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2012 Fiscal Year Annual Research Report

放射線によるクラスターDNA損傷の構造と難修復特性の研究

Research Project

Project/Area Number 21310041
Research InstitutionJapan Atomic Energy Agency

Principal Investigator

横谷 明徳  独立行政法人日本原子力研究開発機構, 先端基礎研究センター, 研究主席 (10354987)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 藤井 健太郎  独立行政法人日本原子力研究開発機構, 先端基礎研究センター, 研究副主幹 (00360404)
鹿園 直哉  独立行政法人日本原子力研究開発機構, 量子ビーム応用研究部門, 研究主幹 (10354961)
渡辺 立子  独立行政法人日本原子力研究開発機構, 原子力基礎工学研究部門, 研究副主幹 (10360439)
野口 実穂  独立行政法人日本原子力研究開発機構, 先端基礎研究センター, 研究員 (40455283)
樋口 真理子  独立行政法人日本原子力研究開発機構, 原子力基礎工学研究部門, 任期付研究員 (90370460)
岡 壽崇  大阪大学, 産業科学研究所, 特任助教 (70339745)
山下 真一  独立行政法人日本原子力研究開発機構, 量子ビーム応用研究部門, 博士研究員 (20511489)
Project Period (FY) 2009-04-01 – 2014-03-31
KeywordsクラスターDNA損傷 / 塩基損傷 / APサイト / 電子常磁性共鳴装置 / 不対電子種 / トラック構造 / モンテカルロシミュレーション / 突然変異
Research Abstract

大型放射光施設(SPring-8)に設置された照射装置を用いて、酸素K殻イオン化エネルギーの軟X線をプラスミドDNAに照射し、DNAの分子鎖切断、塩基損傷、APサイト及びこれらを含むクラスター損傷を定量した。その結果、当初の予想に反し、大きな吸収断面積ではあるが酸素のK殻共鳴励起エネルギーでは、各種の損傷の収率が逆に小さくなることを見出した。この成果は、2013年8月につくばで開催される国際会議(LPBMS2013)で発表する予定である。さらにSPring-8に設置された電子常磁性共鳴(EPR)装置を用い、DNA分子薄膜を試料として損傷に至る反応中間体である不対電子種の生成の軟X線エネルギー依存性を詳細に調べた。その結果、イオン化閾値の近傍では不対電子種の異常な増感が見られ、理論的な解析によりPCI(衝突後相互作用)による光電子の再捕獲が生じている可能性を示すことができた。この成果はPhys.Rev.Lett.誌に掲載され、また原子力機構からプレス発表を行った。
一方、重イオンビームイオンビームの飛跡構造とこれをDNA試料に照射した時の線量分布構造をコンピュータシミュレーションするためのモンテカルロ計算コードの開発を進め、ガンの治療で用いられているC(6+)イオンビームを照射した実験結果と比較した。実験は、C(6+)イオンビームをDNAに対して照射した後、3種類の塩基除去修復酵素(Nth、Fpg及びNfo)のその活性を測定した。実験結果については、Radiat.Environ.Biophys誌に発表した。さらにシミュレーション解析結果についても、論文投稿の準備を行っている。
大腸菌に導入したクラスターDNA損傷を起点とする突然変異誘発の頻度を調べたところ、DNAポリメレースIがt突然変異の抑制に大きな役割を果たしていることを突き止めた。(Mutat.Res.誌に投稿中)

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

本科研費テーマを構成する全てのサブテーマのほとんどにおいて、その成果を論文として発表、あるいは論文投稿中である。特にSPring-8の電子常磁性共鳴(EPR)装置を用いて、非常に寿命の短いDNA損傷前駆体である不対電子種の収率の軟X線エネルギー依存性を研究した成果は、「特定エネルギーで生じる新しいDNA損傷機構を発見-放射線によるDNA損傷の解明に向けて-」というタイトルでプレス発表されたことは特記される。

