Prediction of cancer microenvironment using deconvolution analysis

2022 Fiscal Year Final Research Report

• Project/Area Number: 20K09068
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 一般
• Review Section: Basic Section 55020:Digestive surgery-related
• Research Institution: Kanagawa Cancer Center Research Institute
• Principal Investigator: Kasajima Rika 地方独立行政法人神奈川県立病院機構神奈川県立がんセンター(臨床研究所), 臨床研究所がん分子病態学部, 副技官・主任研究員 (20630875)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 井元 清哉 東京大学, 医科学研究所, 教授 (10345027) ; 廣島 幸彦 地方独立行政法人神奈川県立病院機構神奈川県立がんセンター(臨床研究所), 臨床研究所, 医長 (60718021) ; 山口 類 愛知県がんセンター(研究所), システム解析学分野, 分野長 (90380675)
• Project Period (FY): 2020-04-01 – 2023-03-31
• Keywords: Virtual dissectionモデル / がん微小環境 / 膵癌

Outline of Final Research Achievements

We would like to greatly improve the accuracy of cancer genome medicine by combining the genomic information of cancer cells with that of the microenvironment surrounding cancer cells. In this study, we tried to construct a novel virtual deconvolution model to mathematically separate and analyze RNA-seq data using bulk pancreatic cancer tissues and organoids into each cell group based on the signature matrix obtained by single cell analysis of pancreatic cancer tissue samples from organoids and surgical specimens. We also extracted cancer-stromal interactions from the network analysis to try to realize next-generation cancer genome medicine targeting both cancer cells and microenvironment.

Free Research Field

分子腫瘍学

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

近年、ゲノム情報を利用したがんと間質細胞間の相互作用解析（インタラクトーム解析）に関する報告が次々となされ始め、がんと微小環境の両方を標的とする治療法の探索が試みられている。がん細胞と微小環境、両方のゲノム情報を加味したがんゲノム医療を臨床現場で実現可能かどうかを検討することによって、がんゲノム医療が高精度化されると共に、大規模臨床試験段階でFailureした既存の候補薬剤の有効なPopulationを同定することが可能となり、より精緻な治療法をより多くのがん患者に届けることができるようになると考えられる。