2009 Fiscal Year Annual Research Report
パラフィン包埋切片を用いた遺伝子多重増幅と蛍光ビーズによる変異解析技術の開発
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21590411
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| Research Institution | Tokyo Metropolitan Geriatric Hospital and Institute of Gerontology |
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Principal Investigator |
細矢 博子 地方独立行政法人東京都健康長寿医療センター(東京都, 研究助手 (00158841)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
田中 雅嗣 地方独立行政法人東京都健康長寿医療センター(東京都健康長寿医療センター研究所), 研究部長 (60155166)
西垣 裕 地方独立行政法人東京都健康長寿医療センター(東京都健康長寿医療センター研究所), 研究副部長 (80296988)
福 典之 地方独立行政法人東京都健康長寿医療センター(東京都健康長寿医療センター研究所), 研究員 (40392526)
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| Keywords | ミトコンドリアDNA / 変異 / パラフィン / 剖検例 / Luminex / 網羅的解析 |
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| Research Abstract |
我が国では、各地の大学医学部および病院などの医療施設において、膨大な数の病理試料がホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)ブロックとして保存されている。これらの組織は、過去の臨床症状・生化学検査データとの照合が可能であるので、遺伝子変異あるいは遺伝子多型と表現型の関連を追及するために、極めて貴重な試料である。しかし、この剖検FFPE検体から抽出されたDNA(FFPE-DNA)は、短く断片化され、通常のPCRでは増幅不良になるために、多くの場合は遺伝子解析が不可能である。本研究の目的は、剖検FFPE検体からDNAを抽出し、遺伝子解析する方法を確立することである。そこで本年度は、マルチプレックスPCRと懸濁DNAアレイ法を利用した剖検FFPE-DNAのmtSNP検出法の確立を試みた。各々のFFPE切り出し検体から、約2-・gのゲノムDNAが抽出可能であった。その後、抽出したFFPE-DNAは、以下の方法により解析した。最初にビオチン化したプライマーを用いたマルチプレックスPCRと懸濁アレイ法を組み合わせたミトコンドリア・ハプログループ分類評価法は、以前にミトコンドリア・ハプログループが明らかにされた血液DNA検体でテストした。そして、それぞれのミトコンドリア・ハプログループを規定するmtSNPを検出することが可能であった。
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