Strategy for Future Research Activity

本科研費のテーマにより最近開発したDNA変性を利用する新しい手法を用いて、多重1本鎖切断型のクラスターDNA損傷(2本鎖切断にはならないがDNA両鎖に生じた複数の1本鎖切断)を定量し、これらの複雑な損傷が放射線の線質にどのように依存するかを明らかにすることを目指す。また大型放射光施(SPring-8)に設置されたEPR装置を用い、DNAに生じたラジカルやホール、補足電子といった不対電子種のその場観測を行う。
一方、イオンビームや軟X線をDNA試料に照射した時の線量分布構造(トラック構造)をコンピュータシミュレーションするためのモンテカルロシミュレーションを実施し、本科研費で実施したビームタイムで得られた実験データを解析する。
2.クラスターDNA損傷の難修復特性に関する研究
クラスターDNA損傷を大腸菌に挿入した上で、突然変異誘発効果を調べると同時に、さらにコンピュータによる分子動力学計算を行い、特定の塩基損傷から構成されるクラスター塩基損傷を有するDNAのコンフォメーション変化と塩基除去修復酵素の結合の度合いを明らかにする。
3. 成果発表
これらの研究成果を、10月にイタリアで開催されるマイクロドジメトリーの国際会議で発表するとともに、現在準備中の計5報の論文として投稿する。

  • Research Products

    (25 results)

All 2013 2012 Other

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 6 results) Presentation (16 results) (of which Invited: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Chemical Repair of Base lesions, AP-sites, and Strand Breaks on Plasmid DNA in Dilute Aqueous Solution by Ascorbic Acid2013

    • Author(s)
      Hata, K.
    • Journal Title

      Biochem. Biophys. Res. Comm.

      Volume: 434 Pages: 341-345

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Induction of DNA damage, including abasic sites, in plasmid DNA by carbon ion and X-ray irradiation2013

    • Author(s)
      Shiina, T.
    • Journal Title

      Radiat. Environ. Biophys.

      Volume: 52 Pages: 99-112

    • DOI

      10.1007/s00411-012-0447-4

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Unpaired electron species in calf thymus DNA thin films induced by nitrogen and oxygen K-shell photoabsorption2012

    • Author(s)
      Oka, T.
    • Journal Title

      Phys. Rev. Lett.

      Volume: 109 Pages: 213001

    • DOI

      10.1103/PhysRevLett.109.213001

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 低線量放射線の微視的エネルギー付与分布 (依頼総説)2012

    • Author(s)
      渡辺立子
    • Journal Title

      放射線生物研究

      Volume: 47 Pages: 335-346

  • [Journal Article] 分光学的アプローチによる放射線によるゲノム損傷と生体修復の研究 (依頼総説)2012

    • Author(s)
      横谷明徳
    • Journal Title

      応用物理学会分科会誌「放射線」

      Volume: 38 Pages: 55-60

  • [Journal Article] Observation of Cleavage in DNA and Nucleotides Following Oxygen K-shell Ionization by Measuring X-ray Absorption Near Edge Structure2012

    • Author(s)
      Fujii, K.
    • Journal Title

      Int. J. Radiat. Biol.

      Volume: 38 Pages: 888-894

    • DOI

      100.3109/09553002.2012.703363

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Lifetime of the Unpaired Electron Species in Calf Thymus DNA Thin Films Induced by Nitrogen and Oxygen K-shell Photoabsorption2012

    • Author(s)
      Oka, T.
    • Journal Title

      Int. J. Radiat. Biol.

      Volume: 38 Pages: 884-887

    • DOI

      100.3109/09553002.2012.695099

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Development of a simulation method for dynamics of electrons ejected from DNA molecules irradiated with X-rays2012

    • Author(s)
      Kai, T.
    • Journal Title

      Int. J. Radiat. Biol.

      Volume: 88 Pages: 928-932

    • DOI

      100.3109/09553002.2012.708086

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Molecular and cellular effect of ionizing radiation2013

    • Author(s)
      Akinari Yokoya
    • Organizer
      The 16th SANKEN International and The 11th SANKEN Nanotechonology Symposium 2013
    • Place of Presentation
      大阪大学
    • Year and Date
      20130122-20130123
    • Invited
  • [Presentation] 酸素K殻XANES領域の軟X線照射によるDNA損傷の収率変化2013

    • Author(s)
      菅谷雄基
    • Organizer
      第26回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      20130112-20130114
  • [Presentation] X線マイクロビームによる細胞周期を選択した照射効果研究2013

