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2021 Fiscal Year Annual Research Report

Formation and function of nucleolus depending on rRNA G-quadruplexes

Research Project

Project/Area Number 20K21259
Research InstitutionKonan University

Principal Investigator

三好 大輔  甲南大学, フロンティアサイエンス学部, 教授 (50388758)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 川内 敬子  甲南大学, フロンティアサイエンス学部, 准教授 (40434138)
Project Period (FY) 2020-07-30 – 2022-03-31
Keywords液液相分離 / 核酸 / リボソーム / 核小体 / 四重らせん構造 / ストレス顆粒
Outline of Annual Research Achievements

外部ストレスへの対処は細胞の機能保持に必須である。核内では、核小体がストレス応用粒子として中心的な役割を果たす。リボソーマルRNA(rRNA)とRNA結合タンパク質を主要素とする核小体は、ストレス下でリボソームの生産を抑制する。核小体をはじめとするストレス応答顆粒の特徴は、分子環境に依存した顆粒形成とその解離という可逆性にある。興味深いことに、rDNAとその転写産物であるrRNAは、分子環境応答性を特徴とする四重らせん構造(G4)を形成することが可能なグアニンに富んだ鎖を極めて多く含んでいる。そこで本研究では、核小体に含まれるrDNA/rRNAが形成するG4に着目し、核小体におけるG4の役割を解明し、その合目的的制御方法を構築することを目的とした。
核小体は、rDNAを含むFC領域、その周囲を囲むGC領域、とさらに外側のDFC領域からなる。G4を可視化して検討したところ、核小体の最中心部分(FC領域)にG4が存在した。この結果と、転写抑制時の結果から、このG4はrDNAが形成しているものであることが示された。
次に、ストレス応答におけるG4の役割を検討した。その結果、遺伝子損傷や遺伝子発現抑制などのストレスによって、G4を核とするFC領域どうしが融合し、核小体の辺縁部分に移行し、新しいドロップレット(核小体キャップ)を形成することが示された。rDNAのG4を不安定化する化合物を開発し、この核小体の挙動を検討したところ、核小体のストレス応答(核小体キャップの形成)において、G4が重要な役割を果たしていることが示された。
また、SARS CoV-2の感染に必須である膜タンパク質の発現をG4が制御していることを見出した。このように本研究では、当初の目的を達成し、さらに計画以上の成果を上げることができた。

  • Research Products

    (38 results)

All 2022 2021 Other

All Journal Article (6 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 1 results) Presentation (29 results) (of which Int'l Joint Research: 7 results,  Invited: 7 results) Book (1 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Intramolecular G-quadruplex-hairpin loop structure competition of a GC-rich exon region in the <i>TMPRSS2</i> gene2022

    • Author(s)
      Sugimoto Wataru、Kinoshita Natsuki、Nakata Minori、Ohyama Tatsuya、Tateishi-Karimata Hisae、Nishikata Takahito、Sugimoto Naoki、Miyoshi Daisuke、Kawauchi Keiko
    • Journal Title

      Chemical Communications

      Volume: 58 Pages: 48-51

    • DOI

      10.1039/D1CC05523B

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Significant structural change in human c-Myc promoter G-quadruplex upon peptide binding in potassium2022

    • Author(s)
      Nikita Kundu, Taniya Sharma, Sarvpreet Kaur, Mamta Singh, Vinit Kumar, Uttam Sharma, Aklank Jain, Jadala Shankaraswamy, Daisuke Miyoshi, Sarika Saxena
    • Journal Title

      RSC Adv.

      Volume: 12 Pages: 7594-7604

    • DOI

      10.1039/D2RA00535B

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Combined Effects of Methylated Cytosine and Molecular Crowding on the Thermodynamic Stability of DNA Duplexes2021

    • Author(s)
      Mitsuki Tsuruta, Yui Sugitani, Naoki Sugimoto, Daisuke Miyoshi
    • Journal Title

      Int. J. Mol. Sci.

