村明洋
    • Organizer
      量子生命科学会第4回大会
  • [Presentation] Exciton states on the Type-I reaction center of green sulfur bacterium Chlorobaculum tepidum studied by genetic manipulation of bacteriochlorophyll a and the structure-based theoretical modeling2022

    • Author(s)
      Chihiro Azai, Hirozo Oh-oka, Hirotaka Kitoh-Nishioka, Akihiro Kimura, Shigeru Itoh
    • Organizer
      International Congress on Photosynthesis Research 2022
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] ヘリオバクテリア反応中心におけるChl-aFからBChl-gへの励起エネルギー移動速度の理論的解析2022

    • Author(s)
      下岡 渉、木村明洋 、鬼頭宏任、伊藤 繁
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 遠赤色光に適応した光化学系Iの光捕集におけるChlorophyll-fとRed-Chlorophyllの役割に関する理論的研究2022

    • Author(s)
      中村有花、大河内幹仁、伊藤 繁、木村明洋
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 緑色硫黄細菌の最小 I 型反応中心の光捕集機構:遺伝子操作的改変と理論的検討2022

    • Author(s)
      浅井智広、大岡宏造、伊藤繁、鬼頭宏任、木村明洋
    • Organizer
      第64回 日本植物生理学会年会

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Published: 2023-12-25  

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