2010 Fiscal Year Annual Research Report
動的な生体内パスウェイモデルの特徴因子と遺伝子多型・機能との関係に関する研究
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21310132
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| Research Institution | Toho University |
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Principal Investigator |
日紫喜 光良 東邦大学, 理学部, 准教授 (30324271)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
長崎 正朗 東京大学, 医科学研究所, 准教授 (90396862)
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| Keywords | グラフ探索 / SNP / ASTD / ペトリネット / パスウェイシミュレーション / Consumer Health Informatics |
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| Research Abstract |
Webページを遺伝子名などで検索した結果得られるページの一覧から疾患に関連したページを迅速に見つけることを支援するためのWebブラウザーアドオン「DiseaseNavi」を開発した。これをFireFoxブラウザにインストールすると、表示したページに含まれるすべての病名をハイライトすることができる。また、そのページに含まれる病名の集計とより適切なリンクの示唆ができる。一方で、本研究の成果を広めるための一形態として、疾患やからだについての知識を知りたい人々に知識を提供するための取り組み「みんなの医学」を開始し、コンテンツを試作した。すなわち、製薬会社などが従来紙でだけ提供していた乳がんについての知識を伝えるためのパンフレットを電子化してWeb上のデータベースに載せるとともに、スマートフォンなどでも利用可能にした。
さらに、一塩基変異(SNV)による影響がパスウェイでどのように影響があるかをルールベースで記述することができるようにするための枠組みとして、パスウェイを記述したモデルのデータへの適合性を確率・統計的手法を用いてチェックするModel Checkingの枠組みで扱えるようにするためのソフトウェアMIRACHを開発するとともに、そのソフトウェアを実際に利用し線虫のシミュレーションモデルをModel Checkingの上で扱いより精緻なモデルを作成した。このモデルは、microRNAの制御モデルであるがこれらのmicroRNAにSNVが含まれることでシミュレーションのパラメータに変化が起こることなどが想定され、実際にSNVの影響を検討することができるモデルの1つとして利用できるようになった。
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