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2011 Fiscal Year Annual Research Report

生体内多核遷移金属錯体の電子構造、化学反応性および機能発現に関する理論的研究

Research Project

Project/Area Number 21550014
Research Institution公益財団法人豊田理化学研究所

Principal Investigator

山口 兆  公益財団法人豊田理化学研究所, フェロー (80029537)

Keywords生体内多核遷移金属錯体 / 電子構造 / 化学反応性 / p-450 / CaMn_4O_5クラスター / OEC / 光合成PSII / 水分解反応
Research Abstract

本年度は2010年8月の北京での光合成に関する国際会議で岡山大学の沈教授と大阪市立大学の神谷教授のグループにより発表されたPSIIの1.9Åレベルの解像度のX線結晶構造解析結果に基づき水分解触媒中心であるCaMn_4O_5クラスター(1)の電子・スピン状態を求めた。1はMn原子を4個含み、各Mnイオンは局所的には高スピン状態であるのでその組み合わせより全体として8個のスピン配置を持つ。さらにMnイオンの価数がKokサイクルと言われる水分解サイクルで順次変動していくので必要な混合原子価状態を全て考慮する必要があった。この結果、1では総計で128個のBSD FT解が存在するのでまずそれらの全ての解をUB3LYP法で求めた。次に、此れ等のBSD FT解は全体として高スピン状態にある場合を除き、スピンの混ざりものを含むので研究代表者らが開発した近似射影法(AP)法を4核錯体系に拡張した。また、AP UB3LYP法で得られたエネルギーレベルが実験の傾向を再現出来ない場合には使用する汎関数をHF成分を20%以上含む強相関電子系に適するものに変更した。しかし、1.9Åレベルの解像度のX線結晶構造解析では酸素の位置は特定可能であるが、水素原子の位置が特定不可能であるので実際にはそこに酸素ジアニオン、ヒドロキシアニオン、水が存在するのかについては判別不可能である。一方、理論計算ではエネルギー勾配法を用いて構造最適化が可能なのでこれらの3つの可能な構造を仮定して構造最適化を行い、X線結晶構造解析の結果と比較検討することにより配位子の状態を推定した。特に、沈・神谷らの結果によるとCaMn_4O_5クラスターのMn_1-X-Mn_4の部分でMn_1-X,Mn_4-Xの距離が2.6,2.5(Å)であり、Xが酸素ジアニオンと仮定すると従来知られている結合距離よりかなり長くなっている。そこで、Xを酸素ジアニオンおよびヒドロキシアニオンに仮定した構造最適化計算を行ったところ、ヒドロキシアニオンと仮定した方が実験と良く一致した。このように、理論計算に基づく構造最適化も信頼出来るX線結晶構造解析の結果から出発すると最終的に妥当な水素原子を含むクラスター構造を与えることが判明した。

  • Research Products

    (17 results)

All 2011 Other

All Journal Article (13 results) (of which Peer Reviewed: 13 results) Presentation (2 results) Book (1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Unique Structural and Electronic Features of Perferryl-Oxo Oxidant in Cytochrome p-4502011

    • Author(s)
      H. Isobe, S. Yamanaka, M. Okumura, K. Yamaguchi, J. Shimada
    • Journal Title

      J. Phys. Chem

      Volume: A115 Pages: 10730-10738

    • DOI

      DOI:10.1021/jp206004y

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Labile electronic and spin states of the CaMn_4O_5 cluster in the PSII system refined to the 1.9Å X-ray resolution. UB3LYP computational results2011

    • Author(s)
      K.Kanda, K.Yamaguchi, J.R.Shen, N.Kamiya, et al
    • Journal Title

      Chem.Phys.Lett.

      Volume: 506 Pages: 98-103

    • DOI

      DOI:10.1016/j.cplett.2011.02.030

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Possible Mechanisms for the O-O Bond Formation in Oxygen Evolution Reaction at the CaMn_4O_5(H_2O)_4 Cluster of PSII refined to 1.9Å X-ray Resolution2011

    • Author(s)
      S.Yamanaka, K.Yamaguchi, J.R.Shen, N.Kamiya, et al
    • Journal Title

      Chem.Phys.Lett.

      Volume: 511 Pages: 138-145

    • DOI

      DOI:10.1016/j.cplett.2011.06.021

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Potential Energy Curve for Ring-opening Reactions : Comparison between Broken-Symmetry and Multireference Coupled Cluster Methods2011

    • Author(s)
      S.Nishihara, T.Saito, K.Yamaguchi, et al
    • Journal Title

      J.Phys.Chem.