      Volume: 22 Pages: 947

    • DOI

      10.3390/ijms22020947

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] がん関連RNAを破壊する分子標的型光線力学療法2021

    • Author(s)
      杉本 渉・橋本 佳樹・川内 敬子・三好 大輔
    • Journal Title

      BIO Clinica

      Volume: 36 Pages: 65-67

  • [Journal Article] Detection of Intracellular Reactive Oxidative Species Using the Fluorescent Probe Hydroxyphenyl Fluorescein2021

    • Author(s)
      Sugimoto Wataru、Miyoshi Daisuke、Kawauchi Keiko
    • Journal Title

      Methods Mol Biol (Live Cell Imaging)

      Volume: 2274 Pages: 207215

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-1258-3_18

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 核酸の化学修飾と構造や相分離能の相関2021

    • Author(s)
      鶴田 充生・取井 猛流・杉本 渉・川内 敬子・三好 大輔
    • Journal Title

      月刊「細胞」

      Volume: 53 Pages: 910-913

  • [Presentation] グアニン四重らせん構造選択的な化合物スクリーニングおよび化合物の開発2022

    • Author(s)
      橋本佳樹・取井 猛流・藤田ひな・川内 敬子・三好 大輔
    • Organizer
      先端モデル動物支援プラットフォーム成果発表会
  • [Presentation] オリゴ核酸とオリゴペプチドによる液液相分離現象の制御2022

    • Author(s)
      鶴田 充生・取井 猛流・小畠 一起・川内 敬子・三好 大輔
    • Organizer
      先端モデル動物支援プラットフォーム成果発表会
  • [Presentation] グアニン四重らせん構造のフォールディング機構の速度論的解析2022

    • Author(s)
      中田 実紀、三好 大輔
    • Organizer
      日本化学会第102春季年会2022
  • [Presentation] 生物学的液液相分離現象に対するジオール類の阻害メカニズムの解明2022

    • Author(s)
      高宮 渚、鶴田 充生、川内 敬子、三好 大輔
    • Organizer
      日本化学会第102春季年会2022
  • [Presentation] グアニン四重らせん構造選択的化合物の開発に向けたスクリーニングシステムの構築2022

    • Author(s)
      橋本 佳樹、取井 猛流、藤田 ひな、川内 敬子、三好 大輔
    • Organizer
      日本化学会第102春季年会2022
  • [Presentation] G4形成がん関連mRNAの液液相分離現象2022

    • Author(s)
      小路 諭、赤松 由御、鶴田 充生、川内 敬子、三好 大輔
    • Organizer
      日本化学会第102春季年会2022
  • [Presentation] 核酸二次構造を標的としたドロップレットの分解2022

    • Author(s)
      鶴田 充生、取井 猛流、小畠 一起、川内 敬子、建石 寿枝、杉本 直己、三好 大輔
    • Organizer
      日本化学会第102春季年会2022
  • [Presentation] DNA高次構造によるTMPRESS2遺伝子の発現制御2021

    • Author(s)
      木下菜月、中田実紀、杉本渉、建石寿枝、杉本直己、川内敬子、三好大輔
    • Organizer
      超異分野学会 大阪大会2021
  • [Presentation] Phase separation of G-quadruplex nucleic acids and arginine-rich peptides2021

    • Author(s)
      Daisuke Miyoshi
    • Organizer
      European Materials Reasearch Society Spring Meeting 2021
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Liquid-liquid phase separation of nucleic acids depending on their structure2021

    • Author(s)
      Daisuke Miyoshi
    • Organizer
      The 8th Japan-China Symposium on Nanomedicine
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 細胞内環境における核酸の四重らせん構造2021

    • Author(s)
      三好大輔
    • Organizer
      第47回生体分子科学討論会
    • Invited
  • [Presentation] 細胞内核酸環境を模倣したグアニン四重らせん構造標的分子の新規スクリーニングシステム構築2021

    • Author(s)
      橋本佳樹、三好大輔
    • Organizer
      日本ケミカルバイオロジー学会 第15回年会
  • [Presentation] オリゴ核酸を用いた神経変性疾患関連の液液相分離現象の制御2021

    • Author(s)
      鶴田充生、小畠一起、取井猛流、川内敬子、三好大輔
    • Organizer
      日本核酸医薬学会第6回年会,
  • [Presentation] A novel G-quadruplex-selective ligand screening system in the presence of excess DNA duplex2021

    • Author(s)
      Nagisa Takamiya, Mituki Tsuruta,Yoshiki Hashimoto Keiko Kawauchi, Daisuke Miyoshi
    • Organizer
      日本核酸化学会若手フォーラム2021
  • [Presentation] The role of G-quadruplex derived from ribosomal DNA in Liquid Liquid Phase Separation2021

    • Author(s)
      取井猛流、杉本渉、建石寿枝、西方敬人、村嶋貴之、杉本直己、三好大輔、川内敬子
    • Organizer
      日本核酸化学会若手フォーラム2021
  • [Presentation] Droplet disassembly by G-quadruplex breakdown2021