    • Author(s)
      成田あゆみ
    • Organizer
      第26回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      20130112-20130114
  • [Presentation] 放射線のトラック構造に依存したクラスターDNA損傷の誘発2012

    • Author(s)
      横谷明徳
    • Organizer
      日本放射線影響学会第55回大会
    • Place of Presentation
      東北大学
    • Year and Date
      20120906-20120908
  • [Presentation] タイムラプス法で観測したFucci発現細胞の細胞周期へのX線照射の影響2012

    • Author(s)
      横谷明徳
    • Organizer
      日本放射線影響学会第55回大会
    • Place of Presentation
      東北大学
    • Year and Date
      20120906-20120908
  • [Presentation] UV-A照射染色体の移入による遺伝的不安定性の誘発2012

    • Author(s)
      漆原あゆみ
    • Organizer
      日本放射線影響学会第55回大会
    • Place of Presentation
      東北大学
    • Year and Date
      20120906-20120908
  • [Presentation] X線照射が細胞に与える影響の放射光マイクロビームを用いた研究2012

    • Author(s)
      成田あゆみ
    • Organizer
      日本放射線影響学会第55回大会
    • Place of Presentation
      東北大学
    • Year and Date
      20120906-20120908
  • [Presentation] APサイト及びこれを含むクラスターDNA損傷収率の放射線の線質依存性およびLET依存性2012

    • Author(s)
      椎名卓也
    • Organizer
      日本放射線影響学会第55回大会
    • Place of Presentation
      東北大学
    • Year and Date
      20120906-20120908
  • [Presentation] DNA分子上の放射線損傷分布とDNA損傷修復経路干渉の相関2012

    • Author(s)
      白石伊世
    • Organizer
      日本放射線影響学会第55回大会
    • Place of Presentation
      東北大学
    • Year and Date
      20120906-20120908
  • [Presentation] 酸素K殻イオン化エネルギー領域の軟X線照射によるDNA損傷の収率変化2012

    • Author(s)
      菅谷雄基
    • Organizer
      日本放射線影響学会第55回大会
    • Place of Presentation
      東北大学
    • Year and Date
      20120906-20120908
  • [Presentation] Significance of Pol I in determining the mutagenic potential of clustered DNA damage2012

    • Author(s)
      Naoya Shikazono
    • Organizer
      12th International Workshop on Radiation Damage to DNA
    • Place of Presentation
      Prague, Czech Republic
    • Year and Date
      20120602-20120606
  • [Presentation] Soft X-ray absorption spectra of AMP and ATP in solutions2012

    • Author(s)
      Hiroyuki Shimada
    • Organizer
      12th International Workshop on Radiation Damage to DNA
    • Place of Presentation
      Prague, Czech Republic
    • Year and Date
      20120602-20120606
  • [Presentation] Dependence of the yields of AP sites and AP clusters produced in plasmid DNA on scavenging capacity and LET2012

    • Author(s)
      Takuya Shiina
    • Organizer
      12th International Workshop on Radiation Damage to DNA
    • Place of Presentation
      Prague, Czech Republic
    • Year and Date
      20120602-20120606
  • [Presentation] Order effect of base excision processes to repair clustered DNA damage2012

    • Author(s)
      Iyo Shiraishi
    • Organizer
      12th International Workshop on Radiation Damage to DNA
    • Place of Presentation
      Prague, Czech Republic
    • Year and Date
      20120602-20120606
  • [Presentation] Variation in DNA damage induced by monochromatic soft X-rays in the energy region of oxygen K-edge2012

    • Author(s)
      Yuki Sugaya
    • Organizer
      12th International Workshop on Radiation Damage to DNA
    • Place of Presentation
      Prague, Czech Republic
    • Year and Date
      20120602-20120606
  • [Presentation] DNA damage caused by UV-A irradiation induces genetic instability2012

    • Author(s)
      Ayumi Urushibara
    • Organizer
      12th International Workshop on Radiation Damage to DNA
    • Place of Presentation
      Prague, Czech Republic
    • Year and Date
      20120602-20120606
  • [Remarks] 放射場生体分子科学研究グループ

    • URL

      http://asrc.jaea.go.jp/soshiki/gr/yokoya-gr/

URL: 

Published: 2014-07-24  

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