      Volume: A115 Pages: 5625-5631

    • DOI

      DOI:10.1021/jp201463h

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Singlet-triplet Energy Gap for Trimethylenemethane, Oxyally Diradical, and Related Species : Single-and Multireference Computational2011

    • Author(s)
      T.Saito, S.Yamanaka, K.Yamaguchi, et al
    • Journal Title

      Theo.Chem.Ace.

      Volume: 130 Pages: 739-748

    • DOI

      DOI:10.1007/s00214-011-0914-z

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Symmetry and Broken Symmetry in Molecular Orbital Description of Unstable Molecules IV : Comparison between Single and Multi-reference Computational Results for Results for Antiferromagnetic Molecules2011

    • Author(s)
      S.Yamanaka, M.Okumura, K.Yamaguchi, et al
    • Journal Title

      Theo.Chem.Ace.

      Volume: 130 Pages: 749-763

    • DOI

      DOI:10.1007/s00214-011-0941-9

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Broken-symmetry Natural Orbital (BSNO)-Mk-MRCC Study on the Exchange Coupling in the Binuclear Copper (II) Compounds2011

    • Author(s)
      T.Saito, M.Okumura, K.Yamaguchi, et al
    • Journal Title

      Chem.Phys.Lett.

      Volume: 505 Pages: 11-15

    • DOI

      DOI:10.1016/j.cplett.2011.02.018

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Modification of MOF Catalysts by Manipulation of Counter-ions : Experimental and Theoretical Studies of Photochemical Hydrogen Production from Water over Microporous Dirutenium (II,III) Coordination Polymers2011

    • Author(s)
      T.Saito, M.Okumura, S.Yamanaka K.Yamaguchi, et al
    • Journal Title

      Suplamol.Chem.

      Volume: 23 Pages: 287-296

    • DOI

      DOI:10.1080/10610278.2010.527976

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Theoretical Studies on the Structural and Magnetic Property of Arginase Active Site2011

    • Author(s)
      Y.Kitagawa, M.Okumura, K.Yamaguchi, et al
    • Journal Title

      Suplamol.Chem.

      Volume: 23 Pages: 22-29

    • DOI

      DOI:10.1080/10610278.2010.506552

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Theoretical Studies on the Electronic Structure of the Synthetic Complex of Soluble Methanemonooxygenase Intermediate Q2011

    • Author(s)
      T.Saito, M.Okumura, K.Yamaguchi, et al
    • Journal Title

      Suplamol.Chem.

      Volume: 23 Pages: 83-87

    • DOI

      DOI:10.1080/10610278.2010.510560

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Ab initio Study of Magnetic Interactions of Manganese-Oxide Clusters2011

    • Author(s)
      K.Kanda, T.Saito, K.Yamaguchi, et al
    • Journal Title

      Polyhedron

      Volume: 30 Pages: 3256-3261

    • DOI

      DOI:10.1016/j.poly.2011.04.042

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Theoretical Study on Singlet Oxygen Adsorption onto Surface of Graphene-like Aromatic Hydrocarbon Molecules2011

    • Author(s)
      K.Kinoshita, T.Kawakami, K.Yamaguchi, et al
    • Journal Title

      Polyhedron

      Volume: 30 Pages: 3249-3255

    • DOI

      DOI:10.1016/j.poly.2011.04.036

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Theoretical Studies of Host-Guest Interaction in the Cavity of the Nanoporous [Rh2bza4pyz] n crystal2011

    • Author(s)
      T.Kawakami, M.Okumura, K.Yamaguchi, et al
    • Journal Title

      Polyhedron

      Volume: 30 Pages: 3292-3297

    • DOI

      DOI:10.1016/j.poly.2011.07.021

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Development of Broken Symmetry Methods. Application to the CaMn4O5 Cluster st OEC of PSII Refined to 1.9A X-Ray Resolution2011

    • Author(s)
      K.Yamaguchi
    • Organizer
      The Seventh Congress of the International Society for Theoretical Chemical Physics (ISTCP-VII)
    • Place of Presentation
      Tokyo、Japan
    • Year and Date
      2011-09-18
  • [Presentation] Electronic and Spin Sates of the CaMn4O5 Cluster at OEC of PSII Refined to 1.9A X-Ray Resolution2011

    • Author(s)
      K.Yamaguchi
    • Organizer
      International Symposium on Activation of Dioxygen and Homogeneous Catalytic Oxidation
    • Place of Presentation
      Okinawa、Japan
    • Year and Date
      2011-07-20
  • [Book] 計算化学における多階層連結コンピューティング(三間編、エネルギー科学における多階層連結コンピューティング)2011

    • Author(s)
      山口兆、山中秀介
    • Total Pages
      155-205
    • Publisher
      国際高等研、奈良、日本
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.toyotariken.jp/index.htm

URL: 

Published: 2013-06-26  

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