    • Author(s)
      Mitsuki Tsuruta, Takeru Torii, Kazuki Kohata, Keiko Kawauchi, Daisuke Miyoshi
    • Organizer
      日本核酸化学会若手フォーラム2021
  • [Presentation] 核酸の非標準構造の水和と相分離2021

    • Author(s)
      三好大輔
    • Organizer
      第70回高分子討論会
    • Invited
  • [Presentation] リボソームDNAに由来するG-quadruplexは核小体でLLPSを誘起する2021

    • Author(s)
      取井猛流、杉本渉、建石寿枝、村嶋貴之、西方敬人、杉本直己、三好大輔、川内敬子
    • Organizer
      2021年度文部科学省新学術領域研究 先端モデル動物支援プラットフォーム 若手支援技術講習会
  • [Presentation] 核酸の液液相分離現象に及ぼすエピジェネティック修飾効果の検討2021

    • Author(s)
      鶴田 充生、三好 大輔
    • Organizer
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
  • [Presentation] RNAG4を標的とした小分子によるLLPSの制御2021

    • Author(s)
      高宮 渚・鶴田 充生・橋本 佳樹・川内 敬子・三好 大輔
    • Organizer
      第11回CSJ化学フェスタ(2021)
  • [Presentation] G4形成がん関連mRNAの液液相分離現象2021

    • Author(s)
      小路 諭・鶴田 充生・川内 敬子・三好 大輔
    • Organizer
      第11回CSJ化学フェスタ(2021)
  • [Presentation] Structural alterations in ribosomal DNA under nucleolar stress2021

    • Author(s)
      Keiko Kawauchi, Takeru Torii, Hisae Karimata Tateishi, Naoki Sugimoto, Takahito Nishikata, Daisuke Miyoshi
    • Organizer
      第44回分子生物学会年会
    • Invited
  • [Presentation] G-quadruplex on ribosomal DNA form the aggregation in nucleolus2021

    • Author(s)
      取井猛流、杉本渉、建石寿枝、鶴田充生、月生雅也、村嶋貴之、西方敬人、杉本直己、三好大輔、川内敬子
    • Organizer
      第44回分子生物学会年会
  • [Presentation] Analysis of liquid-liquid phase separation phenomenon by interaction between rDNA-derived DNA G4 and RGG peptide2021

    • Author(s)
      生雅也、取井猛流、建石寿枝、西方敬人、杉本直己、三好大輔、川内敬子
    • Organizer
      第44回分子生物学会年会
  • [Presentation] Hydration and Phase Separation of Nucleic Acids Depending on Their Structure2021

    • Author(s)
      Daisuke Miyoshi, Mitsuki Tsuruta, Takeru Torii, Nagisa Takamiya, Satoru Shoji, Keiko Kawauchi
    • Organizer
      Material Research Meeting 2021
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Liquid-liquid phase separation of RNA G-quadruplex promoted by RGG peptide2021

    • Author(s)
      Mitsuki Tsuruta; Kazuki Kohata; Takeru Torii; wataru sugimoto; Keiko Kawauchi; Daisuke Miyoshi
    • Organizer
      Pacifichem2021
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Development of a novel G4 ligand screening system with G4-specific fluorescent probe2021

    • Author(s)
      Yoshiki Hashimoto; Yoshiki Imagawa; Nagisa Takamiya; Keiko Kawauchi; Naoki Sugimoto; Daisuke Miyoshi
    • Organizer
      Pacifichem2021
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Novel strategy of cancer treatment targeting RAS mRNA2021

    • Author(s)
      Keiko Kawauchi
    • Organizer
      Seminar in University of Melbourne - Department of Biochemistry and Pharmacology
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Liquid-liquid phase separation of G-quadruplexes derived from neurodegenerative disease RNAs2021

    • Author(s)
      Daisuke Miyoshi; Mitsuki Tsuruta; Kazuki Kohata; wataru sugimoto; Takeru Torii; Dr Hisae Tateishi-Karimata; Naoki Sugimoto; Keiko Kawauchi
    • Organizer
      Pacifichem2021
    • Int'l Joint Research
  • [Book] CSJカレントレビュー 生体分子と疾患2021

    • Author(s)
      三好大輔, 杉本直己
    • Total Pages
      208
    • Publisher
      化学同人
    • ISBN
      9784759813999
  • [Remarks] 甲南大学フロンティアサイエンス学部分子設計化学研究室(三好研究室)

    • URL

      https://www.konan-u.ac.jp/hp/FIRST_Miyoshi-lab/

  • [Remarks] 甲南大学教員データベース

    • URL

      https://researchers.adm.konan-u.ac.jp/html/91_ja.html

URL: 

Published: 2022-12-28  

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